La última fase de la Reconquista determina la suerte de las diócesis de Valpuesta, Calahorra y Tarazona.
Nada se sabe de sus comienzos con exactitud ni quién podría haber sido el supuesto Juan, último obispo de Oca y primero de Valpuesta a quien se supone su fundador en el siglo XI. Lo cierto es que los musulmanes ocupan Oca y la diócesis desaparece para dar lugar a la de Valpuesta a partir de un Felmiro citado por el Albeldense como obispo de Oximae (Osma). Mañaricua resume su investigación de forma muy concisa: "La sede de Valpuesta incluiría en su jurisdicción las zonas occidentales de Álava y Vizcaya, ya en contacto con Castilla. A falta de datos coetáneos sobre delimitación de diócesis convendría mencionar el privilegio atribuido a Sancho II de Castilla otorgando diversos derechos de pastos a las diócesis de Oca, ya en el supuesto de la posterior anexión de Valpuesta a la sede restaurada Oca Burgos. Tratando de aprovechamientos cita los pastos "de Spinosa de Castella Vetula et in Karranca et usque ad Somrostro et in omnibus montibus de Trasmiera". Y al delimitar la diócesis de Oca (renovada) de la de Calahorra señala la línea "de Somrostro per Aialam et Bilibium et Graion".
Si tenemos presente que Calahorra se anexionó las tierras del obispado de Álava y Burgos las de Valpuesta, la delimitación de Calahorra y Burgos es un indicio claro de la de Álava y Valpuesta, al menos en la postrera etapa de su existencia. Según ello, Valpuesta habría tenido de la actual Álava los territorios que en la posterior diócesis de Burgos formaron las vicarías de Valdegobía (aproximadamente Bergüenda, Salinas de Añana, Villanueva de Valdegobía y Lalastra) y de Tudela (Arceniega, más Sojo, Costera y Llanteno en Respaldiza).
Atendiendo a la delimitación atribuida a Sancho II, parece que el valle de Ayala pertenecía a Valpuesta. Sin embargo, lo encontramos ya en 1095 bajo la jurisdicción del obispo de Calahorra; lo que hace pensar que, al menos en parte, había pertenecido a Armentia. En Vizcaya la sede de Valpuesta poseyó las Encartaciones, menos Gordejuela; no así, quizás, Orduña y sus contornos. La divisoria seguía, en parte, el río Cadagua. Baracaldo se lo disputaron en el siglo XII entre Burgos y Calahorra, lo que prueba que se hallaría en el límite o cerca de él". (Ref. Mañaricua, Andrés E. de: Los obispados de Álava, Guipúzcoa y Vizcaya... p. 161-163). Con el obispo Atón se une a la diócesis de Nájera y tres años después, con la invasión castellana, resucita bajo el obispo Munio o Nuño. El último obispo de Valpuesta, don Muño o Nuño, figura como obispo desde el año 1067. En adelante Valpuesta queda convertida en arcedianato y colegiata del arzobispado de Burgos.
La primitiva diócesis de Calahorra, ocupada por los musulmanes, sufre las vicisitudes de la lucha contra éstos a partir principalmente del reinado de Sancho I Garcés, rey de Pamplona, en que prácticamente comienza la recuperación de la Rioja desde los años 914 y 920. Su primer obispo fue ya Benedicto, entre los años 933 y 948, bajo Fernán González y la princesa doña Sancha. El último obispo de Nájera fue don Sancho entre 1032 y 1047. La diócesis de Calahorra hacía ya mucho que yacía en poder de los musulmanes y servía, además, de firme punto de apoyo para toda clase de incursiones enemigas en tierra vascona. Sus murallas, fosos y torres convertían a Calahorra en ciudad poco menos que inexpugnable. El mismo rey la llama "famosísima y fortísima ciudad de Calahorra, que causaba gran calamidad a la gente cristiana". El rey don García tomó toda clase de precauciones para su asalto. Aquel invierno de 1045 debió ser de febriles preparativos, pues para abril ya estaba en marcha la apretada tropa reclutada de todos los lugares del Reino. No olvidó tampoco el rey encomendarse al popular San Millán y a los santos mártires Emeterio y Celedonio, cuyos cuerpos se hallaban en la ciudad, y algunos actos de generosidad como las donaciones a San Millán así lo indican. Lo cierto es que a finales de abril las fuerzas pamplonesas daban el asalto a la fortaleza en forma violentísima. La lucha debió ser dura y sangrienta si se tiene en cuenta que era necesario asaltar los fosos, escalar las murallas y romper las puertas de la ciudad. Para fines de abril la fortaleza había sido ya reconquistada como taxativamente se hace constar en más de un diploma. Que en la mente de los gobernantes vascones vivía fresco el recuerdo de la caída de Calahorra en manos islámicas y, como directa consecuencia, el traslado de la diócesis al interior lo comprueba el decreto expedido por el rey restaurando la Iglesia inmediatamente después de recuperada la ciudad. El decreto real dice así:
"En el nombre de Jesucristo, Redentor nuestro, de quien tenemos el ser, el vivir y el entender, y por cuya gracia también usamos el poder del reino temporal. Esta es la carta de concesión y confirmación que yo, don García, rey, en compañía de mi mujer la reina doña Estefanía, con ánimo agradable y devoción pronta hacemos a Dios omnipotente, con cuyo socorro hemos sacado de manos de los paganos la ilustre ciudad de Calahorra, y la hemos restituido a poder de cristianos. Concedemos, pues, a la iglesia de la bienaventurada y gloriosa siempre Virgen María y a los señores mártires San Emeterio y Celedonio que padecieron por Jesucristo en el mismo lugar, las posesiones de heredamiento siguientes. Conviene a saber: en el término que llaman Sorban, dos campos, y otros dos en otro término que llaman Cuerno de Caya. Así mismo, otros dos campos al mediodía de la ciudad, y tres, al oriente, con más dos viñas también al oriente. Pero como todo esto es poco, donamos también las décimas de las mieses y frutos enteramente de nuestras heredades y todas las cosas que en la misma ciudad y en todo su arrabal tenemos y en adelante tuviéramos nosotros o nuestra posteridad; es a saber, de todo género de animales, ganados, aves y de todas las rentas de negociaciones que pertenecieren al derecho real. Y, además de esto, mandamos confirmaros que todo hombre, de cualquiera condición, dignidad y potestad que sea, que en la misma ciudad o en todo su término alguna cosa tuviere o poseyere, ora sean cosas muebles o raíces, de todo den la décima de todos los sembrados y frutos y también de todos los animales y negocios, entera y fielmente a la misma Iglesia. Y de todas estas cosas que hemos referido, digo yo el mismo rey, que las concedemos a la dicha Iglesia de Santa María y de los santos mártires Emeterio y Celedonio, y a vos don Sancho, obispo, y al clero de la misma silla a vos sujeto: y para que todas estas cosas y las demás que vos o vuestra legal sucesión en utilidad y honor del clero e iglesia pudierais adquirir, las tengáis para siempre y las poseáis libremente sin faltar del tenor cosa. Y vuestro clero y familia de vuestra iglesia quede libre y quita del todo de toda carga pública."
De esta forma dotó don García a la iglesia de Calahorra para asegurar su vida económica y el ejercicio debido al culto. A esta generosa donación le siguieron otras disposiciones destinadas al engrandecimiento y recuperación de la ciudad, la restauración de los muros y fosos y las repoblaciones por vascones. Los nuevos obispos siguieron titulándose najerensis o calagurrensis et najerensis y siguieron residiendo en Nájera por más de un siglo. Otras veces, si residían en Albelda, entonces muy importante, esto dio ocasión episódica del título de albeldensis. Muerto el obispo Fortunio de Álava en 1093 desaparece la diócesis de Armentia o de Álava, incorporándose a Calahorra no sin enconadas disputas que duraron mucho tiempo. La iniciativa fue de Alfonso VI de Castilla, ya que la Rioja se hallaba entonces bajo el poder castellano, pero en 1109 el Papa Pascual II ratifica la anexión de Álava y Vizcaya a la diócesis de Calahorra. Siguiendo esa política se le fueron anexionando territorios ya fuera de la Rioja como el occidente de Guipúzcoa y porciones de Navarra, Burgos y Soria. Tuvo tres colegiatas, las de La Calzada, Albelda y Armentia.
Luchas de Armentia y Calahorra (1089-1200). Además de la supresión de la sede de Nájera en beneficio de Calahorra, trajo la restauración de esta ciudad vascona la recogida a su seno de la de Armentia o alavesa. Esto no cayó bien entre los alaveses y su clero, que lo miraron con malos ojos. Y no sólo eso sino que provocó grandes resentimientos y enemistades que duraron casi dos siglos. El clero armentiense podría quizás alegar que su sede no salió de Calahorra sino que tenía origen distinto, pero en los medios oficiales, tanto en la corte de Pamplona como entre el resto del clero, se opinaba todo lo contrario. Armentia, por lo tanto, fue convertida en Colegiata de Calahorra. Se provocaron muchos incidentes que llegaron hasta Roma y provocaron incluso Bulas pontificias e innumerables discusiones y odiosos vejámenes durante el episcopado de Pedro de Nazar (1089-1108), Sancho de Grañón (1108-1117) y don Sancho de Funes (1117-1146) que fue muerto por propios eclesiásticos. Habiéndose llegado incluso al crimen sacrílego entró como obispo de Calahorra un vascón que había de dejar preciosa memoria: don Rodrigo de Cascante (1146-1190). Hombre éste altamente diplomático y servicial, empezó por halagar a Armentia y a Santo Domingo de la Calzada, las dos iglesias más ofendidas. No sólo eso; reedificó Armentia con talento, arte y lujo; más todavía: en la concesión del Fuero de Vitoria por aquel rey vascón tan célebre, don Sancho el Sabio, llegó a titularse "Armentienses episcopus". Las desavenencias cedieron ante la política de amor y de caridad de este prelado estableciéndose una paz que duró hasta su muerte en que se renuevan algún tanto para ceder definitivamente. Pero quedó en Álava el sentimiento y el deseo de un obispado propio que nunca ya había de desaparecer. Tampoco fue aprobada en Vizcaya la extinción del Obispado de Álava y el Obispo de Calahorra no fue admitido en el Señorío hasta bien entrado el siglo XVI en que una concordia celebrada en 1545 puso fin a la situación.
"El primer gran problema planteado por un crecimiento tan desmerusado como rápido -dice J. M. Marín- fue el de la capitalidad de la diócesis. La extremidad de Calahorra, que se encontraba en la punta oriental, trajo consigo el que los obispos prefirieran seguir viviendo en Nájera, que era punto más céntrico del obispado. Pero las continuas peleas con los monjes de Santa María hicieron pensar a aquéllos, a fines del siglo XII, en transferir su sede a Santo Domingo de la Calzada, cuya iglesia había sido elevada a colegiata en 1180 y acababa de quedar definitivamente por Calahorra frente a las pretensiones de los obispos de Burgos. La idea no llegó a cuajar del todo ni pasar a realidad definitiva. Primero, por la oposición del gobernador Lope Díaz de Haro y del propio abad del cabildo calceatense; luego, por la tenaz resistencia de los canónigos de Calahorra. Y eso que los de la Calzada insistían en que la diócesis seguiría siendo y llamándose de Calahorra; el traslado afectaría sólo a la sede. El episodio más grave de esta lucha doméstica tuvo lugar en los primeros años del siglo XIII, en que a la muerte del obispo don Juan García, se hizo doble elección episcopal, por el cabildo de Calahorra y el de La Calzada respectivamente, llegándose hasta el ataque personal y sangriento entre los bandos de uno y otro. La situación complicóse por obra del arzobispado toledano Ximénez de Rada quien, nombrado juez en el litigio, lo resolvió a favor de un tercer candidato amigo suyo. El quasi-cisma a que se había llegado en la diócesis, se cerró, por fin, en 1221 con el nombramiento definitivo de dicho tercer prelado que se llamaba Juan Pérez. El cabildo de Santo Domingo sacó de este pleito el título de catedral para su iglesia y el entrar a partes iguales en el nombre y título de la diócesis, que sería ya, oficial y permanentemente, de Calahorra y La Calzada".
Este Obispado abarcaría hasta los siglo XIX-XX a una parte importante del País Vasco actual: el arcedianato de Álava, Vizcaya menos las Encartaciones que pertenecieron a Burgos y, desde 1750, a Santander, parte de Guipúzcoa (los arcedianatos de Léniz y Tavira de Durango) y una pequeña Zona de Navarra (Amescoa y Viana). En 1949 perdió Treviño que pasó al Obispado de Álava. En 1956 se añadió a su nombre el de Logroño abarcando exactamente la provincia de esta denominación.
Corresponde a las conquistas de Alfonso el Batallador de Aragón y de Navarra, incluyendo a Tudela y su área: Agreda, Alfaro, Borja, Tarazona, Tudela y Calatayud. En 1783 se independizó Tudela como diócesis hasta 1851 en que pasó a ser administrada por Pamplona (obispado de Pamplona y Tudela) y en 1889 por Tarazona. En 1955 pasó definitivamente a pertenecer a la silla de Pamplona.