Amputación de la diócesis de Baiona. Ya Fernando "El Católico" había manifestado su desagrado ante el hecho de que en el País Vasco la frontera eclesiástica no coincidiera con la política. Tal hecho no sólo resultaba lesivo a la soberanía de su esposa sobre Gipuzkoa sino también molesto testimonio de épocas pretéritas. Carlos I obtuvo, el 6 de mayo de 1526, un breve pontificio por el que se segregaba de la diócesis de Baiona el arciprestazgo menor de Gipuzkoa, compuesto por Hondarribia, Irun, Oiartzun, Errenteria y Pasaia, breve que parece no haberse puesto en práctica (Arocena: Documento inédito sobre segregación de diócesis, "BRSVAP", 1949, pp. 496-498). Es Felipe II el que, pretextando el establecimiento de un cordón sanitario entre su reino y el francés presa de las guerras de religión, obtiene de Pío V (30-IV-1566) una bula que separa, desde 1566, dicho arciprestazgo, la cuenca del Bidasoa y varios valles altonavarros que estaban bajo jurisdicción bayonesa. La operación, efectuada a título provisional, marcó de hecho una primera frontera, consagrada en 1712, año en que el obispado de Baiona y el monasterio de Roncesvalles permutan bienes situados en los dos reinos. El pretexto había sido la publicación en dichos arciprestazgos de las normas de Trento, cosa que el obispo de Baiona no había efectuado todavía. La primera visita del obispo de Pamplona a estas zonas tiene lugar en 1568.