La parroquia de San Miguel es un templo situado en la localidad de Badostain, construido a comienzos del siglo XIII siguiendo modelos protogóticos. Aún conserva algunos restos de aquel primitivo edificio. Sin embargo, esta primera construcción se modificó en el barroco afectando sobre todo a la bóveda.
La planta es de una nave dividida en cuatro tramos con cabecera plana y capillas laterales a la altura del crucero de planta desigual cubiertas con bóvedas de arista. La nave se cubre con bóveda de lunetos reforzada por fajones apuntados sobre ménsulas bilobuladas, testigos de la antigua cubierta protogótica junto con el tramo de cañón apuntado que se alza sobre la cabecera.Un restaurado coro se levanta a los pies con un arco escarzano, con balaustrada de madera. El interior está todo enlucido salvo los fajones y ménsulas que dejan a la vista el sillar. La sacristía barroca se adosa a la cabecera con una planta de dos tramos cubierta por bóveda de lunetos.
Al exterior la iglesia se encuentra bastante desfigurada y presenta falta de unidad en los materiales. La portada, de estilo románico tardío, consta de un arco de medio punto con tres arquivoltas de arista viva y guardalluvias decorado con palmetas, todo ello apoyado en pies derechos con capiteles lisos, excepto en los extremos. La torre se levanta sobre la cabecera por el lado del Evangelio. Bajo el sotocoro se conserva la pila bautismal, que consta de un fuste poligonal coronado por un capitel de igual forma y una taza gallonada de gran tamaño.
Se conservan tres retablos dos de ellos laterales y el mayor situado en la cabecera. El del lado del Evangelio, dedicado a la Virgen del Rosario, barroco del siglo XVIII con las tallas de San Isidro, la Virgen del Rosario y San Antonio que conservan la policromía de la época y en ático, una santa sedente renacentista del segundo tercio del siglo XVI relacionable con la escultura del retablo mayor, obra de Miguel de Espinal.
El otro retablo lateral, colocado en la capilla en el lado de la Epístola, está dedicado a la Inmaculada y es de traza manierista de la primera mitad del siglo XVII, con las tallas modernas de San José y San Francisco de Asís, la romanista aunque muy repintada talla de la Inmaculada y la Virgen del Rosario del ático con un estilo anterior a la de la Inmaculada.
La cabecera está ocupada por el magnífico retablo mayor dedicado a San Miguel, obra del escultor Miguel de Espinal que trabajó entre 1553 y 1590, muy en relación con la escultura expresiva del primer tercio del siglo XVI y la romanista del último tercio del siglo. Su estructura es de banco, tres cuerpos de tres calles y dos entrecalles divididos por columnas y rematado con un sencillo ático coronado por un frontón semicircular que apoya sobre la calle central. El repertorio decorativo es propio de esta época de transición con figuras desnudas, Hermes, guirnaldas de frutos, cartelas, motivos geométricos y querubines en los frisos. Su programa iconográfico se recoge en santos aislados en bulto redondo y altorrelieve en el interior de las hornacinas y en el banco se suceden relieves de Apóstoles agrupados de tres en tres y separados por Hermes. Muchos santos se reconocen gracias a sus atributos, además de representarse numerosos símbolos pasionales y una Virgen con el niño. El retablo conserva arreglado el sagrario de la época, de bella traza. La policromía, aunque muy ennegrecida, es la original. El nivel de la factura técnica de las esculturas es muy notable, con un San Miguel en una composición dinámica y unas figuras femeninas de rostro idealizado y complicados tocados, en contraste con la severidad ascética de algunos santos.
Dentro de la sacristía se conservan dos esculturas, un Crucificado romanista de principios del siglo XVII y un Niño Jesús barroco de la misma época, vestido, pero ya no se conserva una talla de la Virgen sedente románica.
En cuanto a su ajuar de orfebrería, conserva cuatro cálices, tres de ellos de plata, siendo el más antiguo del siglo XVI, aunque arreglado con una copa añadida en el siglo XIX. El segundo presenta una estructura barroca del siglo XVIII, perteneciendo el tercer y el cuarto cáliz al siglo XIX, el de plata con las marcas del platero LECUN/VERRI, la doble PP de Pamplona y la fecha 31, 1831. También se conservan dos juegos de crismeras, uno de metal barroco y otro de plata rococó ya tardío, además de un ostensorio de plata dorada fechado en 1800 que mantiene una traza barroca y presenta las marcas del maestro AGUIN/AGALDE, la dos PP de Pamplona y 800.