El Departamento de Lexicografía surgió debido a la labor lexicográfica que comenzó a desempeñar UZEI como apoyo a la Real Academia de la Lengua Vasca (Euskaltzaindia). Su función principal se centra en el tratamiento de corpus y en el trabajo básico de la Comisión del Diccionario Unificado de la Academia.
Elaboró el Corpus Estadístico del Euskera del siglo XX, junto con el Diccionaro General Vasco. También organiza algunas jornadas con el propósito de dar a conocer cuáles son y para qué sirven dichos corpus.