Los paulatinos avances de la técnica organística hacen que lleguemos a mediados del siglo XVII con unos órganos sustancialmente diferentes a los hasta entonces conocidos. Como veremos hay en esta época una gran floración de organeros vascos que introducen importantes novedades que van a definir el órgano barroco que adquiere preponderancia en la liturgia por imponerse la monodia acompañada a la polifonía vocal. El "registro partido", uno para cada mano, venía siendo aplicado ya desde 1567 en que introdujeron esta novedad Manuel y Gaspar Marín, organeros navarros. La "caja de ecos" había sido instalada por Domingo de Mendoza, organero de Lerín, en el convento de San Francisco de Vitoria en 1665. Poco después, en 1678, se hace la primera instalación de trompetería horizontal o de batalla en San Diego, de Alcalá de Henares, por Joseph Eizaga Echevarría, quien por las mismas fechas lo hace también en Mondragón. El teclado, adosado a la caja del órgano, obliga a instalar el instrumento en laterales para que el ejecutante no quede de espaldas al altar y pueda verlo. A principios del siglo XVIII se empiezan a introducir toda suerte de extravagancias, como pajarillos, etc. También es un organero vasco, Domingo Aguirre, quien introduce la "caja expresiva" en 1722 en el convento de San Francisco de Sevilla.
Las nuevas aleaciones utilizadas en la construcción de los tubos del órgano dan a éste un timbre más claro y una tesitura más aguda. Este es el tipo de órgano que se construirá desde mediados del siglo XVII hasta el primer tercio del XIX. El órgano más antiguo de estas características, aunque varias veces restaurado, es el de la Asunción de Labastida, de 1635. Su última restauración se terminó en 1984 por el organero marquinés Jose María Arrizabalaga. A mediados del siglo XVII encontramos al navarro Martín Sesma, con taller en Zaragoza, construyendo el órgano de Monreal, a Nicolás Brisset trabajando en el órgano de la catedral de Baiona (1657), y construyendo el órgano de Fitero, a Gérard Brunel, organero de Rodez, construyendo el órgano de San Juan de Luz (1660). El aragonés Jacinto del Río, con taller en Corella, instala varios órganos en Navarra y Guipúzcoa: Viana (1639), Azkoitia (1648), Lesaka (1650), Mendavia (1653), Deba y Errenteria (1654), Corella y Lodosa (1656), catedral de Sigüenza (1662). Hizo también reparos en Aránzazu.
Pero contamos asimismo con importantes organeros vascos de esta época. En Navarra hay dos centros de organería importantes: Lerín y Yanci. En el primero tiene su taller Lorenzo López de Galarreta Baquedano que trabaja en Obanos, cuyo órgano termina en 1653, Viana y Arroniz. Continúa su labor su hijo Laurencio. Juan Andueza Osaba (1649-1686) es organero de la Capilla Real hacia 1683, habiendo construido el órgano de la Universidad de Alcalá de Henares en 1670. Juan Tabar Andueza (1634-1682) hace reparos en San Lorenzo de Pamplona en 1669 y en Labastida en 1671, construye en 1672 el de Ochagavia, en 1681 los de Elvillar y convento de San Francisco de Viana, y en 1684 el de Dicastillo. Dos importantes organeros de Lerín compiten a fines del siglo XVII: Félix Yoldi Vegué (1655-1695) y Joseph Mañeru Ximenez (1672-1746). El primero realiza reparos en Santa María de Tolosa en 1683 y construye nuevos órganos en Andosilla, Arellano, Larraga y Ujué. El segundo, que trabaja en competencia con Yoldi sobre todo en Sangüesa (convento de El Carmen y el de La Merced) trabaja a la muerte de éste en Tudela, Estella, Puente la Reina, Villafranca, Mendavia, Santa María y Santiago de Sangüesa, Roncesvalles, Larraga, Urroz, Bera de Bidasoa, Tafalla, Carcar, Lerín y Miranda de Arga.
Al centro organero de Yanci pertenecen los Apecechea. El mayor de ellos, Juan Apecechea Talaya (1632-1707) trabaja sobre todo en Navarra: Lesaka, Unx, Santesteban, Carmelitas de Pamplona, Roncesvalles. Hace también el órgano de Oyarzun en 1686. El hermano menor, Cipriano, trasladó su taller a Cataluña donde hizo el órgano de la catedral de Lérida en 1679 y el de la Merced de Barcelona en 1683. Tomás Apecechea Hualde (1683-1744) hizo el órgano de Hondarribia en 1723.
Un tercer centro de organería en Navarra, aunque menos importante que los de Lerín y Yanci, fue el de Viana donde trabajó Francisco Olite, nacido en 1660, cuyos discípulos Felipe y Francisco Urarte trabajaron primero en Viana, Villanueva y Labastida y después se trasladaron a Ávila, Valladolid y Segovia. "Magister organorum regni Navarrae" fue denominado Antonio Bidarte de quien conocemos el órgano de San Miguel de Barcelona (1687). Trabajó también en Navarra Ambrosio Moliner que hizo el órgano de Nuestra Señora del Romero de Cascante en 1699.
En Guipúzcoa encontramos también importantes organeros barrocos. El franciscano Juan Bautista Tellería, fallecido en 1673, "primoroso maestro de órganos", hizo el de Aránzazu en 1668, y trabajó después, sobre todo en conventos franciscanos, en Navarra y Castilla. Importante organero eibarrés, ya antes mencionado, fue el también franciscano Joseph Eizaga Echevarría quien en 1659 hizo el órgano de San Andrés de Eibar al que en 1667 añadió nuevos registros. En 1667 construyó el de Nuestra Señora de Arrate, que en 1816 fue retirado por inutilizable. Hizo después, en 1670, los órganos de Errezil y Urrestilla, en 1677 el de Mondragón y en 1678 el ya mencionado de Alcalá de Henares. Hizo también reparos en Aránzazu en 1682. Joseph Echebarria (que quizá pudiera ser el mismo anterior) construyó en 1660 un órgano en Lekeitio y en 1665 otro en San Francisco de Vitoria, donde según algunos fue Domingo de Mendoza quien instaló la primera "caja de ecos" en esa fecha. Fue este Echebarría quien construyó el órgano de Cenarruza en 1670, aunque hay dudas sobre la fecha que algunos datan en 1760, en cuyo caso sería el otro Joseph Echeberria, organero del rey Carlos III, quien lo hizo. Se le atribuyen también aderezos en el órgano de la catedral de Zamora en 1672. Vuelto a Euskal Herria hizo en 1681 el órgano de Xemein, en 1683 realizó reparos en el órgano de Yoldi en Andosilla y trabajó en Tolosa y Urrechu en 1687. Llamado a Sevilla hizo arreglos en el órgano de su catedral en 1697. Fuera del país trabajaron dos organeros del mismo nombre: Pedro Liborna Echebarría. El padre estaba trabajando en Madrid en 1691 e hizo reparos en el órgano de la catedral de Salamanca y León (1744), en la de Oviedo (1749), Toledo (1758) y Segovia (1771).
En las tres provincias de Vizcaya, Guipúzcoa y Navarra trabajó uno de los más importantes organeros del barroco vasco: Matías Rueda Mañeru, pamplonés, discípulo de su tío Joseph Mañeru, quien debió fallecer hacia 1748. Aparece en 1722 en Tolosa, haciendo algunos reparos, y en 1723 en la catedral de Pamplona donde construye el órgano de la capilla de San Juan Bautista. En 1724 construye un nuevo órgano en Elorrio, ayudado por Santiago Erdoiza, en 1737 aparece restaurando el órgano de Santa María de Sangüesa y al año siguiente construye el órgano de Ustárroz, que quizá sea el mejor barroco de Navarra. En 1745 construye un nuevo órgano para la catedral de Pamplona. Antes de llegar Rueda a Elorrio tenía allí taller Antonio Echebarría quien en 1704 había hecho el órgano de San Pedro de Deusto y en 1708 añadió nuevos fuelles al órgano de Lekeitio al que en 1711 añadió también la trompetería horizontal.
Discípulo de Matías Rueda en Elorrio fue Santiago Erdoiza, sacerdote, quien en 1749 añadió nuevos registros al órgano de su villa. Fue tío y maestro de otro Santiago Erdoiza quien de 1762 a 1786 hace reparos en Deusto, de 1764 a 1783 en Santa María de Orduña, de 1769 a 1791 en Galdakao y en 1777 en Amorebieta y Elorrio. Construyó en 1778 el gran órgano de Ochandiano y en 1782 el de Santa María de Durango. Hemos mencionado antes a Joseph Echeberria, organero de Carlos III, quien hizo los órganos de Vinuesa (Soria) en 1785 y el de la catedral de Burgo de Osma en 1790. Renovó y aumentó el de Eibar en 1787. Del primer tercio del siglo XVIII fue el franciscano Domingo Aguirre quien residiendo en el convento de San Francisco de Bilbao hizo en 1710 el nuevo órgano de la basílica de Santiago. Pasó después a Castilla y Andalucía. En Palencia hizo en 1715 el órgano de su catedral y en Sevilla en 1722 el del convento de San Francisco iniciando ese año el de la catedral de Córdoba. Falleció en 1725 cuando construía en Sevilla el órgano de su catedral que terminó Diego Orio Tejada.
Franciscano del convento de Zarautz fue Manuel Joaquín Unceta que en 1778 hizo un nuevo órgano en Ondarroa. El ya mencionado Diego Orio, de Ezcaray, había conocido a Aguirre en Bilbao cuando hacía reparos en el viejo órgano de Santiago. En 1703 había hecho reparos en el de San Severino de Balmaseda y en San Pedro de Deusto. En 1727 hace la reforma del importante órgano de Covarrubias, al que añadió la trompetería. Organero de Bilbao fue Felipe Galarza de quien sabemos hizo reparos en Portugalete (1713), Orduña (1720) y Bilbao. Pero en el norte del país hay que destacar dos centros de organería barroca: Oñate y Elgoibar. Del primero era José Antonio Balzategui que hizo el órgano de Abadiano en 1721, el de Lekeitio en 1724 y el de Begoña en 1738. Hizo reparos importantes en Markina, Deusto y Bilbao. Más importantes fueron Lorenzo Arrazola y José Antonio Albizua Belaustegui. El primero hizo un nuevo órgano en Galdakao en 1744, instaló nueva lengüetería al de Santiago de Bilbao en 1746, hizo los nuevos órganos de Zeberio y Zeanuri en 1757 y en Busturia en 1769. Este último merece ser restaurado como lo fue el que Arrazola hizo en San Martín de Ataun en 1761. José Antonio Albizua, organero oficial de la diócesis de Calahorra, a quien se atribuye el invento de hacer subir o bajar medio punto el órgano, era yerno de Arrazola. En 1777 hace reparos en Amorebieta y desde 1777 a 1786 arreglos en Santa María de Gernika. Hace un nuevo órgano en Navaridas en 1779 y otro en Amorebieta en 1780, y en 1787 en San Andrés de Echebarría. Domingo Garagalza, también de Oñate, hizo un nuevo órgano en Zegama en 1789. De Elgoibar fue Teodoro Arrazain que a mediados del siglo XVIII hizo varios reparos en Berriatua, Elorrio, Lekeitio y San Agustín de Echebarría. De su hijo Francisco Antonio Arrazain sabemos que además de organero era constructor de claves, habiendo hecho uno para Ermua en 1797.
De procedencia riojana era la familia San Juan. Antonio de San Juan fue el que en 1768 hizo el órgano de Aiete, recien restaurado. Francisco San Juan hizo en 1777 el del convento de Clarisas de Balmaseda y en 1771 el de Santa María de Sesma. Manuel de San Juan hizo nuevos órganos en Santa María de Allo (1776), la Asunción de Cáseda el mismo año, San Esteban de Arguedas en 1795 y Santa María de Moreda en 1802. A mediados del siglo XVIII trabaja en Navarra el aragonés Bartolomé Sánchez cuyo hijo Tomás hace en 1795 el órgano de Valtierra dejando inacabado el de San Nicolás de Pamplona que terminan sus cuñados Silvestre Thomas y Fermín Usarralde. El primero de ellos es el que hace los buenos órganos de Roncal (1749) e Isaba (1751). Los hijos de Fermín, Gregorio y Miguel Usarralde hacen el órgano de Ablitas en 1805.
A principios del siglo XVIII hemos dejado antes el centro organero de Lerín que tiene continuidad con Joseph Ripa Yoldi, quien construye en Pamplona los órganos de la Merced (1707) y San Cernin (1709). Construye después los órganos de Cirauqui (1714), Roncesvalles (1716), Arellano (1719) y San Juan de Estella (1724). Pero el centro de Lerín nos ofrece a lo largo del siglo XVIII una importante familia de organeros: los Tarazona. El padre, Lucas Tarazona Roldán, construye órganos en Lanciego y Cascante en 1709, Leza en 1710, convento de Carmelitas de Sangüesa en 1714, la Magdalena y convento de Santo Domingo de Tudela en 1721 y en la colegiata de Tudela en 1729. Sus hijos Marcos, Julián y Santos Tarazona López trabajaron juntos en Pitillas, Arróniz y Villafranca (1745). Lucas Antonio Tarazona López, que trabajó con su padre y con Mañeru, hizo órganos en Los Arcos y San Jorge de Tudela. Y por fin el otro hijo, Ramón Tarazona López, que trabajó con Matías Rueda y compró su taller, hizo órganos en San Pedro de Puente la Reina (1762), Falces (1766), Huarte-Araquil (1766), Aibar (1770), Villava (1775), Echarri-Aranaz (1780) y Santesteban (1787). En la segunda mitad de este siglo XVIII son también organeros Joseph Ramón Goicoechea, Simeón Colomo, Francisco Javier Betolaza, Manuel Carbajales, Salvador Baquijano, Antonio Pablo Quintana y Pedro Corti.
Pero si el órgano renacentista en Euskal Herria contó con organeros extranjeros, también el barroco tuvo aportaciones sobre todo de franceses e italianos. Adrien Lespine hizo arreglos en San Juan de Luz en 1722 y Juan de Silo hizo reparos en San Salvador y Santiago de Sangüesa en 1777. Fueron, sin embargo, Guillermo y Juan Monturus quienes más relevancia tuvieron en la época final del órgano barroco. El primero, discípulo del benedictino François Bedos de Celles, se instaló en Santo Domingo de la Calzada desde donde construyó los órganos de San Juan de Laguardia (1792), Santa María y San Pedro de Viana (1795), Aguilar de Codes (1795) y Santa María la Real de Fitero (1799), entre otros. Su hijo Juan Monturus hizo los órganos de Elciego (1818), Azkoitia (1824), Azagra (1829) y San Miguel de Leiza (1835). El italiano Francisco Basconi trabajó sobre todo en Navarra: Pamplona, Funes, Ujué y la colegiata de Tudela. El también italiano Andreas Gasparini, después de hacer en 1774 el órgano de Briones, construyó el de Lekeitio (1776) y el de Markina (1779). Este último instrumento fue reparado por Florentini en 1798.
Dos organeros, uno navarro, Diego Gómez, y otro guipuzcoano, Diego Amezua, van a dar origen a sus respectivas familias que van a proporcionarnos en el siglo XIX un nuevo tipo de órgano, el sinfónico. Diego Gómez construye órganos en Esparza de Galar y Peralta. El azpeitiano Diego de Amezua, que trasladó su taller a Pamplona, hizo el órgano de Bidángoz en 1784 haciendo después numerosos reparos en Elorrio, donde construyó uno nuevo en 1800. Reparó luego los de Amorebieta y Begoña, haciendo uno nuevo para San Nicolás de Bilbao en 1802. Por estas fechas hizo un nuevo órgano para el convento de Carmelitas de Markina que fue vendido en 1814 a Mundaka, trasladado casi un siglo después, en 1912, a Ugarte de Muxika donde permanece en lamentable estado. Construyó también los órganos de las catedrales de Santiago de Compostela y Astorga.