El Nuevo Bilbao de la posguerra quedó marcado desde un principio por el estigma de la guerra. La abolición del Concierto Económico y del Estatuto de Autonomía serán algunas de las primeras medidas adoptadas por las nuevas autoridades que sirven para ahondar en el sentimiento derrota colectiva que se extiende entre los vencidos dentro del País Vasco. La represión afectará a amplias capas de la sociedad bilbaína. Las prisiones de Larrínaga, El Carmelo y otros centros fueron habilitados para soportar a los miles de presos durante los primeros meses de la posguerra. Republicanos, nacionalistas, socialistas, comunistas, anarquistas, y otros muchos sin militancia son encarcelados o fusilados. El socialista Ramón Rubial (conocido como Pablo en la clandestinidad) es detenido en Bilbao el 1 de noviembre de 1937 y condenado a 30 años de cárcel de los que cumplirá 20, tras serle conmutada la pena de muerte. Conocerá una larga serie de cárceles españolas y batallones de trabajo y será nuevamente condenado en consejo de guerra acusado de tratar de recomponer el diezmado Partido Socialista junto con Antonio Amat. El socialista bilbaino Julián Zugazagoitia, Ministro de la Gobernación con la República y exiliado en París, será detenido por la Gestapo, entregado por el Gobierno de Vichy a Franco en julio d 1940 y fusilado el 9 de noviembre del mismo año.
Los periódicos, las sedes de los partidos y sindicatos serán incautados por los vencedores y se incorporan al servicio del Nuevo Estado. El pluralismo ideológico sucumbirá a la represión franquista De las 34 publicaciones periódicas con las que contaba Bilbao en 1936-1937 -entre diarios, revistas y semanarios- tan solo sobrevivirán tres publicaciones, directamente controladas por el régimen: La Gaceta del Norte, el vespertino Hierro y El Correo Español-El Pueblo Vasco, surgido de la fusión de dos diarios del mismo nombre.
Los lugares más emblemáticos de la villa se convierten en escenario de la exaltación franquista y nacionalcatólica. La Gran Vía, el Sagrado Corazón, el Arenal o la plaza de Federico de Moyúa asisten a todo tipo de desfiles, misas de campaña y actos de desagravio. La Falange, el Frente de Juventudes, el ejército y la iglesia se constituyen en elementos omnipresentes de la vida cotidiana.
El control de las instituciones quedará en manos del poder central. El Gobernador Civil -cargo ostentado por el falangista Genaro Riestra durante los primeros años- será la máxima autoridad política de la provincia, ejercerá un férreo control sobre todo tipo de actos y asumirá la responsabilidad en el proceso de selección de Alcaldes, que ostentarán a su vez el cargo de jefes locales del Movimiento. Entre 1937 y 1975 Bilbao contará con los siguientes alcaldes:
- José María de Areilza: 21-06-1937 a 24-02-1938
- José María González de Careaga: 24-02-1938 a 19-08-1938)
- José Felix de Lequerica Erquiza: 19-08-1938 a 29-03-1939
- José María Oriol Urquijo: 13-04-1939 a 20-02-1941
- Tomás Perosanz: 20-02-1941 a 06-11-1929
- Joaquín Zuazagoitia: 06-11-1942 a 07-04-1959
- Lorenzo Hurtado de Saracho: 11-05-1959 a 18-11-1963
- Javier Ybarra Bergé: 18-11-1963 a 07-07-1969
- Pilar Careaga Basabe: 07-07-1969 a 30-07-1975
- José Luis Berasategui Goicoechea: 30-70-1975 a 18-04-1979
Son nombres en su mayoría pertenecientes a uno de los grupos sociales y económicos más poderosos de cuantos van a sostener al nuevo régimen: la oligarquía financiera e industrial de Neguri se constituirá en uno de los pilares fundamentales de la dictadura.
Sin embargo, el entendimiento de la élite económica resultará mucho más fácil que la convivencia de los cuadros y militantes de las dos fuerzas políticas más significadas del Régimen: Carlistas y Falangistas. El decreto de unificación que dio origen a FET y de las JONS (BOE del 20-IV-1937) no conseguirá solventar las graves diferencias existentes entre los elementos más extremistas. La Basílica de Begoña será testigo el 16 de agosto de 1942 de un duro enfrentamiento entre ambos grupos. Una bomba arrojada por los seguidores de José Antonio Primo de Rivera contra los carlistas en presencia del ministro del Ejército, el tradicionista Varela, termina con varios heridos. La crisis se saldará de forma salomónica con la ejecución del agresor y la destitución del ministro. Se tratan de episodios aislados, acallados por la censura, pero que revelan la importancia de las tensiones internas de los vencedores.
El hambre, el estraperlo y la cartilla de racionamiento dibujarán una ciudad que trata a marchas forzadas de recuperarse de los desastres de la Guerra. Se produce un rápido y compulsivo proceso de acumulación capitalista que corre paralelo a la perdida del poder adquisitivo de los salarios de los trabajadores. Los informes internos de la Cámara de Comercio, Industria y Navegación de Bilbao constatarán esta realidad. Miles de trabajadores pasarán a engrosar las filas de los batallones de trabajo durante los primeros años. La represión, la ilegalización de la huelga y de las organizaciones sindicales de clase impiden una reorganización del movimiento obrero. Sin embargo, la paz social impuesta por el régimen se romperá en Bilbao y su comarca en mayo de 1947. La gravedad de la situación social y las prometedoras perspectivas del contexto internacional tras la victoria de los aliados -posteriormente frustradas- impulsarán a las fuerzas políticas y sindicales al llamamiento a la huelga general. La iniciativa de la protesta corresponde a la denominada "Junta de Resistencia" un organismo dependiente del Gobierno Vasco en el exilio. Este y las diversas organizaciones políticas y sindicales como la UGT, CNT o STV firmarán las octavillas llamando al paro con un inequívoco contenido político contra la dictadura, a realizar el Primero de Mayo, fiesta del trabajo. Casi 400 empresas del área del Gran Bilbao y más de 20.000 trabajadores secundan la huelga, que se convierte en todo un símbolo dentro del movimiento obrero y la lucha antifranquista. La huelga es asumida como un éxito del Gobierno Vasco, y personalmente, del Lehendakari Aguirre. Sin embargo, la represión contra los trabajadores, encabezada por el Gobernador Civil, Genaro Riestra, será implacable.
La huelga de 1947 es considerada como el final de una época. A lo largo de los años cincuenta se producirán nuevos conflictos laborales en Bilbao que anuncian algunos de los cambios que se están produciendo en el seno de la sociedad. El más importante de ellos tiene lugar en la primavera de 1951. La iniciativa de la convocatoria de la huelga del 23 de abril parte del PNV, sin embargo se unirán a ella otras fuerzas políticas y sindicales, elementos procedentes de la Hermandad Obrera de Acción Católica (HOAC) e incluso carlistas y falangistas desencantados con la situación sociopolítica. Todo ello supone un punto de inflexión en la reorganización del movimiento obrero, definido por la incorporación de nuevos grupos y sensibilidades.
Durante los siguientes años se producirán otros conflictos laborales, como el protagonizado por los trabajadores de la empresa Euskalduna en diciembre de 1953 o los de 1956 que afectarán a las empresas de la zona industrial de Bilbao. La formación de las primeras comisiones de trabajadores, germen de las futuras Comisiones Obreras (CC-OO) configuradas como plataformas que canalizan las reivindicaciones laborales constituyen un síntoma de este cambio que se está produciendo. Se trata de movimientos espontáneos y sin continuidad, pero el germen de una nueva organización se está perfilando en esos momentos.
La propia dinámica del mundo laboral propicia el encuentro de grupos católicos con elementos procedentes del Partido Comunista (PCE). Los cambios en la estrategia de este partido, como la adopción de la política de Reconciliación Nacional, facilitan este acercamiento. Su implantación en el País Vasco es débil y sin embargo va a jugar un papel importante. En Bilbao tras la importante caída de la organización en 1948 comienza un proceso de reconstrucción. Su influencia se extiende no sólo a las empresas de la Margen Izquierda, sino a determinados círculos culturales como la Tertulia del Café Mauri, la Asociación Artística Vizcaína, el Instituto de Cultura Hispánica y el denominado Grupo de Baracaldo. Blas de Otero, Ciriaco Párraga, Morquecho, Lucarini, Vidal de Nicolás, Sabina de la Cruz, Emiliano Serna, Juan Viejo, Gabriel Aresti, Agustín Ibarrola o José María Laso son algunos de los nombres más destacados. A ellos se irán uniendo con el tiempo otros procedentes de lo que más tarde será la Nueva Izquierda Universitaria y el Frente de Liberación Popular (FLP, ESBA en Euskadi, popularmente conocido como el Felipe), como Luciano Rincón o Gabriel San Martín.
Durante las dos primeras décadas de la posguerra la actividad de los nacionalistas en el interior será muy limitada: el mantenimiento de una red de solidaridad y la organización de actos aislados de sabotaje o propaganda en forma de pintadas o ikurriñas son su expresión más notoria. La voladura de la estatua del General Mola en Bilbao el 28 de noviembre de 1946 constituye uno de los actos más importantes de la denominada Resistencia Vasca, una organización impulsada por el Partido Nacionalista Vasco (PNV).
Juan Ajuriaguerra "Aspe" será el dirigente encargado de la dirección y reorganización del Partido en el interior con un importante protagonismo en la huelga 1951. En 1952 un grupo de estudiantes bilbaínos publica EKIN; a ellos se unirán dos años más tarde las juventudes del PNV, un proceso que anunciará la futura aparición de una nueva organización. La celebración del Congreso Mundial Vasco en París en 1956 pone de manifiesto la existencia de nuevas sensibilidades dentro del nacionalismo vasco. En este foro Federico Krutwig plantea la necesidad de crear una guerrilla de liberación nacional.