Dentro del conjunto de grandes medidas adoptadas por el poder judicial, Herri Batasuna, Euskal Herritarrok y Batasuna fueron disueltos por el Tribunal Supremo el 27 de marzo de 2003. El Tribunal Supremo dictaminó que disolver Batasuna era necesario para "preservar la democracia" y ordenó la apertura del proceso de liquidación del patrimonio de las tres formaciones. Asimismo, advirtió que tomaría la misma medida contra los partidos que intentaran continuar la labor desarrollada por estas organizaciones, a las que señaló como "complementos de ETA".
Batasuna funcionó de forma subterránea hasta el 16 de abril siendo asumido por Sozialista Abertzaleak. No así en el País Vasco de Francia donde anunció a finales de marzo la puesta en marcha de una campaña cuyo objetivo sería "reivindicar y socializar el concepto del derecho de autodeterminación" (Xabi Larralde) con el apoyo de los grupos corsos Inpendenzia y Corsica nazione.
El Gobierno central (Aznar, Partido Popular) exigió al Lehendakari Ibarretxe que aplicara la sentencia al grupo Sozialista Abertzaleak, cosa que el tripartito PNV-EA-EB/IU-sustentador del Plan Ibarretxe- rechazó en la Cámara vasca.
De consuno con las medidas adoptadas en España, el Consejo de Ministros del Interior y de Justicia de la Unión Europea insertó el 5 de junio 2003 a Batasuna en la lista de organizaciones filiales de las terroristas. Koldo Gorostiaga, único eurodiputado de Batasuna, fue cesado.
El 16 de enero de 2004 el Tribunal constitucional español confirmó por unanimidad la ilegalización de Batasuna. Los magistrados de la sala segunda de la Corte constitucional, tras cuatro días de deliberaciones técnicas, acordaron una sentencia sin votos discrepantes en la que se rechazaban todos los argumentos del recurso de amparo presentado en abril por la formación ilegalizada. Sostuvo el Tribunal Constitucional que Batasuna "demostró con su conducta y su negativa reiterada a condenar los atentados de ETA, un compromiso con el terror y contra la convivencia organizada en un Estado democrático", por lo que esta circunstancia "dio legitimidad" al Tribunal Supremo para acordar su ilegalización como partido político. Aseguraba, además, que "se trata de ideologías asociadas con el terrorismo y la violencia".
La desestimación del recurso de amparo de Batasuna agotó todas las vías jurídicas contra la ilegalización en España y a este partido -definitivamente excluido de los comicios generales a celebrar en marzo de 2004-, ya sólo le cupo presentar un recurso ante el Tribunal Europeo de Derechos Humanos de Estrasburgo. El recurso de amparo que presentó Batasuna señalaba que las razones del Tribunal Supremo para sustentar la vulneración de la Ley de Partidos del Gobierno Aznar por Batasuna violaban una larga lista de artículos de la Constitución y de la Convención Europea de Derechos Humanos.
Por su parte el Tribunal Europeo de Derechos Humanos rechazó, el 9 de febrero de 2004, admitir siquiera a trámite el recurso presentado por el Gobierno Vasco, de mayoría nacionalista vasca, contra la Ley de Partidos que se aplicó para dejar fuera de la ley a Batasuna.