La iglesia, de finales del s. XII-principios del XIII, aunque menor que las filiales masculinas de Fitero, La Oliva o Iranzu, presenta todas las características arquitectónicas cistercienses. De una nave, de eje desviado, marcando los 5 tramos de ésta por pilastrones a los que se adosan medias columnas suspendidas, excepto en el arco triunfal que alcanzan todo su desarrollo, con capiteles lisos o de hojas y palmetas esquemáticas con piñas. El ábside es semicircular con tres ventanas abocinadas de medio punto, con doble arco, el exterior con columnillas de capiteles decorados al estilo cisterciense. En el muro del Evangelio se abren otras 2 ventanas de medio punto muy estrechas situadas en los tramos inmediatos a la cabecera; en el de la Epístola, un óculo, en el tramo junto a la nave, y ventanas similares a las anteriores en el muro del Evangelio. Rosetón moldurado en el muro de los pies. Recorre todo el perímetro de la iglesia una cornisa sólo interrumpida por las ventanas. La cubierta primitiva, de cañón apuntado, no se conserva, siendo la cubierta actual, mandada construir en 1565 por la abadesa Ana Pasquier, estrellada, de nervios mixtilíneos, con claves secundarias decoradas y grandes florones centrados de madera dorada con el escudo de la abadesa. Es coetáneo a la bóveda el arco triunfal con cajeamientos y florones, de medio punto. A principios del s. XVIII se construyó la capilla de San Bernardo, contigua a la mayor por el lado del Evangelio. Cuadrada, con hornacina central y cúpula de linterna sobre pechinas; modernamente convertida en parroquia. En el exterior, la iglesia monasterial presenta muros de sillería sólo visibles en el ábside y en el muro del Evangelio. Contrafuertes que se corresponden con los tramos de la nave y cornisa con modillones sin decoración. En este muro y junto a la antigua capilla de San Bernardo hay una portada románica abocinada con tres arquivoltas de medio punto, la del exterior con flora, que descansan en columnas acodilladas de capiteles decorados con motivos florales geometrizados; el arco de ingreso apea en pares de columnas adosadas similares a las exteriores. El ábside presenta al exterior forma semicircular reforzada por cuatro contrafuertes prismáticos entre los que se abren tres ventanas de medio punto, sobre columnillas con capiteles de estilo parejo a los del interior. El claustro monasterial conserva en las cuatro crujías bóvedas de crucería con pronunciado apuntamiento, apoyando los nervios en ménsulas suspendidas a mitad del muro, solución característica del Císter; probablemente del s. XVI, ajustándose a obra antigua. Hay una pequeña portada de acceso a la iglesia en el muro claustral, compuesta por 2 arquivoltas sobre pares de columnas acodilladas con capiteles de hojas de palmetas, volutas, piñas e incisiones. Se conservan asimismo otros restos de época medieval como una arquería sobre dobles columnas y vestigios de un sepulcro gótico adosado al muro bajo arco apuntado. Al exterior la fachada del monasterio forma ángulo recto con el palacio abacial, cerrándose con otras dependencias una plaza rectangular a la que se accede por un arco de medio punto. El palacio de las abadesas, del s. XVIII, presenta fachada de ladrillo encima de cuya puerta principal se ubica un escudo barroco en alabastro, entre leones rampantes y tenantes, con las cadenas de Navarra sobre el báculo abacial.