La temporada 1936/37 estuvo marcada por la Guerra Civil. Tanto la contratación de jugadores como el desarrollo de la propia competición se vieron, lógicamente, interrumpidas por el conflicto bélico. La actividad futbolística se redujo a amistosos. A finales de 1938 es cuando comenzó a fraguarse la nueva competición liguera que pasaría a denominarse Copa del Generalísimo. Una de las alineaciones osasunistas más habituales de aquella época estaba formada por: Florenza; Cervantes, Laguardia, Casariego, Archanco, Echavarren, Nicanor, Alberto Gastón, Vergara, Iraburu y Gómez.
Fue en la temporada 1939/40 cuando se volvió a una normalidad, al menos aparente en cuanto a competiciones se refiere. A la hora de reanudar la competición, continuaron en Primera todos los clubes que habían logrado mantener la categoría en la temporada 1935/36. No era el caso de Osasuna, que concluyó el campeonato último y consumó el descenso junto con el Atlético de Madrid. También hubo dos ascensos, pero el Oviedo, al tener su campo destruido no podía afrontar la competición y dejó una plaza vacante en la máxima categoría. Se la jugaron Osasuna y Atlético de Madrid en terreno neutral (Valencia). La victoria fue para el Atlético por 3-1. Osasuna arrancó, por tanto, la competición en Segunda, categoría en la que terminó segundo.
En cuanto a la Junta Directiva, estuvo presidida por Vicente Jáuregui, designado por la Federación Española de Fútbol.
La temporada 1940/41 se caracterizó por el fichaje de Julián Vergara por el Barcelona. El club culé pagó 80.000 pesetas. Y Paco Bienzobas recaló en la Real Sociedad. Estas ausencias mermaron el potencial creativo y realizador del bloque y no se pudo conseguir el ascenso. El C.A. Osasuna terminó la competición en quinto lugar, dirigido por Ramón Urrizalqui.
Al comienzo de la temporada 1941/42, el C.A. Osasuna empeñó todos sus esfuerzos en retornar a Primera División. Así lo pregonaron y así respondió la afición, con más de 2.200 socios en la entidad. Pero los resultados no acompañaron y el equipo concluyó el campeonato antepenúltimo, con tan sólo 13 puntos. Se mantuvo al entrenador, pero la mala campaña trajo consigo el cambio de presidente. El 20 de mayo de 1941, Antonio Lizarra se convirtió en presidente.
No fue mejor la campaña siguiente, con escasas novedades en el equipo, ya que apremiaban los problemas económicos. La temporada 1942-43 fue anodina y se rozó la promoción de descenso. Éste, desgraciadamente, se consumó una campaña más tarde (1943-44). A la crisis deportiva le siguió la institucional. El presidente Antonio Lizarra abandonó el cargo y tomó posesión Antonio Archanco, que duró en la presidencia tan sólo tres meses al comprobar que la deuda rojilla ascendía a casi 300.000 pesetas. Archanco se convirtió así en el presidente más efímero de la historia de Osasuna. Tomó posesión el 24 de diciembre de 1943 y se marchó el 21 de marzo de 1944. De nuevo apareció en escena Antonio Lizarra.