Capitán poblador de Panaquire (Venezuela), nacido hacia el 1693. En el 1749 encabezó un movimiento revolucionario contra la Real Compañía Guipuzcoana de Caracas. Este movimiento tuvo un carácter puramente económico, ya que existía una aversión contra dicha compañía a causa del monopolio que ejercía sobre ciertos productos como el cacao y tabaco. Juan Francisco era partidario del libre comercio y de la libre competencia. El movimiento fue promovido y fomentado por los comerciantes de Caracas y de otras provincias de Venezuela, si bien pronto tomaría los caracteres de una revolución popular. El apoyo que prestaron los gobernantes a la compañía hizo que fracasara el movimiento revolucionario.
El 13 de septiembre de 1751, el gobernador anunciaba que se entregarían dos mil pesos fuertes a quien capturase a Juan Francisco de León y a sus hijos Nicolás y Francisco. Estos, cansados de huir de las autoridades, se entregarían poco después. El 7 de agosto de 1752, el gobernador dispuso que Juan Francisco fuese trasladado a España. Su casa de Caracas fue destruida y en la tierra que ocupaba se sembró sal. Todos sus bienes fueron embargados. Parece que escapó del patíbulo, si bien se desconoce cuál fue su fin.
Ref. Gandía, Enrique de: "La revolución de Juan Francisco de León en contra de la Real Compañía Guipuzcoana", Boletín del Instituto Americano de Estudios Vascos, n.° 26, 1956, pp. 161-173.