Fue fundada en el año 1949, por el arzobispo de la Diócesis de Pamplona, para atender al servicio litúrgico de la catedral e iglesias de Pamplona. Tenía su sede en la iglesia de San Agustín de dicha ciudad y se hallaba dirigida por el organista de la parroquia, Javier Redín.
Los niños que la componía vivían en régimen de semi-internado; recibían clases de primera enseñanza a cargo de dos maestros nacionales y clases de solfeo y canto que les impartía su director. El repertorio era, en su mayoría, sacro, entrando en él tanto autores clásicos como modernos. Ofrecieron conciertos en Granada, Santander, San Sebastián y Madrid, bajo la dirección de Frübeck, y en Edimburgo, con la Sinfónica de Londres, bajo la batuta de Markevich.
Tras 16 años de funcionamiento la escolanía tiene que cerrar debido a la falta de apoyo económico.