Hijo del rey Fernando II de León y de D.ª Urraca López de Haro, hija del IV señor de Vizcaya. A la muerte de su padre, D.ª Urraca se esforzó para que Sancho ocupase el trono. Sin embargo, sería su hermanastro Alfonso IX quien se ceñiría la corona real. En 1220 murió descuartizado por un oso, hecho que los Anales Toledanos segundos consignan de este modo:
"Vino Sancho Fernandez, fillo del Rey D. Fernando (II de León), fillo del Emperador (Alfonso VII), á Toledo, e dixo, que iba al Rey de Marruecos, quel avia dar grandes averes, e creyeronle muchos christianos, e muchos Judios mas de XL mill: e puso con ellos que fuesen con él a Sevilla, e que los pagarien y, e fueron con él por ir a Sevilla, mas él descaminó, e fue a Cañamero, un castiello ermo e poblólo, é fizo mucho mal a moros, e a Christianos, e fue un día Martes a muent (al monte) e vino un Oso, e mató a Sancho Fernandez. E a tercer día Joves vino el Rey de Balladozo con grand poder de Moros e prisó Cañamero, e descabezólos todos. Esto fue XXV días de Agosto, Era MCCLVIII".
Ref. Labayru: "Historia General del Señorío de Vizcaya", t. II, p. 201.