De las más de 130 grabaciones que ha realizado hay que citar las efectuadas para EMI-France junto a la Orquesta Nacional del Capitolio de Toulouse y Michel Plasson: Padmavati (Rousel) que obtuvo el Gran Prix de l"Academie du Disque Français y el Gran Prix de L"Academie Charles Cros; Requiem (Fauré); III Sinfonía (Ropartz) por el que se le concedió el Diapasón d"or; La Arlesiana (Bizet); Edipo (Enesco); Guercoeur (Magnard) merecedor de los galardones Gran Prix Academie Charles Cros, Grand Prix Academie du Disque Français, Grand Prix Academie Disque Lyrique y Le Prix Cecilia en Belgique; Evocations (Roussel); Misa de la Coronación (Mozart); Mors et Vita (Gounod); Redemption (Franck); Requiem (Verdi) y Carmina Burana (Orff).
Con el sello Deutsche Grammophone destacan el Homenaje a Carmen, grabado durante el Silvesterkonzert celebrado en Berlín en 1997 con Abbado y la Filarmónica de Berlín; La Condenación de Fausto de Berlioz registrada en 1999 en Salzburgo con Sylvain Cambreling y la Staatkapelle de Berlín y la 2ª de Mahler en 2003 en el Festival de Lucerna con la Orquesta del Festival y Claudio Abbado.
En 2003, el CD de la Misa de Requiem de Verdi editado por EMI, fue nominado para los Grammy en la categoría de "Best Choral Performance", nominación que el director del Orfeón compartió con los directores de los otros coros que participaron en esta grabación: el Swedish Radio Chorus y el Eric Ericson Chamber Choir. La misma obra fue editada en DVD.
Con Euroarts se grabó en 2003 La 2ª de Mahler durante el concierto del Festival de Lucerna bajo la dirección de Abbado y con la Lucerne Festival Orchestra, disco que obtuvo un Diapasón de Oro.
Para el sello de RTVE se han registrado varios CDs: dos de ellos con motivo del centenario del coro en el que se recogen fragmentos de distintos conciertos, uno de ellos Disco de Platino; dos de habaneras, otros dos tituladas "Clásicos Populares", el denominado "Canciones", que fue Disco de Oro, "Orfeón Donostiarra Clásico" con el Requiem de Mozart y Carmina Burana de Orff y "Latino" con temas que se hicieron populares a los dos lados del Atlántico.