El Museo Marítimo Ría de Bilbao es el resultado del trabajo realizado por la Fundación privada y sin ánimo de lucro que lleva el mismo nombre, surgida en 1996. Dicha organización nació del esfuerzo de un grupo de personas ligadas al mar, y más concretamente, a la Ría de Bilbao. Con la constitución de la Fundación y el posterior Museo, se perseguía promover la investigación, conservación y difusión del patrimonio cultural acumulado por la actividad marítima de la Ría, el Puerto de Bilbao y la provincia de Bizkaia a lo largo de la Historia.
Un año después, en 1997, se constituyó su Patronato, formado por representantes de los principales ámbitos públicos y privados de Bilbao. Durante 1999 se puso en marcha el programa de patrocinio y Mecenazgo del Museo, al que ya estaban incorporadas las empresas e instituciones pertenecientes al Patronato de la Fundación.
El 20 de noviembre de 2003 el Museo Marítimo abrió sus puertas con la ilusión de dar a conocer la realidad de la Ría a toda la sociedad.
La superficie del Museo comprende unos 27.000m2. El espacio expositivo se reparte tanto en su zona exterior, como en el interior del edificio. En el gran espacio abierto, los diques, se ubica una parte importante de la exposición, como son las embarcaciones, anclas, boyas o la grúa Carola. Por otro lado, en esta zona , de 20.000 m2 de superficie, se encuentran amplias áreas de descanso y la cafetería del Museo.