1939an lasaliatar barrutiek erreforma izan zuten eta Beasaingo ikastetxea Bilboko Barrutian geratu zen. Momentu hartatik ikastetxearen diskurtsoak bi atal izan zituen: ekonomikoa eta eraikinaren eraikintzakoa, hau da, ezer berria.
Gerra Zibilak ondorio larriak sortu zituen populazioarengan. Herritarrak aztoratuak ibiltzen ziren azken bolada hartan eta ikasleak ere bai, edo Anaiek esaten zuten bezala "ikasleak bihurri samar zeuden". Halaber, irakasle batzuk aldatu zituzten soldaduskara joan behar zutelako eta ikasturtea bukatu arte ez ziren bueltatu. Ondorioz, Sebastian Anaia kuarteletik joan behar zuen Beasainera eta lehenengo mailako irakaskuntzak berak hartu behar zituen. Izan ere, eta beste ikastetxeetan gertatzen zen bezala, gerraren ondoren egoera ekonomikoa katastrofikoa zen. Esate baterako, 1947an errazionamendu-ogia kendu zieten Anaiei, hauek irin-inportazio lizentzia zuten arren. Egun batzuk lehenago Anaiek Donostiatik dei bat jaso zuten. Hornidura-Azokatik deitu zieten jakiteko zenbat kilo irin jaso zituzten azken egunetan. Zuzendariak galdera haiei telefonoz ez zien erantzun eta informazio hura nahi bazuten, "Ofizio" bat idatzi eta ikastetxera bidal zezatela esan zien. Horrela egin zuten eta egun batzuk beranduago Gobernu Zibileko ordezkari bat ikastetxetik agertu zen, "merezi zuen bezala arreta jarri zitzaion". Berriz, aste batzuk beranduago Udaleko Idazkariak lehen aipatutako neurria hartu zuen eta Anaiek errazionamendu-ogirik gabe geratu ziren. Egoera oso larria zen arren, gehiago okertu zen, lurraldeko oiloek birusa hartu zutelako eta Anaiek zituzten oiloak hil behar izan zituztelako. Ordea pozaren uneak ere iritsi ziren: Oiarbide jaunak, abere-hiltzaileak, ehun kiloko txerri bat hil zuen eta Anaiei eman zien. Baina egoera hura egoeraren araberako zen, Zuzendariak Valladolidera joan behar zuelako elikagaien bila. Gainera, urte hartan negua oso gogorra izan zen eta elurra eta haize-ekaitza izan zuten, beraz, goseari eguraldi txarra erantsi zitzaion.
Egoera ekonomiko larri hura ez zen Anaiena bakarrik, herrikoek ere pairatzen zuten, baina Anai Ikuskatzaileari, dirudienez, ez zitzaion gehiegi inporta. Berari inporta zitzaiona irakaskuntza zen "1937tik zuzendari berria zereginetan gogoekin parte hartzen du, konpromisoa hartzen du, herriak badaki eta ikasleen kopurua igo da".
Zentzu honetan autoritateek eta populazioak iritzi on bat zeukaten Anaiei buruz eta Zuzendariak laster eskola berri bat izango zutela pentsatzen zuen, baina hori "'la normalidad patria' indarberritu bezain laster" izango zen. Alegia, Gerra Zibila pil-pilean zegoenean Zuzendariari hau da kezkatzen zitzaiona: "Gerra Zibila hasi baino lehen ikasleek daukaten arrakastak jarraitzen du eta ikastetxeak oso ondo funtzionatzen du". Ordea, interesa hura ez zen bakarrik Zuzendariarena, 1940an Anaia Ikuskatzaileak horrela aipatzen zuen: "Anaien irakaskuntzaz oso pozik daude herrian eta probarik onena da gelen egoera, hau da, gelak beteta daude, nahiz eta ikasleek ordaindu. Aitzitik, beste eskoletako gelak erdi hutsak daude eta eskola horiek dohainik dira". Hurrengo urteetan Anaia Ikuskatzailearen txostenak antzekoak izan ziren eta horrela zioen 1942an: "familiei asko gustatzen zaie Anaien irakaskuntza. Ordea, familia batzuek ezin dute kuota ordaindu eta, ondorioz, ezin dute beraien semeak gure eskolara bidali. Haurrak familia kristauak eta errukitsuak dira". 1946an esaten ziguten: "ikasleek Anaien desioei erantzuten diete, jarrera ona, ahalegina eta maiztasunaren bidez. Bere kuota ordaintzen dute, oso urria den arren".
Bestalde, eta 1940ra arte Anaia batek Lantegiko Eskolaz arduratzen zen. Horrela, 1938an eta "erretiro" bat egin ondoren, Santiago Anaia, zein CAF Eskola Industrialeko irakaslea zen, Bilbon geratu zen eta bere ordez León Arsenio Anaia etorri zen. Abuztuan bideratze guztiak egin zituzten eskola, lantegi erdian zegoena, ikastetxera eramateko, Anaiak egunero bi bidaia egin behar zituelako eta, bide batez, ikasleen onura lortzeko. Proposamenak arrakasta izan zuen lantegiko zuzendaritzari esker, hauek ondo ikusi baitzuten proposamena. 1938ko maiatzaren 21ean Larriz jaunak, Falange Española y de las JONSeko Nagusiak, katoliko aparta, CAF-eko ingeniaria eta Anaien lanaren miresle sutsua, bisita bat egin zion ikastetxeari, ikasleen prestakuntzaren eta hezkuntzaren lan apartaren bila. Zuzendaria harkorra izan zen, baina ezin izan zion lagundu, Gazte Taldeen Nagusia aldatu zutelako. Izan ere, 1940an lantegiko eskolak funtzionatzeari utzi zion, gudari ohi bati eskolako zuzendaritza entregatu ziotelako.
1950ean Udalak irakaskuntzako egoerari irtenbide bat eman nahi zion, batez ere Beasainen behar industrialak nabaritzen hasten zirelako. Garai hartan Beasainen 15.600 pertsona bizi ziren eta inguruko herrietan beste hamar mila, herri txikiak Beasainetik hurbil zeuden, eta komunikazio sarea oso ona zen eta behar industrialek lurraldeko lantegietan zeuzkaten jatorriak. Lurraldean CAF zegoen (2.000 baino langile gehiago zituen), Construcciones Electromecánicas INDAR (120 langileekin), Forjas y Fundición de Beasain (250 langileekin). Gainera beste lantegi txiki batzuk ere lurraldetik zabaltzen ziren. Langileak Beasain, Ordizia, Ataun, Zaldibia eta Lazkaokoak ziren, eta lantegi horietan sartzeko prestakuntza egokia behar zuten.Horretarako 1950etik aprendiz heziketarako eguneko klaseak antolatu zituzten. Klase teorikoak Anaiek emango zituzten ospe ona zeukatelako eta Udalak behar zuelako. Egia esan, Udalak beti harreman onak izan zituen Anaiekin eta horrela bereganatzen zuen "Anaiek lanbide heziketa hartu dute eta horrek poza handia sortu du herriarengan. Lantegiak eta populazioa oso pozik daude hartu dugun erabakiarekin ikasle asko ikasi dutelako Anaien geletan eta, gaur egun, izugarrizko lanpostuak dituzte lantegi ospetsuenetan". Proiektu hau aurrera eramateko ikasketa plana aurkeztu zen. Irakasgaiak teknologiari lotuta zeuden, Marrazketa, Matematika eta Mekanika, baina bazeuden beste batzuk ere: Tailerra, Erlijioa eta Frantsesa.
1953an irakaskuntza industrialaren egoerak oniritzia behar zuen, eta Anaia Ikuskatzaileak eta Zuzendariak elkarrizketa bat izan zuten Beasaingo Alkatearekin oniritzi ofizial horren alde. Horretarako memoria bat eta plano batzuk prestatu zituzten "Lan Eskola Berria"-ri buruz eta Ministerioari eraman zioten. Baina bat-batean, alkateak Anaiekin kontsultatu gabe, Udalak zeukan guztia, Sindikatuei utzi zien. Horrela, Eskola Sindikala 1953ko martxoaren 23an funtzionatzen hasi zen eta, Anaien ezusterako, Alkateak gonbidapen bat egin zien eta haiek gonbidatuak zeuden. Bilera hartan Patronatu bat sortzea pentsatzen zuten eta Patronatuan, enpresariek, Udalak eta Anaiek parte hartuko zuten, eta bide batez, aurreko proiektua bukatutzat emango zuten. Herriko prentsak izugarrizko oihartzuna eman zion berriari, batez ere alkatea oso pozik zegoelako, bai Anaiei bai Sindikatuei irtenbide on bat ematen zielako. Ordea, ez zuten aipatzen egoera Falangeren menpe geratzen zela. Aldi berean, Anaien etxebizitzaren egoera konponduta geratzen zela usten zuten, baina hori ez zen lortu. Gainera, eskolaren kokapenak zailtasun batzuk aurkitu zituen, hasieran Falangeko eraikinean eskola ezartzea pentsatu zutelako, baina azkenean berriro eskolara bueltatu ziren.
Eraikinaren kontua azkar konponduko zela pentsatzen zuten, baina ez zen horrela izan eta bi urte pasa behar izan ziren lokal batzuetan praktikak egiteko. Ordea, "Historikoak" esaten zuen bezala, "pixkanaka-pixkanaka, ikastetxea bukatzen joan dira eta kexurik gabe, horrexegatik, sindikatuaren izaeragatik erabaki hori egokiena zela pentsatzen dugu, bestela Anaiak morroi txikiak izango ziren". Momentu hartatik egoera okertu zen eta sindikatuen eta Anaien harremanak ahuldu ziren sindikatuaren jarreragatik. Adibidez, argi elektrikoa moztu zuten aitzaki sinple batekin "ikasleek beraien praktiketarako karraka bat besterik ez dute behar" edo tailerrera sartzea debekatu zuten. Azkenean, Anaiek irtenbidea aurkitu zuten, alegia, ikastetxeko gela batean oinarrizko tailerra antolatu zuten ikasle ohien eta beste jaunen laguntzarekin.
1964an eraikin berria egina zegoen eta Anaiek eskaintza eskolar on bat eman behar zioten herriari, baina egoera hura iristeko Anaiek zeregin guztiak egin behar zituzten, esate baterako, sasitzaren garbiketa, zuhaitzen mozketa, oilategi eta komunen eraistea, garabiren kokatzea eta abar, baina azkenean, "lehenengo zutabeak agertu ziren eta hauek dira eraikinaren egitura". Beraz, proiektua posible zela ikusten zen eta frontoi estalita, areto nagusia, tailerra, hamar gela, marrazketa gela, laborategia, liburutegia, estalgunea, kalefakzioa, logelak eta beste zerbitzu batzuk hamabi Anaientzat posiblea zen. Are eta gehiago, etorkizunari begiratzen beste solairu bat edo bi egin zitezkeen.
1964/65 ikasturtearen inaugurazioa Unánimes aldizkarian agertu zen urriaren 15ean "ekitaldi eroso batean". Anaia Ikuskatzaileak, herriko autoritateek, Udala osoak, beste ikastetxetako zuzendariek, enpresaren ordezkariek, Jose Osinalde ongileak eta Pablo Hunolt-ek, diputatuak parte hartu zuten ekitaldi hartan. Haiek guztiak elizan sartu ziren Agur Jaunak abestia jotzen zen bitartean eta dantzariek beraien arkuak altxatu zituzten. Izan ere, ekitaldi honek ez zuen esan nahi eraikina bukatuta zegoela, garai hartan oraindik frontoia eta tailerrak falta baitziren. "Historikoa" idazten zuenak zerbait azpimarratu nahi zuen ondorengo hau esaten zuenean: "egia esan eraikineko inaugurazioa pixka bat behartuta izan zen gauza batzuk falta zirelako, haien artean, gelen kristalak". Baina denak oso pozik zeuden bere eraikin berriarekin eta berehala jarduera desberdinak prestatzen hasi ziren. Azkenean, haietako kezka nagusia desagertuta zegoen, hau da, eraikin eskolarra. Hori dela eta, zentroak beste ibilbide bat hartuko zuen eta inguruko errealitatearekin harremanak ezarri zituen. Gainera, Anaia gazteak etorri ziren eta horrek ere lagundu zion filosofia berriari. Hiru helburu planteatu zituzten: lehenengoa, prestakuntza espirituala; bigarrena, euskararen irakaskuntza eta hirugarrena, egoera berri arlo eskolarrean Beasainen.
Hurbiltasun hura errealitatera bere eragina izan zuen euskararekiko 1968ko "Historikoak" aipatzen zuen bezala:
"herriko bizitzari begiratzen badiogu euskal kulturaren balore guztiak ikus ditzakegu: hizkuntza, dantzak, ohiturak eta, nola ez, ikastolak. Ikastoletatik ikasle asko etortzen zaizkigu, beraz, ezin dugu euskal kultura ahaztu eta gure zentroetan egoera hau kontuan izan behar dugu".
Gauzek horrela, ikasturte hartan ordutegitik kanpo izan arren euskara ematen hasi ziren eta hurrengo ikasturterako ordutegiaren barruan sartzen saiatuko ziren. Izan ere, 1976an zentroko helburuak bi besterik ez ziren: prestakuntza erlijiosoa eta euskara bultzatzea:
"euskara sakondu eta zabaldu behar dugu, eta baita herriko kultura ere. Irakasleria osoak egunero euskara ordu bat ikasiko du hilabete batzuk barru denek Aitorrren hizkuntza erabil dezaten".