Juana de Albret murió en junio de 1572 en París y su hijo Enrique tomó las riendas de sus dominios como Enrique III de Navarra.
El 18 de agosto de 1572 Enrique celebró sus bodas con Margarita en París. Una semana después, aprovechando que en la capital se encontraba un gran número de hugonotes que habían concurrido a la capital para asistir o presenciar las ceremonias nupciales, entre ellos los jefes hugonotes y una parte importante de los nobles protestantes, se produjo la masacre de la noche de San Bartolomé. En esta masacre fueron asesinados alrededor de 3.000 hugonotes por extremistas católicos, y en ella participaron el duque de Guisa, el duque de Anjou y las milicias burguesas. El rey Enrique fue apresado y tuvo que abjurar de su fe para salvar su vida. Fue obligado a residir en la Corte francesa bajo vigilancia e intentó huir de ella en varias ocasiones. Finalmente consiguió escaparse en febrero de 1576, y se refugió en sus posesiones navarro-bearnesas.