Con diez años Andima comenzó sus estudios de bachillerato en el colegio de los jesuitas de Tudela (Navarra). Orixe fue allí su profesor de latín. Con quince años, en 1921, ingresó en el Santuario de Loiola, con el propósito de hacerse jesuita. Tuvo como compañeros a Jokin Zaitegi, Lauaxeta o Placido Mujica, entre otros. Junto a ellos creó una pequeña agrupación a la que denominaron Elerti Bazkuna. Fue durante esos cinco años cuando nació el amor y el compromiso de Andima Ibiñagabeitia por el euskara.
Posteriormente se trasladó a Oña (Burgos) para estudiar Filosofía. Al finalizar sus estudios debía elegir entre hacer el servicio militar o ir a Colombia como maestro. Se decantó por esta segunda opción y pasó tres años en el país sudamericano. De allí fue enviado a Marneffe (Bélgica) a cursar estudios de Teología y Derecho Canónico.