La sección de atletismo creada en 1969 con los atletas que hasta ese momento habían pertenecido al Beti-Gazte, formado a su vez en 1964, en principio dedicado únicamente al incipiente atletismo femenino. Disputó al CAUN la supremacía del atletismo navarro desde su creación hasta su desaparición en 1974 cuando sus atletas se integraron en el club rival: CAUN.
Sus atletas más destacadas fueron chicas destacando Mª Ángeles Orla, Sagrario Martínez de Lizarrondo, las hermanas Santamaría o ya en el plano masculino Enrique Sánchez.
Sus atletas consiguieron representando a su club 3 medallas en campeonatos de España individuales absolutos de las que 2 fueron de plata y una de bronce.
En cuanto a la participación en las Ligas de clubes de España el Amaya únicamente participó con la sección masculina ya que por aquella época sólo 6 equipos femeninos podían participar en la Liga Femenina. Su participación se resumió en 2 presencias en 3ª división en las temporadas 1973 y 1974. En este último año, que coincide con la desaparición del club, se logró la mejor clasificación con un 4º puesto.
Luis LANDA BALLAZ (2008)