El recorrido por la exposición se inicia con una presentación física de la Ría de Bilbao, las transformaciones que ha vivido su cauce para convertirse en puerto y su vocación marinera. Estará organizada en tres naves: "Un cauce navegable", "Hacerse a la mar" y "Navegando por la Ría".
En esta segunda zona, la exposición está dedicada a mostrar la actividad que se ha desarrollado en torno a la Ría a lo largo de su historia: comercio, minería, siderurgia, metalurgia, finanzas y construcción naval Navieras y Astilleros. También se compone de dos naves: "El comercio", "La actividad mercantil: Finanzas, Industria y Navieras".
Dentro de la actividad industrial de la Ría de Bilbao, la industria naval, por su importancia merece un espacio específico. Al igual que en los anteriores, este tema se desarrolla a través de dos naves monográficas: "La construcción en madera", "Los astilleros del hierro y Diseño e innovación tecnológica".
Además el Museo cuenta con una Sala de Exposiciones temporales de más de 300 m2 en la que se albergan exposiciones de distinta índole pero siempre de temática marítima. Algunas de ellas han sido: Titanic, Atrapados en el Hielo- La legendaria expedición de Shackleton o Puertos del Estado.