La "explotación del país por los encomenderos, descendientes de los conquistadores, utilizando a los indios esclavos como mano de obra se había hecho imposible a causa de las Reducciones o Misiones de los jesuitas, pues en ellas llevaban una vida digna. A la actitud de los encomenderos se sumaban los paulistas y bandeirantes brasileños que invadían Paraguay llevándose a los indios como mano de obra "barata". En la primera mitad del siglo XVIII ocurren importantes acontecimientos, durante el virreinato de Diego de los Reyes Balmaseda (1717). A causa de sus excesos, el Cabildo de Asunción -Ayuntamiento- protestó ante la audiencia de Charcas que envió al fiscal y protector de indios José de Antequera que, con cartas del virrey de Lima se hace cargo del poder en Asunción. Reyes Balmaseda se refugia en las Reducciones y apela a Lima, que lo restablece en su puesto.
Balmaseda terminó su vida en Lima. Los comuneros -Paraguay (1717-1735) dirigidos por criollos y mestizos con el resto de la población india- no se enfrentaban directamente al rey sino a la administración real, contra los peninsulares en los puestos oficiales. Repudiaban el monopolio comercial, los tributos, preludios del proceso emancipador. Por este tiempo del levantamiento comunero, el jesuita alavés José Cardiel (Laguardia, 1704) estaba en las misiones guaraníes del Paraguay. Y aparece como capellán de cuatro mil indios en el ejército de Bruno Mauricio de Zabala, gobernador de B. Aires que avanzaba venciendo a los comuneros. Estos defendían los derechos del común frente al poder real. A la llegada de Ignacio Soroeta, nuevo gobernador, los comuneros lo expulsan del país y forman una Junta Popular. Dueños de la situación, entregan el poder al obispo de B. Aires Juan de Arregui que se encontraba en Asunción, pero no lo acepta y regresa a su diócesis.