Personalidad política vizcaína nacida 6 de agosto de 1903 en Bilbao. Muere en la misma ciudad el 25 de agosto de 1978.
Cursará sus primeros estudios, en el colegio de los Agustinos de Bilbao. A los 17 años se traslada a Alemania. Allí comienza la carrera de ingeniero químico, que abandona para volver de nuevo a Bilbao, donde completará su formación como ingeniero industrial en junio de 1927. Trabajará en la empresa Babcock Wilcox hasta el comienzo de la Guerra Civil 1936-1939 y contactará entre otros, con Luis Arredondo.
Hijo de un constructor de ideas carlistas y una madre liberal, desde su época estudiantil mostrará abiertamente su estrecha sintonía con el nacionalismo vasco, incorporándose a uno de los grupos juveniles de "mendigozales", uno de los ámbitos de sociabilidad y difusión más populares del mundo nacionalista. Poco después de la llegada de la Segunda República será nombrado presidente del batzoki de Deusto. En 1934 será designado candidato al Bizkai Buru Batzar (BBB), siendo elegido para el cargo, que desempeñó hasta el 28 de agosto de 1937, a pesar de su inicial oposición.
Durante la Guerra Civil jugará un importante papel como responsable de las milicias nacionalistas. Al poco tiempo de formarse el Gobierno Vasco dará la orden de organizar un aparato de propaganda para tratar de neutralizar la labor de los servicios franquistas en Francia.
Su participación en las polémicas negociaciones de capitulación mantenidas por el ejército vasco ante el cuerpo expedicionario italiano (Pacto de Santoña), constituye uno de los capítulos más polémicos de la reciente historia del País Vasco. Los primeros contactos se producen el día 25 de junio de 1937 con el militar italiano Da Cunto, que serán apoyados por Alberto Onaindía y Pantaleón Ramírez de Olano, director de Euzkadi, con el fin de reunirse con las autoridades italianas. Ajuriaguerra y Arteche proseguirán las negociaciones con el General Manzini (en realidad, General Roatta).
El incumplimiento del pacto y el fusilamiento el día 15 de octubre de 1937 de un grupo de dirigentes (nacionalistas, socialistas, solidarios, comunistas, cenetistas y soldados del ejército vasco), le llevará a protagonizar una contundente protesta, una huelga de hambre, que abandonará más tarde ante las sugerencias de los miembros del EBB encarcelados en el Penal del Dueso de Santoña. Entre ellos están hombres como Markiegi, Arzallus, Alberdi, Unzueta, Arteche y Solaun. Ajuriaguerra será condenado a muerte. A pesar de ser indultado de la pena capital pasará seis años encarcelado, recorriendo una larga serie de prisiones por todo el Estado, (El Dueso, Bilbao, Burgos, Toledo, Linares, Sevilla, Cádiz y las Palmas). A lo largo de estos años sufrirá diversas sanciones, tras haberse negado a dirigir como ingeniero las obras de un batallón de castigo. En 1938 contactará con su primo Luis Álava Sautu con el fin de impulsar la organización de un aparato de información en el interior, la "Red Álava".
Desde la cárcel se destacará como el auténtico reorganizador del PNV en el interior y el máximo dirigente del Partido en la clandestinidad. Tras la caída de la "Red Álava" designará a Jesús Solaun como encargado de reestructurar en el interior la labor truncada por el desmantelamiento del anterior aparato y comienza a poner las bases de "Eusko-Naia", el proyecto de organización paramilitar del PNV. A lo largo de 1942 tratará de crear desde la prisión de Burgos un denominado Bloque Nacional Vasco. Ajuriaguerra será el representante en el "Consejo Delegado del Gobierno Vasco". El 25 de junio de 1943 saldrá de la cárcel de Las Palmas. Será desterrado a Pamplona, empleándose como ingeniero en la empresa Huarte. Su liberación resultará fundamental para la reorganización del Partido. Ajuriaguerra dará unidad a las actividades de este último, al centralizar en su persona la dirección.
Ese mismo año de 1943 se reunirá con Pepe Michelena, con quien tratará de coordinar las actividades del servicio de información, donde colaborará con agentes británicos y americanos. Ajuriaguerra extenderá la estructura hacia la formación de otros grupos en Madrid, encargando de esta misión a Joseba Rezola y a Elósegui como intermediario.
En 1946 y a instancias del EBB volverá a pasar a la clandestinidad. Durante ese periodo mantendrá contactos con otros miembros del Partido en el interior, como Luis María Retolaza, Eusebio Zubillaga, Gerardo Bujanda, Jesús Insausti (Uzturre), dando nuevos impulsos a la Resistencia Vasca.
Durante este periodo de tiempo se dedicará a mantener y asegurar la pervivencia de su partido, destacando como el hombre fuerte del mismo. Será uno de los máximos responsables de diversas movilizaciones antifranquistas y de los Aberri Eguna convocados durante esta época. La huelga general de 1947 constituye uno de los capítulos más importante de los años cuarenta, impulsada por la denominada "Junta de Resistencia". Ese mismo año el dirigente nacionalista constituye, junto con el Lendakari Aguirre, los equipos internacionales de la Democracia Cristiana en Chaud-Fontain.
A finales de los años cuarenta Ajuriaguerra mantendrá diversos contactos como dirigente del PNV con la denominada "Alianza Nacional de Fuerzas Democráticas" y representantes civiles y militares monárquicos. Todo ello se desarrolla en medio de una coyuntura marcada por la moderación que lleva al EBB a aprobar la declaración política del 5 de marzo de 1949, una de las más importantes de la época. En ella se deja la puerta abierta a posiciones posibilistas que no contemplen la inmediata reposición del Gobierno en el interior del País Vasco. Este pronunciamiento, defendido por el Lehendakari Aguirre y por el propio Ajuriaguerra, se produce en medio de un posible acercamiento entre el gobierno republicano y los monárquicos y provoca el rechazo de algunos significativos dirigentes nacionalistas, como Manuel Irujo.
En febrero de 1952, tras la huelga de 1951, se verá obligado a refugiarse provisionalmente en Francia, donde trabajará como peón cerca de Lyón, bajo el nombre de "Juan Axpe". La represión y ciertos problemas creados acerca de la organización de los servicios de información influyen en este alejamiento. Poco después será visitado por Aguirre, Landáburu y Mitxelena, quienes le solicitarán su regreso.
Desde Francia realizará numerosos viajes clandestinos hacia el interior tratando de reorganizar la lucha del PNV en Euskadi, los servicios de resistencia, la ayuda a los presos políticos, el paso de combatientes aliados, etc., durante los cuales utilizará otros nombres en clave, como "Arteche" y "Ochoa". Su papel tras la muerte de José Antonio Aguirre en 1960 será decisivo, mostrando su apoyo incondicional y reforzando la autoridad de nuevo Lehendakari, Leizaola. En 1965 tomará parte en Taormina del "Equipo Democrático Cristiano del Estado Español", junto con la "Democracia Social Cristiana" de Gil Robles, la "Unión Democrática de Cataluña" y la "Izquierda Democrática Cristiana" de Jiménez Fernández.
En el año 1969 el EBB toma la decisión de renovar los cargos dirigentes del Partido para ser sustituidos por gente más joven, elegida a través de las Juntas Municipales. Sin embargo, tras dos años de ausencia, Juan Ajuriaguerra volverá a reincorporarse a la dirección en un momento en que entran otros nuevos miembros, como Xabier Arzalluz.
A raíz de las movilizaciones por el proceso de Burgos (diciembre de 1970) y de sus muestras de solidaridad con los abogados defensores, será desterrado a Atienza. (Guadalajara).
Tras la muerte de Franco encabezará la candidatura del PNV por Bizkaia en las primeras elecciones celebradas el 15 de junio de 1977. Su elección como diputado le obligará a abandonar la presidencia del BBB. Será el candidato de los nacionalistas a la presidencia del Consejo General Vasco, cargo que ostentará el socialista Ramón Rubial por un escaso margen de votos. Como responsable del Partido impulsó la participación en numerosas conferencias internacionales con diferentes fuerzas políticas europeas en las que trató de destacar la personalidad autónoma y característica del pueblo vasco.
El 2 de marzo de 1978 en una reunión mantenida en el Consejo General Vasco celebrada en Gipuzkoa será nombrado presidente de la comisión mixta Gobierno-Consejo General Vasco, encargado de la trasferencia de las competencias a la institución preautonómica. El restablecimiento de los Conciertos Económicos, las Juntas Generales y el trasvase de poderes constituirán en ese momento sus preocupaciones más importantes. Fue partidario de una estructura Federal del Estado Español y argumentaba para ello cuatro razones fundamentales:
"Como imperativo de su conciencia nacional, por su concepción de la democracia y la participación, por la necesidad de conseguir un mundo más humano y adaptado a la dimensión del hombre y por eficacia."
A mediados del mes de mayo de 1978 será ingresado en el Hospital de Basurto donde se le diagnosticará un tumor pulmonar. Su muerte el viernes 25 de agosto en Estella provocará una importante conmoción en el seno del partido. La desaparición de quien había sido considerado durante las últimas décadas como la verdadera autoridad del PNV dará lugar a un relevo, que con el transcurrir del tiempo se mostrará muy complicado, condicionado por dos personalidades políticas tan marcadas como la de Xabier Arzalluz, diputado por Gipuzkoa, y Carlos Garaikoetxea, presidente del Euskadi Buru Batzar.
El escaño de Juan Ajuriaguerra en el Congreso será ocupado por el nacionalista Josu Elorriaga. Un año después de su muerte, el Ayuntamiento de Bilbao votará por unanimidad dar una calle de la capital vizcaína con su nombre.