Prelado de origen vasco, hijo de Francisco de Zúñiga, II conde de Miranda. Nacido en 1507 en Peñaranda de Duero, fallecido el 3 de enero de 1571 en Jaén.
Catedrático en Salamanca, dignidad de la catedral de Burgos y de la colegiata de San Isidoro de León. En 1550 fue promovido obispo de Segovia, asistiendo como tal al Concilio de Trento. En 1559 es nombrado arzobispo de Compostela. En 1565 convocó el Concilio provincial de Salamanca para la aplicación de las reformas tridentinas; cuatro años más tarde es trasladado a la sede de Sevilla. En 1570 recibe el capelo cardenalicio.