Importante historiador, archivero y arqueólogo navarro del siglo XVIII, llamado "El Librero Viejo". Nació en Tudela el 28 de marzo de 1752. Murió el 22 de junio de 1814.
Hijo de un renombrado librero de la ciudad, del que se originó el sobrenombre citado, toma contacto en el negocio paterno con las principales figuras intelectuales de Tudela. Su precocidad la atestigua el hecho de que en 1767, al ser expulsados los jesuitas de la ciudad, se le encarga, teniendo 15 años, el ordenar y clasificar los papeles y documentos que en su marcha, había dejado la Compañía en su colegio tudelano, labor que realiza con gran éxito. Tres años más tarde había escrito ya Arte de Leer Instrumentos Antiguos..., y en 1771 Memorias y Antigüedades de la ciudad de Tudela. Al poco tiempo, acompaña a Lecumberri, canónigo de la catedral, en un viaje por los monasterios de Leyre, Oliva y San Juan de la Peña, del que vuelve con abundantes notas tomadas de los archivos, siendo nombrado por el obispo archivero diocesano de la de Tudela. Gozando ya de renombre en Navarra, es llamado a organizar diversos archivos particulares, entre otros, los de los González de Castejón y los marqueses de San Adrián. Es posteriormente llamado a ordenar los manuscritos de la catedral de Cuenca y trascendiendo su fama al ámbito de toda España, trabaja en los archivos de las Casas de Montijo, Monteagudo e Infantado, rechazando una proposición de la Orden de Calatrava.
En el año 1789 marcha al monasterio de Uclés, en Cuenca, a ordenar el archivo general de la Orden de Santiago. Se traslada allí con su mujer Francisca Uxaravi Uxué, con quien se había casado en 1785, realizando una importantísima labor, que concluyó en mayo de 1793, dejando como resultado diversos índices y catálogos. Para recompensar sus servicios, el rey Carlos IV, le nombra archivero general de La Orden de Santiago. De Uclés vuelve a Tudela, donde, al negarse Fernández a trasladarse a Pamplona, es llevado a su casa para su estudio el archivo del Gran Priorato de Navarra de la Orden de San Juan de Jerusalén. Tras esto, se marcha a Zaragoza varios años, donde ordena el Archivo General de esta Orden. Residirá finalmente en su ciudad natal, donde morirá el 22 de junio de 1814. Miembro de la Sociedad Tudelana de Deseosos del Bien Público, a modo de Económica de Amigos del País, la que dio a conocer varias de sus obras. En 1811 el Ayuntamiento le paga el inventario y cuentas del material suministrado a las tropas francesas del 1808 a 1810. Al año siguiente es vicesecretario de la Junta de Caridad, y en 1813 procurador-síndico del primer Ayuntamiento Constitucional de Tudela. Rodeado del respeto y admiración de sus paisanos, en su magnifica biblioteca, vivió sus últimos años este insigne tudelano de la Ilustración, antecesor de Yanguas y Miranda, hombre polifacético y amante de su tierra. Dejó gran número de obras, prácticamente todas manuscritos que se conservan en diversas bibliotecas públicas y particulares.
Entre éstas destacan: Noticias de la Antigüedad... del Archivo de Uclés, Diccionario Precioso..., una copia del Fuero de Uclés, hecha por Fernández en 1790 y conservada en el Archivo Histórico Nacional, Memorias y Antigüedades de San Nicolás de Bari... de Tudela, Notas del Anticuario D. Juan Antonio Fernández, muy interesante para conocer las iglesias e instituciones religiosas de Tudela, Colección Diplomática de San Juan de Jerusalén, Zaragoza, 1798, Segobriga, noticia de las excavaciones....