Las dimensiones del edificio, hacen necesaria una visión general de conjunto para situar los distintos momentos artísticos que ensamblados crean la armonía de Leyre. Al Sur, destaca la gran construcción monástica del siglo XVII. Obra de recia sillería que remata al estilo aragonés en un piso final de ladrillo con gran alero artesonado que sobresale sobre la línea de la fachada. En el frente oriental, encuadrados entre la obra del XVII y el antiguo palacio de los reyes y de los obispos de Pamplona, están los magníficos ábsides exteriores de la construcción románica. Tambores sobrios de bella y precisa línea integrados por enormes sillares. Por encima de los ábsides asoma una espadaña que responde a la construcción cisterciense del siglo XIV. Por la parte que da a la sierra y detrás de la hospedería se encuentran los restos del monasterio antiguo. Por el frente oeste, aparece solemne la portada principal, obra del siglo XII y excelente ejemplar del románico. La sensación de sobriedad que da al exterior, responde -según Tyrrel- al carácter militar que debió tener el monasterio en sus primeros momentos. La misma severidad de línea, muestra la torre cuadrada cerrada y maciza, con sus triples ventanas de tipo catalano-aragonés que está en el tramo más oriental de la nave del mediodía.
- Cabecera de la iglesia.
En esta denominación incluimos el conjunto de naves y ábsides de la iglesia superior y de la cripta. Ambas constituyen un todo que se adelanta en tiempo a las grandes obras del románico peninsular del siglo XI.
- La cripta o iglesia inferior.
Está dividida en dos partes. La mayor y más importante ocupa la totalidad del área debajo de la iglesia superior a la que sirve de fundamento. La segunda sección es como una estancia adosada compuesta de dos pequeñas divisiones que está separada de la cripta propiamente dicha por un muro en el que se abre una puerta. La planta de la cripta consta de tres naves que rematan en ábsides semicirculares. Pilares cruciformes gruesos separan las naves. La nave central está proyectada sin divisiones pero más tarde y con el fin de soportar mejor el peso se colocan tres hiladas de fustes y arcos, una de las cuales se sitúa en el centro y a lo largo de la nave e incluso en el ábside central (esto dará lugar a soluciones improvisadas), mientras las otras dos se colocan transversalmente a cada lado de los pilares centrales, lo que da una sensación de una estructura de cuatro naves que contiene cuatro pequeños tramos. Cortas columnas sin basas apoyadas directamente en el suelo y con grandes capiteles trapezoidales sostienen los arcos bajos peraltados que a su vez sustentan las bóvedas de piedra de cañón corrido con perpiaños sólidamente doblados. Esta estructura de atravesar sobre el capitel una larga piedra, que sirve a modo de ménsula para sustentar la fuerza que están ejerciendo las bóvedas -sería según los estudiosos- una fórmula tomada de los caballetes de las estructuras en madera. Ante esta construcción invade una sensación de arcaísmo muy pronunciado que ha llevado muchas veces a atribuirle una antigüedad excesiva sin fundamento, ya que no hay dato histórico que permita sospecharlo y el arqueológico es contrario al supuesto de fecharlo en el siglo IX. Más bien hay que pensar que la causa es solamente el peso enorme que va a recaer sobre ella, en función de la enorme cantidad de piedra acumulada en la cabecera del templo. La decoración escultórica de los capiteles, se reduce a estructuras geométricas (ondas y arcos trazados con intención asimétrica) o una tosca decoración vegetal a base de una combinación de bulbos y volutas. Esta decoración no distrae, sino que refuerza el principio de energía y sobriedad que da el conjunto. Es decir, existe una perfecta adecuación de la decoración a la arquitectura. Y si es cierto, como dice Almech, que algunos de los capiteles son basas relabradas traídas quizá de las ruinas romanas de Liédena, habría que seguir admirando el buen ajuste conseguido. De la cripta se sale por el portal más antiguo de los cuatro de Leyre. El análisis de sus elementos es una pauta para fijar el proceso cronológico de la construcción. Tiene este portal, arcos en degradación, trasdosado el externo por una simple moldura biselada y embutidos unos en otros. Las dovelas son muy desiguales, la arquivolta de medio punto como los arcos, pero muy irregular, se apoya por los cimacios de unos supuestos capiteles. Como imposta, los arcos se asientan en machones sin otra decoración que la imposta biselada. Se trata de un románico incipiente que aún no ha prodigado en ornamentación, pero que posee el valor de lo esencial y permite fecharlo en el primer cuarto del siglo XI. En cuanto a la datación, habría que dar una fecha de la primera mitad del siglo XI tanto para la iglesia superior como para la cripta, que serían construidas conjuntamente ya que cripta e iglesia tienen las mismas dimensiones y que los pilares centrales de la primera se hallan bajo los pilares análogos de la estructura superior. Esta obra responde a la ampliación de Leyre y culminó en la consagración del año 1057.
- La iglesia superior.
Que en la construcción actual es la cabecera, viene a ser una proyección hacia lo alto de la estructura de la cripta. La cabecera con el firme fundamento de la cripta posee una gran esbeltez. Una y otra comunican hoy por una escalera interior que no pertenece a la antigua distribución del monumento. La planta consta de tres naves sin crucero que rematan hacia el este en su ábside correspondiente, en este caso semicircular. Es una planta de tipo basilical común a otras iglesias peninsulares de la época y que también apunta a ciertas relaciones con las iglesias poitevinas del SO. de Francia, sobre todo en lo que respecta al alzado de las naves por la casi análoga altura de las laterales con respecto a la central. La cubierta en las naves es de cañón corrido y en los ábsides de cuarto de esfera. Las bóvedas arrancan de una misma línea, pero por ser mayor el radio de la curva de la central, ésta es algo más alta. Las naves están separadas por cuatro enormes pilares acodillados de sección cruciforme con medias columnas adosadas en sus frentes. La nave de la epístola es más ancha que la del evangelio. Columnas también van adosadas a las paredes laterales. No tienen base, pero sí rematan en hermosos capiteles. Los arcos son doblados y de medio punto con anomalías de ejecución. Los perpiaños parecen rebajados y entre los formeros hay alguno que tiene una leve tendencia a la herradura, como también se acusa en el arco más abierto de la ventana del ábside central. El empuje de la bóveda se asienta sobre el cimacio que es una moldura prismática con un corte de bisel en su parte inferior. Bajo el cimacio, los capiteles, que son de gran tamaño y de dos tipos -los más alargados y de gran volumen se estrechan hacia el collarino, otros se ajustan al modelo cúbico. Son más cortos y su decoración es distinta de la de los anteriores, a base de rosas, etc. Ambos tienen collarino circular y en varios es doble. Los temas decorativos por lo general, repiten los de la cripta, a base de bulbos, estrías y volutas; de otro tipo aparecen en los capiteles cortos. El tema más común y reiterado de tos capiteles de esta iglesia se repetirá en todos los capiteles románicos. Lo que se convierte en peculiaridad, es que cada capitel tiene su cimacio correspondiente. Todos ellos van decorados. Algunos con la típica decoración de este momento del ajedrezado, otros con un vaciado de perlones, otros con esquemas lineales de roleos y rombos, rayados geométricos y una particularidad al aparecer tres rostros muy elementalmente esculpidos y enmarcados por unos arcos que parecen de herradura. Esta cabecera presenta al exterior por la parte oriental del monasterio tres sobrios y hermosos ábsides, de una misma altura. Característica que unos la relacionan con las primeras iglesias románicas del Poitou y que otros sólo ven como una característica típica del primitivismo de la construcción y como algo extraño en nuestro románico. Otra peculiaridad de estos ábsides es el empalme continuo sin resaltes entre sus zonas recta y curva y la casi carencia de adornos. La inexistencia de columnas adosadas o de ventanales decorados, el poco vuelo de los canes, su pequeña curvatura y la sencillez decorativa, reducida en su mayor parte a una cabeza de hombre o de animal o esquemáticas figurillas, lazos, bolas y otros atributos. Esta sobriedad primera dista mucho del modelo más típico de León, Jaca y Fromista que más tarde se extenderá en España y nos permite datarlo de la primera mitad del siglo XI.
A esta parte de la cabecera más antigua, que quedó intacta, se añade en tiempo de los cistercienses la gran nave gótica de Leyre. Pero en los muros de esta construcción, se descubre una segunda fase románica, pues se conserva el muro que cierra la iglesia por el Sur que por la traza de la construcción y el estilo son de fecha posterior a la cabecera consagrada en 1057. Los sillares son menores que los de la cabecera. Aparecen dos ventanas típicamente románicas, muy abocinadas y de estricto medio punto. Ambas llevan columnas de fustes muy estrechos que asientan sobre sus correspondientes basas (detalle que no se da ni en la cripta ni en la cabecera del templo). También la escultura de sus capiteles a base de temas vegetales de hojas partidas y caladas, racimos y ramas que se entrecruzan, muestra ya el hacer de un período románico más avanzado.
En este mismo muro donde están estas ventanas se abre la portada sur que actualmente comunica la nave central con la capilla de enterramiento de los reyes de Navarra aunque en su origen era una puerta exterior. Consta de tres columnas con sus correspondientes capiteles que pertenecen al siglo XII ya avanzado. Sobre ellas asientan arcos lisos de grueso bocel entre los que se dispone un abundante número de cañas y molduras que suplantan la falta de tallas en las arquivoltas. El tímpano que recae sobre ménsulas con cabezas de animales, está decorado con el clásico crismón pirenaico. El tratamiento que aquí recibe es muy sobrio comparándolo con el de otras iglesias. Tiene gran parecido con el de San Lázaro de Estella, por lo que hay que datarlo entre 1135 y 1150. Los capiteles sin embargo se fechan en un siglo XII avanzado ya que el tema de los pájaros picoteándose las patas es de influencia compostelana y leonesa.
La capilla a la que da acceso, es de construcción más reciente. En el centro, el enterramiento de los reyes de Navarra. (Los restos de los reyes fueron trasladados al panteón real de la catedral de Pamplona). El mausoleo es una talla en mármol de comienzos del siglo XX. También se puede ver en esta capilla una imagen de la Virgen de fines del siglo XII, comienzos del XIII, sostenida a modo de peana. Sobre los muros románicos se completó la obra ojival. La gran nave gótica del siglo XIV que también es una parte importante dentro del conjunto. Los constructores voltearon una cubierta más complicada como corresponde a un momento más avanzado, logrando una nave magnífica de 14 m. de ancho, solamente sobrepasada por la de Ujue. La bóveda se apoya sobre columnas triples góticas que se adosan a los muros románicos y, en otros casos, sobre las propias columnas románicas subsistentes. Con esta construcción toda esa parte del edificio se vio muy modificada, con lo cual resulta imposible saber las partes de la iglesia que fueron objeto de la consagración del 1098. Tras la transformación, el rosetón del oeste quedó descentrado por las necesidades de la obra.
- La portada principal.
Forma parte del hastial de la gran nave gótica. Su estilo escultórico responde al románico característico del siglo XII pero el desorden que se advierte en la distribución de las tallas plantea la duda de si pudo ser reconstruida posteriormente en la época cisterciense. La estructura de la portada, consta de tres columnas a cada lado que dan la sensación de multiplicarse al tener las aristas de los. codillos redondeadas. Estas sustentan cuatro arcos decorados con una escultura muy expresiva, que cobijan un tímpano de figuras muy arcaicas y de diferente tamaño, rodeadas de una corona de palmetas desiguales. Bajo el tímpano, en los extremos ménsulas con las típicas cabezas del león y del toro y en el centro el parteluz, columna con capitel y basa muy decorados. Por encima de la puerta, en la línea del frente y las enjutas, un gran número de figuras desiguales completa el espacio superando ese "horror vacui" tan presente en el románico. Una serie de modillones en lo alto, indica que estuvo protegido por un tejaroz. Hoy día una gran visera y unos muros laterales hechos para este mismo fin desfiguran un tanto el conjunto.
En cuanto a la decoración escultórica, hay que distinguir tres momentos:
- Tallas más antiguas: el tímpano.
Siete figuras componían originariamente el espacio. Una de ellas ha desaparecido y otras dos no tienen cabeza. Sólo cuatro quedan en buen estado. En el centro el Salvador, a su derecha la Virgen y San Pedro, y a la izquierda, San Juan. Son figuras de mucho empaque de talla muy plana, que tienen trajes acampanados. Los rostros son parecidos y muy estilizados.
- Segunda fase: capiteles y columnas.
Esto resultó así porque probablemente se aprovechó un tímpano ya existente. Los capiteles son seis, y entre los diferentes temas representados aparecen leones de dorso arqueado, figuras en cuclillas, pájaros con los cuellos entrelazados que recuerdan a los de las ventanas interiores del muro sur y que por la temática hay que relacionar con el maestro Esteban; y otros de menor expresión a base de estilizaciones de hojas o tallos, apareciendo en uno de ellos una cabeza entre el follaje. Todos ellos son un reflejo del arte del Camino de Santiago. De fecha posterior, es el capitel del parteluz, cuya representación es de cuatro personajes sentados en los ángulos. Los capiteles llevan cimacio, algunos con moldura lisa y otros retallados. Las columnas de fuste alargado asientan sobre basas sencillas románicas. Volteados sobre los capiteles se encuentran los cuatro grandes arcos de la portada en una gran variedad temática y simbología románica. En el primero aparecen tallados de forma radial (como es lo habitual en el románico) un conjunto abigarrado de garras, patas, frutos y nudos con caracoles en el intradós. En las otras aparecen tallas muy diversas, expresivas y caricaturescas (pájaros, máscaras, serpientes y personajes como músicos o mujeres arreglándose los cabellos que pueden simbolizar los pecados capitales). En las zonas intermedias unos cordones galoneados y animales alargados que parecen seguirse, completan, junto con el arco exterior de triple ajedrezado, el conjunto. Las tallas del románico, invitan a ver tras ellas, dejando patente una finalidad moralista y catequética, dirigida a un pueblo a menudo iletrado al que había que instruir y excitar la devoción por medio de imágenes.
- Tercera fase: línea alta del fuste y enjutas.
No se sabe exactamente cuándo se llevó a cabo porque la suspensión de las obras, que acredita la falta de simetría y armonía en la distribución, coincide con la crisis suscitada por el largo pleito de la exención canónica. Cabría pensar que los materiales, ya preparados, se colocaban en el período cisterciense. A la izquierda, las figuras mayores están en la parte superior, mientras que a la derecha ocupan la parte baja, destruyendo la simetría. Entre las figuras mayores del lado izquierdo, aparece de nuevo un Pantocrator y San Pedro. Se diferencian de los del tímpano en que ya no es una talla plana sino que marcan los volúmenes y los hábitos se enriquecen con hileras de perlas siendo muy cuidado y más naturalista el trabajo de pelo y barba. Hay otros dos apóstoles en el grupo y al extremo un San Miguel con escudo. En el centro, el tamaño de las tallas se reduce. Aparecen dos escenas, representando el martirio de las Santas Nunilo y Alodia y otras más deterioradas. Seguido, una gran cabeza de cuya boca salen cinco cintas, que pueden aludir al agua. La danza de la muerte, y un gran pez en el centro de un arco que describe un hombre a quien se le ha identificado como Jonás. Bajo esta línea, la decoración es más anárquica. Simbólica es la representación de dos ángeles trompeteros y un cadáver despertando como ante la llamada al juicio, que aparece tallada en la curva del arco. A la derecha, dos grupos de figuras estilizadas, uno representando la Visitación y otro la Anunciación y un santo. Debajo un relieve eucarístico de racimos y sarmientos entrelazados aprisionando una cabeza humana. En la enjuta izquierda un santo con un gran cayado, sin personalidad definida, que unos atribuyen a Santiago y otros a San Marcial, fundador del monasterio. Debajo, un entrelazo en forma de malla y como relleno la cabeza de un hombre con barba. Formando parte del conjunto aparece un gran ventanal de estructura gótica con capiteles que también lo son aunque el arco lo hacen de medio punto. Un matacán en lo alto da a la construcción un aire de fortaleza. Otro elemento propio del estilo gótico es el arbotante, que se coloca en los muros exteriores y en el ábside y cuya misión es recibir los empujes laterales de las bóvedas de crucería ojivales descargándolos sobre los contrafuertes que, a su vez, refuerzan el muro. En el muro norte de Leyre encontramos un gran arbotante único de esta época gótica y varios recios contrafuertes. En uno de ellos se lee la inscripción "MAGOISTER FULCHERIUS ME FECIT" y en otro "AZENARIUS" atribuyéndose a los maestros de la obra gótica.
Existen obras artísticas que pertenecieron a Leyre pero que tras el momento de la desamortización pasaron a otras entidades. De la época romana quedan en Leyre algunos restos menores, entre los que se destaca un ara romana dedicada a las ninfas. Si bien perteneció en su tiempo al monasterio hoy se halla en el Museo de Comptos. Tiene unas dimensiones de 0,60 por 0,34 m. y la inscripción es la siguiente: QUINTUS/ LICINIUS/ VSCVS. AQUILE/ GUS VARAIEN/ SIS NIMPIS/ VIVENS. M(ERITO)/ V(OTUM). S (OLVIT). "Quinto Licinio Lusco Aquilego de Varea cumplió gustoso su voto a las ninfas" según interpretación y transcripción de Taracena y Vázquez de Parga.
Conservado en el Museo de Navarra hay cuatro canecillos románicos decorados y un fragmento de rica tela árabe de guarnición, ambos pertenecientes a las primitivas construcciones del monasterio.
La arqueta de marfil perteneció durante muchos años al monasterio. En los años de la desamortización pasó a Sangüesa, de allí pasó al obispado, quien lo vendió a la Diputación Foral. Contenía las reliquias de las santas Nunilo y Alodia, santas mártires de origen no bien conocido, tal vez naturales de Huesca. Santas que eran ya veneradas en Leyre desde el siglo IX, en que son trasladadas al monasterio por orden de la reina Oneca. La arqueta de marfil data del 1005. Es una caja rectangular con tapa que tiene diecinueve piezas de marfil y medidas de 32, 22 y 22 cms. En las caras, medallones con ocho lóbulos. Un gran personaje barbado rodeado de servidores, entre los que se ha querido ver representada la figura del califa Hixam II. A la izquierda, dos personajes más, que serían el primer ministro Abd-el Malik y el Amiri, hijo de Almanzor. En el centro de la Composición, tres mujeres tocan instrumentos musicales. El resto plenamente cubierto por una decoración abigarrada. En un lateral, dos gacelas atacadas por animales (tigres y leonas) y dos unicornios mirándose y desplegando sus alas. Un árbol, probablemente símbolo del árbol de la vida, tan caro a los musulmanes, en cuyas ramas hay pájaros, llena todo el espacio restante. En el otro, los felinos atacan a ciervos de gran cornamenta y dos animales de cuerpo de león y cabeza de ave se enfrentan (grifos?). En medio una figura de hombre con los brazos extendidos y dos cuadrúpedos mirando hacia arriba. En la cara posterior, un hombre rodeado de leones, tal vez un domador, con una inscripción en su escudo: EN EL NOMBRE DE ALAH, BENDICION A ALAH, FELICIDAD Y PODER. Dos jóvenes con lanza y escudo montados en pequeños elefantes. Dos caballeros, uno con la lanza y otro con escudo, justan a pie. Todo el ambiente nos da la impresión de que se describe una fiesta en Córdoba, con el califa como invitado principal de el-Amiri o de Abd-el-Malik y de que se describen los jardines y los números de entretenimiento. En la tapa, un águila con su presa, y leones que atacan búfalos. En la cara delantera, cuatro medallones de más pequeño tamaño representando escenas de caza y más escenas de leones o tigres atacando a gacelas. Otras de las representaciones son: aves de presa que extienden sus alas y torneos de elefantes. En los laterales, un solo medallón con un pavo real. Rodeando la arqueta, una inscripción en caracteres cúficos de cuyos extremos ondean volutas vegetales. El contenido nos da la clave de su autor y de sus ayudantes así como de la oportunidad de su confección. Dice así: EN EL NOMBRE DE ALAH, PROSPERIDAD, ALEGRIA, ESPERANZA DE BUENAS OBRAS, TARDANZA DEL MOMENTO SUPREMO PARA EL HAYIB SAYF AL DAWLA ABC AL MALIK BEN AL MANSUR. QUE DIOS LE ASISTA. HECHO HACER POR SU ORDEN BAJO LA DIRECCION DE FATA AL KABIR ZUHAIR BEN MUHAM MAD AL AMIRI SU ESCLAVO. AÑO TRESCIENTOS NOVENTA Y CINCO". Este año de la Ejira corresponde a nuestro 1005. Cada cara lleva la firma de su autor y además una inscripción que dice: HECHO POR FARAY Y SUS DISCIPULOS. Aunque se ignoran la identidad y las obras de ese tal Faray. Se ignora a su vez, cómo el cofre pudo llegar tan pronto a Leyre, aunque se ha conjeturado que fue con ocasión de la conquista de Huesca, en 1098.
La Sillería del Coro también fue trasladada a la iglesia de San Salvador. Obra de Pedro de Pantrovel (según atribución de Biurrun). Plateresca en su concepción, datada hacia 1580, época en que ya era más pujante la tendencia a la romana.
El retablo principal también se trasladó, esta vez a la parroquia de Burgui, pero se quemó en 1885 cuando la desamortización. Quedan en Leyre dos retablos colaterales renacentistas atribuidos a Gaspar Ramos y a su socio Victoriano de Echenagusía. Dedicados a San Bernardo y a las Santas Nunila y Alodia. La decoración se atribuye a Alonso de Logroño y Vega.
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