Si bien el Estatuto de Autonomía de 1936 ya preveía la existencia del Gobierno, en tanto órgano Ejecutivo de la Comunidad Autónoma, la guerra civil impide la celebración de elecciones parlamentarias y con ello se frustra la constitución del Gobierno que contemplaba el Estatuto.
En este contexto de excepcionalidad, y siguiendo la previsión de la Disposición Transitoria Primera del Estatuto de 1936, se constituye un Gobierno Provisional presidido por el Lehendakari J. A. Aguirre e integrado por diez Consejeros. Ver El Primer Gobierno Vasco (1936-1980)
Un año más tarde el Gobierno Provisional parte al exilio hasta la vuelta oficial del entonces Lehendakari J. M. Leizaola, a finales de 1979. Fecha en la que tiene lugar en Gernika el traspaso de poderes a R. Rubial Cavia por aquel entonces Presidente del Consejo General Vasco. Un año más tarde, en concreto, en abril de 1980 y tras las primeras elecciones autonómicas que se celebran el día 9 de marzo del año en curso, el Parlamento elige como Lehendakari del primer Gobierno Vasco a C. Garaikoetxea. Y desde entonces hasta la actual legislatura, en concreto la VIII, se han sucedido los siguientes Gobiernos: en la I legislatura (abril 1980-febrero 1984) y en la II (abril 1984-marzo 1987) el Gobierno Vasco es presidido por C. Garaikoetxea; en las siguientes tres legislaturas, esto es, la III (marzo 1987-febrero 1991), la IV (febrero 1991-enero 1995) y la V (enero 1995-diciembre 1998) el Lehendakari es J. A. Ardanza; y en la VI, VII y VIII legislatura que se extienden desde enero de 1999 hasta 2009 el Gobierno Vasco lo preside J. J. Ibarretxe. La IX legislatura del Gobierno Vasco la preside el Lehendakari Patxi López.
Una institución cuya regulación se encuentra tanto en el Estatuto de Autonomía del País Vasco como en la denominada Ley del Gobierno aprobada por el Parlamento Vasco el 30 de junio de 1981 (en adelante, Ley 7/1981) y cuya sede radica en el distrito de Lakua, en Vitoria-Gasteiz.