Pocas horas después de que Batasuna diera el primer paso de cara a la presentación de candidaturas a las elecciones autonómicas, la Junta electoral de la CAV anuló en febrero de 2005 su representación legal aduciendo que no estaba inscrita en el registro de partidos. La decisión, recurrible ante la Junta electoral central, ya había sido anticipada por el fiscal general del Estado después de que Pernando Barrena y Rakel Peña designados por Batasuna, junto con Jone Goirizelaia para conformar su representación legal registraran en el Parlamento este primer paso. De esta forma, el partido independentista iniciaba los trámites oficiales para estar presente con su propia denominación en los comicios. Pero, para ello trazó una nueva estrategia encaminada a soslayar las resoluciones de ilegalización del Tribunal Supremo: presentaron, pues, una candidatura abierta de Batasuna, destinada a ser anulada, junto a otra, la agrupación de electores Aukera Guztiak. El Tribunal constitucional hizo público, el 31 de marzo de 2005, el fallo en el que rechazaba el recurso de Aukera Guztiak. De esta forma, la plataforma, al igual que Batasuna, quedó ilegalizada.
La gran sorpresa vino a continuación: el 8 de abril, el dirigente de la ilegalizada Batasuna, Otegi, anunciaba la retirada de las listas y de las papeletas ilegales y el apoyo de Batasuna al PCTV-EHAK (Partido Comunista de las Tierras Vascas), segunda lista, oculta, cercana a Batasuna (al parecer, EHAK se había registrado, el 29 de julio de 2002, en una notaría de Bilbao).
En las elecciones del 17 de abril EHAK obtuvo 9 escaños, 2 más que los conseguidos por Batasuna en los anteriores comicios. A finales de mayo el PCTV-EHAK anunció que pasaba a denominarse Ezker Abertzalea. Dos de sus votos fueron decisivos para que Ibarretxe, miembro del PNV, fuera elegido Lehendakari en junio de 2005.