Los principales órganos de la Fundación Deusto son el patronato y el comité. El patronato está compuesto por tres tipos de miembros: miembros patronos natos, patronos electivos y miembros de honor y de número. Las principales funciones y atribuciones de este patronato son las siguientes:
- Inspeccionar, vigilar y orientar la labor de la fundación, cuidando del cumplimiento de sus fines.
- Aprobar los programas periódicos de actuación y los presupuestos.
- Definir las líneas generales sobre la distribución y asignación de los fondos disponibles.
- Examinar y, aprobar en su caso, el balance anual, la memoria de las actividades de la fundación y las cuentas anuales.
- Interpretar y desarrollar la voluntad fundacional.
- Desempeñar la representación de la fundación en actos, contratos y relaciones en general.
- Ejercer las funciones de administración, conservación, custodia y defensa de los bienes de la fundación.
- Sustituir alguna o algunas de sus facultades, sea en una o en varias personas, cuando lo estime conveniente.
Las funciones que desempeñan los miembros del comité son las siguientes:
- Desarrollar la voluntad fundacional y cumplir con las obligaciones.
- Desempeñar la representación del patronato.
- Realizar el balance anual, la memoria de actividades y las cuentas anuales.
- Informar al patronato y a su presidente de las actividades.
- Elaborar un Plan trienal de actividades.
- Elaborar los planes de actuación anuales del comité y realizar su seguimiento.
- Aprobar los planes de actuación de las UDUs.
- Administrar y cuidar el patrimonio autónomo de la fundación.