En el verano de 1992 llega Jupp Heynckes al Athletic y cambia radicalmente la situación del equipo. Decide la incorporación de nuevos jugadores del filial al primer equipo, como Valencia, Carlos García, y, sobre todo, Julen Guerrero.
La llegada del entrenador alemán es un soplo de aire fresco en Lezama. En su primera temporada logra el octavo puesto y en su segunda la clasificación para la Copa de la UEFA, al conseguir un meritorio quinto puesto. El germano, no obstante, decide abandonar el club rojiblanco tras concluir su contrato.
La llegada de José María Arrate a la presidencia supone el fichaje de Javier Irureta como entrenador. Pero 'Jabo' no conecta con la afición de San Mamés y dimite mediada la temporada. Su sustituto, José Mari Amorrortu, termina la temporada peleando por la clasificación europea, que al final no consigue.
La siguiente temporada es una de las más difíciles en la historia del club bilbaíno. En el verano de 1995 se produce el fichaje de Joseba Etxeberria. La junta directiva decide hacer efectiva la cláusula de rescisión del elgoibarrés, que ascendía a 550 millones de pesetas, e incorporarlo a las filas rojiblancas. A las órdenes de Dragoslav Stepanovic, el Athletic está a punto de entrar en puestos de descenso, y sólo en la última jornada, con una agónica victoria ante el Rayo Vallecano en San Mamés por 3-1, obtiene la salvación.
Después del sufrimiento, la directiva echa el resto y contrata a Luis Fernández para la temporada 96/97. El club, además, se hace con los servicios de Ismael Urzaiz, Jose Mari y Lizarazu. La temporada es ilusionante y termina con el pasaporte para la Copa de la UEFA.
El Athletic se mantiene como un club comprador y ante las bajas de Karanka y Lizarazu, se refuerza con Alkorta, Lasa, Javi González, Nagore, Lacruz y Roberto Ríos, por el que el club bilbaíno paga 2.000 millones de las antiguas pesetas. Los esfuerzos de la directiva por hacer un equipo competitivo se ven recompensados y el Athletic consigue finalizar en el segundo puesto de la clasificación, por lo que se gana el derecho a participar en la siguiente edición de la Champions League, precisamente en el año en que se cumple su primer centenario, en 1998. El Athletic llega a la última jornada dependiendo de sí mismo, ante el Zaragoza en San Mamés. Un gol de Joseba Etxeberria sentencia el choque.
Durante todo este año 98 se celebraron varios actos de celebración del centenario. Pavarotti actúa en San Mamés, la selección de Brasil disputa un partido contra el Athletic en Bilbao, una caravana itinerante recorre todas las localidades vizcaínas y sobre todo, se celebra un multitudinario congreso de Peñas en la capital vizcaína, en el Parque de Etxebarria, en el que se juntan familias rojiblancas de todas las partes del mundo. El Athletic no podía haber celebrado de mejor manera su centenario. De nuevo se retornaba a la máxima competición continental, tras 14 años de espera.
La temporada 1998/99 es una campaña irregular. El equipo acusa en algunos momentos la participación en la Champions League y su rendimiento en la Liga sufre algunos altibajos. Al final se ocupa la octava posición, pero se lucha hasta la última jornada por conseguir la clasificación para la UEFA. En la Copa del Rey el equipo es eliminado por el Racing de Santander, y en la Champions League, tras quedar encuadrado en un grupo complicado, con Juventus, Rosenborg y Galatasaray, cae eliminado.
Al año próximo, sin participar en Europa, el equipo se refuerza con Roberto Martínez 'Tiko' procedente de Osasuna y cede a Pablo Orbaiz al conjunto navarro, además de traspasar a Bolo al Rayo Vallecano. Es otra temporada irregular, con muchos altibajos, que acaban con el equipo en undécima posición. En Copa se cae ante el Rayo Vallecano tras perder en San Mamés por 0-1 y empatar a cero en Vallecas. Casi finalizada la competición de Liga se toma la decisión de que, al acabar la misma, abandone el banquillo Luis Fernández, pese a tener otro año de contrato. El técnico francés cumplía su cuarta temporada en el Athletic y su relevo iba a ser Txetxu Rojo.
La nueva temporada trae pocos cambios en la plantilla rojiblanca. Edu Alonso, Ferreira, Sívori, Nagore y José Mari dejan el club y el único fichaje es Carlos Merino, procedente del Notthingham Forest. Además, dan el salto definitivo al primer equipo Fran Yeste y Dani Aranzubia y vuelve Pablo Orbaiz tras su cesión a Osasuna. La suerte no acompaña al equipo desde el principio, sobre todo en lo referente a las lesiones y se ocupa durante todo el ejercicio una posición intermedia en la tabla, para acabar en la decimosegunda posición. David Cuéllar, Asier del Horno, y los ya citados Aranzubia, Merino y Orbaiz, son los debutantes esta temporada. En la Copa del Rey el Athletic tampoco consigue pasar de octavos de final, y tras eliminar a Aurrerá de Vitoria y San Sebastián de los Reyes, cae contra el Racing. Quizás lo más reseñable fue la decisión de Jose María Arrate de no presentarse a la reelección. Al final Javier Uria y Fernando Lamikiz, ambos directivos del club con anterioridad, se presentaron a las elecciones, siendo elegido el primero.