Natural de Bilbao, hijo de Pedro Martín de Agurto y de María Ochoa de Aguirre. Fue a Nueva España (Méjico) en 1525 y a poco de llegar es enviado a Castilla con dos naves "con mucha cantidad de oro", dando asimismo a Su Majestad "noticia de cosas que atañían a su real servicio". Cinco años más tarde vuelve a Méjico con su mujer y es nombrado miembro del Cabildo de la ciudad.
"Fue -dice el P. Cuevas- receptor de la audiencia y persona muy honrada y tenida por hijodalgo. Tuvo muchos oficios de alcaldías mayores y corregimientos de importancia. Una numerosa prole ilustró los anales de las armas y de la iglesia: Sancho, hijo mayorazgo, fue secretario de la Real Audiencia; Diego, canónigo de la catedral; Pedro, provincial de los Agustinos en Nueva España y primer Obispo de Cebú en Filipinas, y Cristóbal, prominente agustino".
Ref. Boletín del Instituto Americano de Estudios Vascos.