Dentro del conjunto arquitectónico de Muzqui son de destacar la iglesia, una casa torreada hecha de varios cuerpos consecutivos, del tipo de las de patio abierto por la fachada. La casa central, sobre la que queda la torre, con tejado a cuatro aguas, tiene una buena fachada donde está el escudo, y alguna casa con restos de ventana amainelada, claves con IHS y más blasones. [Ref. Caro Baroja «La C. en N.», III, CAN, 1982). Iglesia parroquial de Santa María Magdalena. Data de hacia 1200, del primitivo edificio medieval sólo quedan en pie los muros perimetrales, ya que fue reformada antes de 1555 por Pedro de Apalosagasti. Nave única con cabecera recta, cubierta por tres tramos de bóvedas de crucería, cuyos nervios de sección mixtilínea apean en ménsulas platerescas variadas con bolas, rosetas y hojarasca. La decoración se completa con los motivos de las claves, que desde los pies al presbiterio representan estrellas, llaves de San Pedro con tres estrellas en orla de bolas y roseta. Una capilla de planta rectangular y bóvedas de medio cañón con lunetas, de aspecto barroco, se adosa a la nave, por el lado del Evangelio. En los pies se eleva un coro del siglo XVI, sobre arco rebajado. A partir de 1566 se construyó la sacristía, junto a la cabecera por el lado de la Epístola, que corrió a cargo del cantero Juan de Gainza, quien terminó la obra para 1581. Al exterior, muros de sillarejo, con contrafuertes y cornisa lisa sobre canes medievales en remate. Pórtada del siglo XVI de medio punto, formado por dos arquivoltas que descansan en baquetones de capiteles y basas poligonales y arco exterior. La torre monta sobre el tramo de los pies y se concibe como un prisma rectangular de sillarejo, con dos arcos rebajados en uno de sus frentes mayores; reconstruida en 1567. Pila bautismal románica de hacia 1200, de taza lisa, sobre pedestal ochavado del siglo XVI. Retablo de San Cristóbal, de estilo romanista, obra de Juan Imberto II, que lo labró entre 1582 y 1584. Consta de banco y cuerpo único de columnas compuestas de fuste acanalado, con hornacina central de medio punto sobre pilastrillas; ático recto. Su traza se enriquece con algunos motivos decorativos platerescos en el banco y en el friso. El nicho principal cobija una talla de San Sebastián. Ático con relieve de la Piedad, enmarcado por las tallas de Moisés y Elías, esta última perdida en parte. El retablo, excepto la talla titular, conserva su policromía primitiva, obra del pintor estellés Juan de Segura. Retablo mayor. Romanista de aparatosa traza. En 1596 se ordenó su ejecución que fue encomendada a Juan Imberto II, el cual estuvo trabajando en él hasta 1596. En alzados, el retablo comprende un banco no muy alto y tres cuerpos de columnas de capitel compuesto y fuste acanalado, cada uno de ellos dividido en tres amplias calles. Las del primer cuerpo se rematan en frontones triangulares con niños recostados en sus vertientes, a la manera miguelangelesca, mientras que en el segundo cuerpo sólo la caja central recibe frontón curvo, roto y envuelto en volutas, que en este caso monta en pilastras con hornacinas. La calle central del último cuerpo forma un arco triunfal casetonado sobre parejas de machones. Corona el conjunto un remate recto entre figuras masculina y femenina recostadas, bajo volutas. Decoración de roleos vegetales en los frisos. La pintura y la policromía del retablo, se deben a Miguel de Armendáriz. Pila bautismal del siglo XVI, de traza poligonal. Cuatro lápidas sepulcrales con escudos del siglo XVI, se conservan en el pavimento de la iglesia. Sagrario barroco del siglo XVII con decoración de roleos de hojarasca en puerta, laterales, remate e interior. Por lo que respecta a la orfebrería, existen dos cálices de plata, ambos del siglo XVIII, de traza barroca evolucionada con nudos de pera y sin decoración. Crismeras de plata, rococós de la segunda mitad del siglo XVIII, en forma de arqueta rígida con patas de garra por apoyos y cubierta bulbosa, rematada en cruz romboidal; se decoran con carteleras rocallescas y punteado. Píxide del siglo XVI, con caja cilíndrica lisa y cubierta cónica de aristas cortantes. Ermitas de San Juan y San Pablo. Restos de calzada romana. Restos de un ara romana con la inscripción V.S.L.M.I.O.M. en la iglesia.