Espainiako Historiaren Entziklopedia bat egiten eta zuzentzen hasi zen, zazpi liburukitan (Madril, Alianza Editorial, 1988-1993). Egilea, J. Ondoren, "Erakundeak", "Eliza, pentsamendua, kultura", "Hiztegi biografikoa", "Hiztegi tematikoa" eta "Kronologia, mapak, estatistikak" eta "Iturriak eta aurkibideak" liburuak.
1988an hartu zuen erretiroa katedratik, eta urte horretatik aurrera Unibertsitate Autonomoko Historia Garaikideko Saileko irakasle emeritua izan zen. 1991n, Las Cortes de Cádiz argitaratu zuen, eta Gizarte Zientzietako Asturiasko Printzearen Saria jaso zuen; hurrengo urtean, ohorezko doktoretza Salamancagatik eta Historiako Sari Nazionala Espainiako Historiako Entziklopediagatik. 1994-1995ean, Unibertsitate Autonomoak, Erregimen Zaharra eta liberalismoa izenburupean, Artola irakaslearen omenezko lanen bilduma bat argitaratu zuen. Bi urte geroago, Alfontso X.a Jakitunaren Gurutzea eman zioten.
1999an bi lan argitaratu ziren, beren ikerketen bi foku nagusiak berrikusi eta sinkretizatzen dituztenak: Fernando VII.aren Espainia eta Espainiako Monarkia, Estatu kontzeptuaren azterketa Erdi Arotik liberalen garaira arte.
Honoris Causa Doktorea Euskal Herriko Unibertsitatean (1989), Euskal Historiari buruzko zenbait lan ere zor zaizkio, hala nola Nafarroako Errege Ogasuna edo Bizkaiko Forua. Ia lau hamarkada geroago, Historia de la reconstruir... Donostiaren Historia (2000) argitaratu zuen. Urte berean Eusko Ikaskuntzaren VI. Humanitate Saria jaso zuen.