Conocida antiguamente como «Centroneco», figura en la disputada escritura de los votos de San Millán, año 932, como recién conquistada a los musulmanes. Su recuperación definitiva se debió a Alfonso el Batallador, que al reconquistarla, junto con Tudela, le dio el mismo fuero que a esta ciudad, en el año 1117. Fue plaza murada defendida por un castillo. En el año 1157 se hallaba en posesión de la villa y su castillo un caballero llamado D. Pedro, cuyo derecho recayó más tarde en D. Rodrigo de Argaiz. El rey D. Sancho el Fuerte la compró con su castillo, en 1219, a Rodrigo de Argaiz por 7.000 maravedís alfonsinos. Del inventario que en virtud de orden de D. Felipe III formaliza D. Martín Périz de Cáseda, Notario de la Corte el año 1329, transcribo la partida n.° 605, relacionada con este castillo. Dice así: «Item una carta partida por. abc. que Rodrigo de Argaiz vendió a D. Sancho Rey de Navarra por. vij milia morabedis alfonsines; bonos de oro et de peso, Cintruenigo, castieyllo et bylla con todas sus heredades, etc. Actum est hoc apud Tutelam mense septembris. In era m. cc. L. VIJ». (Año 1219). Según refiere Idoate en Rincones... [t. II; p. 365], hacia el año 1353 se contaban en Cintruénigo 85 hijosdalgo e infanzones. Había tres clérigos y no existían «solariegos». En 1341, D. Pedro Lópiz de Gallipienzo gobernó esta fortaleza; en 1390 desempeñaba la Alcaldía Mosen Rodrigo de Esparza, con sueldo anual de 55 libras. En 1369 la reina D.ª Juana, mujer de D. Carlos II, libertó a los habitantes de Cintruénigo, y a los que en lo sucesivo vinieren a vivir a dicho pueblo, de todo peaje, lezta, pecha y servidumbre de labradores y concedió que fuesen admitidos en él los malhechores, sin poderlos acotar del reino. En 1380 el rey D. Carlos II dio el señorío de Cintruénigo y Corella al conde de Paillars: v. CORELLA. En 1431 la villa de Cintruénigo fue dada por el rey al príncipe D. Carlos, durante su vida, y que después de ella volviese a la corona. El rey don Juan II incorporó la villa de Cintruénigo a la corona real en 1449 mandando que jamás pudiera ser enajenada de ella, según los vecinos se lo habían suplicado temerosos de que el príncipe D. Carlos lo hiciese, según lo había verificado ya con Corella. En 1458 Mosen Arnaut de Luxe solicitó el señorío de Cintruénigo, por sus servicios, a lo cual se inclinaba el rey D. Juan; pero las Cortes de Navarra le representaron que no podía ser enajenado de la corona; y el rey conformó, y ratificó la agregación anterior. Al sobrevenir la conquista de Navarra por las tropas de Fernando el Católico, una columna de 3.000 hombres de infantería y 400 caballos al mando del Arzobispo de Zaragoza, entró por Aragón y sometió rápidamente a Cintruénigo, así como a Cascante y Corella, siguiendo hacia Tudela, a cuyas puertas llegó el 14 de agosto de 1512. En 1550 el señorío de la villa pasó a Miguel de Ezpeleta. Este pueblo compró la perpetuidad de la jurisdicción criminal en el año 1658 por 7.000 ducados de plata que dio al erario. El 16 de diciembre de 1743 José de Navascués, síndico de la villa, presentó un memorial de protesta por las sentencias pronunciadas por el Consejo de Navarra en vista y revista del pleito que en el año 1628 incoaron las ciudades y villas buenas del reino contra las cuatro cabezas de merindad. Se controvertía en dicho pleito el derecho de éstas a la alternativa en el nombramiento de los dos diputados que se nombraban por el brazo de las universidades. Según refiere Idoate en Rincones... [t. III, p. 552], en el año 1796 una plaga de cuquillo y gusano asoló los campos de la ribera, afectando también a Cintruénigo. Para subsanar el mal, vino a Cintruénigo la reliquia de San Gregorio Ostiense de su Santuario de Sorlada, por mayo del citado año. A consecuencia del decreto de 3 de septiembre de 1835, promulgado por el conde Toreno, fue suprimido el convento de los padres Capuchinos de esta localidad. En cumplimiento de la ley de desamortización del 1 de mayo de 1855 se vendieron en esta localidad, en 1893, la casa de la Primicia, la casa n.° 4. de la Primicia y una huerta. El día 19 de junio de 1932 este Ayuntamiento votó en contra del Estatuto Vasco Navarro. [Ref. El Pueblo Vasco», junio 1932].