En 1990 la política de mejora de la productividad se plasmó en el Plan de actuación Industrial (P.A.I.), que contaba con un Plan de Salud Laboral, un Plan de Mejora de Gestión y un Plan Integral de Mejoras Tecnológicas. Durante los cuatro años siguientes se firmaron acuerdos con empresas japonesas que asesoraran la reestructuración con vistas a la colaboración comercial con Astilleros Españoles. En 1991 el grupo inició una política de participación en proyectos europeos dentro del programa EUREKA. El mismo año se cerró la empresa vizcaína Astilleros y Talleres de Celaya. En el período 1992-1995 se iniciaron los Planes Estratégicos de las factorías, experimentándose un notable impulso inversor y de formación. Del mismo modo, el grupo impulsó la recuperación de su patrimonio histórico-industrial y a la atención medioambiental.
La última reestructuración tuvo lugar en 1997, año en que todas las factorías de construcción (Sestao, Sevilla, Puerto Real y Cádiz) se constituyen como filiales de Astilleros Españoles, bajo la forma jurídica de Sociedad de Responsabilidad Limitada.
Después de 30 años y muchas vicisitudes, AESA se disolvió en julio de 2000 para dar paso a una nueva fusión con la Empresa Nacional Bazán, de la que surgió en 2001 el grupo "Izar" para afianzar la industria naval vasca. En 2004 Astilleros Españoles-Izar Sestao, con una evolución tecnológica importante, contaba con 1.200 empleos directos y se encontraba sin pedidos desde hace años. Los trabajadores de La Naval de Sestao rechazaron el 21 de octubre de 2004 la vía abierta por U.G.T. y CCOO de permitir a la S.E.P.I. que privatizara el astillero de Sestao.
En 2005, tras la liquidación de Izar por parte de la Sociedad Estatal de Participaciones Industriales (S.E.P.I.), la Naval de Sestao contaba con una plantilla de 575 trabajadores, aunque en sus instalaciones trabajaban otras 800 personas merced a 15 subcontratas.
En diciembre de 2006 fue adjudicada a una compañía privada, Construcciones Navales del Norte, consorcio formado por: Ingelectric, firma de ingeniería controlada por BBK y Kutxa; Astilleros Murueta, empresa controlada por la familia Arana; Naviera; Iniciativas Navales del Norte, controlada por José Luis Alvarez, ex director de Izar y Sidenor; GTD, compañía catalana de ingeniería de sistemas y software, con experiencia en los sectores aeroespacial y de automoción y el armador noruego Knutsen.
Véase COMPAÑÍA EUSKALDUNA DE CONSTRUCCIÓN Y REPARACIÓN DE BUQUES; SOCIEDAD ESPAÑOLA DE CONSTRUCCIÓN NAVAL
Alberto MARTÍNEZ ARTOLA (2008)