Tuvo un convento de franciscanos fundado en 1422 por el obispo de Calahorra Diego López de Zúñiga y por Fray Martín de Arteaga. Previamente había cedido el concejo de Bermeo la isla al convento, el 27 de febrero, reservándose la jurisdicción civil y criminal. Tuvo también dos ermitas dedicadas a Clara y Magdalena. Visitaron la isla y su convento Enrique IV de Castilla el 5 de marzo de 1457, Fernando el Católico el 31 de julio de 1476 y D.ª Isabel la Católica el 17 de diciembre de 1483, mandando construir una escalera desde el agua hasta la puerta. En 1588, la isla de Izaro, habitada por los franciscanos, se puso en estado de defensa. El regimiento general dio a los frailes 24 ducados por lo que habían gastado en ello.
El motivo de esta defensa era que, al irse la mayor parte de la flota del Señorío de Vizcaya a engrosar la armada Invencible, las costas vizcaínas quedaban desguarnecidas. [Estanislao Jaime de Labayru: "Historia General del Señorio de Bizkaia, t. IV, p. 533]. En 1596, las huestes de Francisco Drake se aproximaron con 14 naves al golfo de Bermeo; aunque no desembarcaron, algunos de sus soldados asaltaron el islote de Izaro, ensañándose contra el convento de franciscanos, aunque no llegaron a incendiar su iglesia y claustro. [Estanislao Jaime de Labayru: "Historia General del Señorio de Bizkaia", t. IV, p.590-591]. En 1719 los franciscanos abandonaron el convento estableciéndose en Forua, por lo que la edificación se derruyó quedando hoy sólo ruinas.