En 1989 la Fundación Banco Urquijo, titular del Seminario de Filosofía Xavier Zubiri, pasó a denominarse Fundación Xavier Zubiri, instituyéndose con la finalidad de impulsar la difusión de obra del filósofo por medio de la investigación y la realización de cursos, cuidar de la edición de sus obras y crear un centro de documentación. El primer Patronato estuvo constituido, a propuesta de Carmen Castro, viuda de Xavier Zubiri, por José Lladó, Luis Cifuentes, Pedro Laín Entralgo, Leopoldo Calvo Sotelo, Rodrigo Uría, Manuel Gómez de Pablos, Jaime Carvajal e Inés Argüelles. Posteriormente, el Ayuntamiento de San Sebastián y la Diputación Foral de Gipuzkoa se integraron en la Fundación, que en 1993 organizó en Madrid el I Congreso Internacional sobre el pensador donostiarra.