Al aproximarse las elecciones generales de 1979 y constituirse la coalición integrada por ANV, ESB, HASI y LAIA forma parte de la misma como personalidad independiente (sintiéndose, según confiesa, más jelkide que nunca). Durante la campaña electoral -tras la cual será elegido diputado por Gipuzkoa-, hallándose en un encierro pro amnistía fue detenido y llevado a la cárcel de Nanclares donde enfermó teniendo que ser hospitalizado. No concurrió, tras aplicársele la inmunidad parlamentaria y ser excarcelado en marzo, a las Cortes por acuerdo adoptado por la Mesa Nacional de HB. En diciembre de ese año fue procesado, junto con el diputado Francisco Letamendía "Ortzi", acusado de apología del terrorismo. Dimisionó de su escaño al año siguiente al resultar elegido miembro del Parlamento de Vitoria al que tampoco asistió. Falleció en Baiona el 9 de marzo de 1981 siendo enterrado en Bergara el 21. Su mujer y compañera inseparable fue María Josefa Ganuza y Lardizabal.