Se firmó en Basilea (Suiza) el 22 de julio de 1795. Representaba al gobierno de España don Domingo de Iriarte y a la Convención francesa, Mr. François Barthélemy. En relación con la historia del País Vasco lo que más interesa de ella no son sus estipulaciones ni los tres artículos secretos que se agregaron a aquéllas sino la nota final adjunta al tratado y que a continuación de éste se publicó en el número correspondiente de la Gaceta de Madrid. Tiene tal importancia la mencionada nota que creemos necesario transcribirla íntegra para el conocimiento de la historia y, en particular, de aquél período preliminar de la abolición de los fueros. Dice así:
"Firmado ya el Convenio, la Junta de Salvación Pública echó de menos un artículo que tranquilizara a los habitantes de las Provincias Vascongadas que se habían manifestado adictos a la República Francesa, y dio orden a Barthelemy para que viera de llenar este vacío. Objeto fue éste de largas conferencias y debates entre los negociadores, Iriarte y Barthelemy. Pero les puso término un despacho del Príncipe de la Paz al ministro español, en que prevenía no haber necesidad ni convenir que se adicionase el tratado con ningún artículo relativo a los vascongados, puesto que el gobierno de Su Majestad estaba resuelto a no perseguir ni molestar a nadie por hechos políticos ni por opiniones manifestadas en años anteriores: y así lo cumplió".
Véase este documento en los Apéndices al tomo 2.º de la Historia general de España de don Modesto Lafuente, Madrid, 1958, imprenta Mellado.
La Junta de Salvación Pública a que alude la nota no era otra cosa que el famoso Comité de Salud Pública o sea el tribunal instituido por la Convención francesa a mediados de 1793 para juzgar en última instancia a los que atentasen contra la flamente república francesa, consiguiendo así que la nueva República fuese reconocida oficialmente por casi toda Europa. A uno de sus soldados, Moncey, se había entregado Donostia en 1794, y tanto él como el célebre convencional Tallien, eliminador de Robespierre y casado con la vasca Teresa Cabarrús, hija del gran hacendista laburdino del mismo apellido, se mostraron entonces defensores ocasionales del derecho vasco. Fue Moncey quien a los veinte días de suscrita la paz de Basilea, comunicó al Comité de Salud Pública sus temores de que los guipuzcoanos sufriesen represalias de parte de Godoy. El Comité respondió a Moncey:
"Haremos cuanto dependa de nosotros para ponerlos al abrigo de las persecuciones que puedan experimentar, y os autorizamos a hacerles esperar los socorros que la justicia reclame a favor suyo".
Dando cumplimiento a esta promesa, el Comité de Salud Pública ordenó a Barthelemy incluyese en el tratado de paz de Basilea, a pesar de estar ya firmado, un artículo adicional en que se salvaguardase a los guipuzcoanos de la venganza del favorito y se dejase constancia de la justicia de su actitud. Pero como la paz era de necesidad urgentísima para Carlos IV y Godoy, responsables máximos del rompimiento con la Convención francesa, pues Moncey había llevado ya sus huestes triunfantes hasta Miranda de Ebro, el ministro-favorito se apresuró a someterse, en apariencia, a las reclamaciones del Comité en favor de los vascos, manifestando que estaba no ya conforme sino resuelto a no perseguir y no sólo a no perseguir, pero ni a molestar a los vascos por hechos ni por opiniones. Godoy cumpliría la promesa sentenciando a José Javier de Urbiztondo a pena de muerte. Agregó que no sólo no era necesario el aditamento de aquel artículo favorable a los vascos, sino que tampoco convenía su inserción.
El 22 de octubre de 1795 fallecía don Domingo de Iriarte, el negociador del Tratado de Paz de Basilea, suscrito el 22 de julio de aquel año. El 1 de octubre de 1795 publicábase la orden del ministro respectivo, conde de Campo Alange, mandando instruir en Pamplona proceso militar sobre la capitulación de San Sebastián, a cargo de un consejo de generales. En dicho proceso fueron complicados, junto con los jefes y oficiales españoles de la guarnición de San Sebastián en la fecha de la rendición de la ciudad, los civiles vascos que intervinieron en ella. La noche del 8 al 9 de febrero de 1796 fueron arrestados en Pamplona y conducidos entre guardias ante el tribunal el alcalde de Donostia Juan José Vicente de Michelena, los jurados José Antonio de Lozano y José Joaquín de Larburu, otros miembros del Ayuntamiento de aquella ciudad y no pocos vecinos de ella que habían asistido a la firma del acta de capitulación con el general Moncey el 3 y 4 de agosto de 1794.
Inútil fue que San Sebastián reclamara de Carlos IV y su valido la sustitución del tribunal militar, por otro civil para juzgar a los donostiarras ajenos a la Corporación municipal existente en agosto de 1794. El consejo de guerra de Pamplona dio su fallo el 1 de octubre de 1798; en el mismo mes Carlos IV mandó que fuera sometido al examen del Consejo supremo de guerra, cuyo primer miembro era el príncipe de Castelfranco; este Consejo terminó su cometido en Madrid el 5 de diciembre de 1799 presentando al regio dictamen sus conclusiones, y por fin Carlos IV, el 26 de diciembre del mismo año, firmó su real resolución, publicada el 2 de enero de 1800 e inserta en la Gaceta de Madrid del día siguiente. Verdad es que desde febrero de 1798 Godoy había desaparecido convencionalmente del escenario político y que en la fecha de la mencionada real resolución era primer ministro interino el vasco Mariano Luis de Urquijo.
Las penas impuestas por la real resolución a los civiles vascos envueltos en la memorable causa fueron: al alcalde Juan José Vicente de Michelena, 6 años de extrañamiento a 20 leguas de San Sebastián, de la Corte y sitios reales, y privación perpetua de empleo o cargo municipal; al alcalde de segundo voto, Juan Bautista Zozaya, igual pena, pero disminuidos a 2 años de destierro; a los concejales Joaquín de Larburu, Francisco Antonio de Echeverría, Joaquín Garde, Francisco Ignacio Gaztelu, Vicente de Mendizábal, Manuel Francisco de Soraiz e Ignacio Joaquín de Irarramendi, privación perpetua de empleo o cargo municipal; a José Javier de Urbiztondo, vecino de San Sebastián, prófugo, la pena de ser arrastrado, ahorcado y quemado en estatua en la plaza pública de dicha ciudad y confiscados todos sus bienes; a Sebastián de Urbiztondo, hermano del anterior, 10 años de presidio y multa de 600 ducados. Ordenaba también la real sentencia, que fueran quemados por mano del verdugo en le plaza pública de San Sebastián -pero dejando copia autorizada para memoria de lo sucedido- el acta de la rendición de la ciudad (acta calificada por el rey como "atentada y delincuente") y el oficio dirigido por el Ayuntamiento al gobernador militar de la plaza exponiéndole los motivos que justificaban la entrega.
Por lo que se refiere a los militares que convinieron en la capitulación, la pena máxima y única impuesta a los dos jefes superiores fue le pérdida del empleo. Dichos jefes fueron: el brigadier Alonso Molina y Sierra, gobernador militar de la plaza y el capitán Manuel de Anduaga, gobernador militar del castillo de la Mota.
Ref. Aralar: Los adversarios de la libertad vasca, Ekin, 1944. Buenos Aires, pp. 30-39.