La era moderna podemos situarla después de la conquista de Navarra. De hecho, el comienzo del Renacimiento en el País Vasco lo relacionamos con la publicación del libro, Linguae Vasconum Primitiae de Bernat Etxepare en 1545. Sin embargo, siendo el tema de este trabajo la guerra, dividiremos los periodos históricos en relación a los acontecimientos de guerra. La conquista de Navarra marca una nueva era en la historia de Euskal Herria. A partir de este momento las tierras vascas estarán dominadas por fuerzas extranjeras, y si antes las guerras eran relacionadas con la defensa del territorio, a partir de ahora será la defensa de los fueros vascos la principal motivación para la guerra. Esta época estará marcada por el desarrollo de la burguesía y la caída de la nobleza junto a las revueltas de la población. El fin de este período esta comúnmente ligado a la Revolución Francesa, pero nosotros lo relacionaremos con las Guerras Carlistas, ya que con ellas se da fin en todo el territorio vasco a los derechos forales.
Aquí volveremos a ver las características mencionadas anteriormente, pero en un contexto histórico diferente. Durante estos siglos las ideas del Renacimiento por una parte; la nueva visión del mundo, los grandes descubrimientos, y por otra parte la transformación de la sociedad, de una estructura feudal a una estructura de clases provocará grandes cambios y las tierras vascas no quedaran al margen de ello.
A continuación recogemos los momentos más significativos relacionados con la guerra
Las matxinadas son revueltas sociales surgidas entre los siglos XVII y XIX. No son guerras propiamente dichas pero merecen aquí su mención por su característica social. La matxinadas son la expresión de un descontento generalizado por parte de una clase social, sobre todo los campesinos que sufren directamente las consecuencias de las crisis sociales, económicas y políticas. De hecho durante esos siglos la hambruna y las plagas son frecuentes, los señores y nobles están a la merced de los dictámenes de Madrid o Paris y ello no provoca más que el descontento de la población. Los levantamientos tienen lugar en todo el territorio vasco y están ligadas a las reformas fiscales y económicas por un lado y a la constante vulneración de los derechos forales por el otro. Estos levantamientos eran fuertemente reprimidos. Se puede decir que las guerras que sucederán en el siglo siguiente tienen aquí su origen. La revueltas siguieron también en el siglo XIX, podemos citar como ejemplos la Zamacolada en defensa de los fueros en 1802 y la Gamazada en contra de las reformas fiscales en 1893.
La Revolución francesa duro 10 años. Desde 1789 hasta que Napoleón tomó el poder en 1799. Esa época fue conflictiva en Ipar Euskal Herria ya que supuso el final de los derechos y poderes locales. El momento más significativo fue el de la Guerra de Convención entre 1793-1795 donde las consecuencias se sintieron en todo el territorio vasco. Las medidas tomadas por Francia y España tendrán sus consecuencias en el suelo vasco. Las zonas militares se situaban de los dos lados de la frontera en pueblos vascos como Hendaya, Sara, Urruña, San Juan de Luz y los valles de la zona montañosa por un lado y San Marcial, Bera, Baztan, Luzaide por la otra. La población civil se encuentra en medio de la contienda. Pero la guerra de la Convención no suscitó mucho entusiasmo entre los habitantes vascos. Las instituciones forales formaron tercios pero era sobre todo para evitar más tensiones con Madrid. Las campañas de reclutamiento tuvieron poco éxito en los dos lados de la frontera. Y, aunque por diferentes razones, se acusará a la población vasca de ambos lados de colaborar con el bando contrario. En consecuencia, los foros serán puestos en entredicho y las provincias vascongadas serán consideradas traidoras y en Iparralde se multiplicarán las ejecuciones, encarcelamientos y deportaciones acusados de ser contrarrevolucionarios y refractarios. Es de mencionar el caso de Guipúzcoa: La Juntas de Guipúzcoa comenzaron negociaciones con Francia con el objetivo de lograr una provincia independiente pero al final no lo lograrán. En este conflicto los vascos defendieron una vez más sus propios intereses pero en cada lado se les acusó de colaborar con el bando contrario. La Revolución francesa y sobre todo la Guerra de la Convención aumentó las tensiones entre la corte española y las instituciones vascas por un lado, por el otro truncó definitivamente toda esperanza de reforma en Iparralde.
Las campañas de Napoleón empiezan con la guerra de Convención todavía en la mente. En 1808 Napoleón invade España y nombra a su hermano Rey José I. Sus tropas pasan por territorio vasco en un va y viene que destruye todo el suelo vasco. Numerosas actas de los consejos de pueblos de Iparralde dan noticia de la situación desastrosa en la que están las carreteras, las casas etc.... Cuando Napoleón invade España ocupa Donostia, Gasteiz y Bilbao. Pero cuando las tropas de Wellington responden y que después de la batalla decisiva de Gasteiz Jose I tiene que huir, las tropas francesas vuelven a Francia en retirada. A su paso por Donostia el 31 de Agosto de 1813, las tropas de Welington y los españoles que les siguen, echan a los franceses de la ciudad y destruyen la cuidad, no solo quemándola pero también matando a los civiles, violando a mujeres y saqueando las casas. España no había olvidado los sucesos de la guerra de la Convención cuando Donostia dejo entrar a las tropas francesas; y los generales Castaños y Álava ordenaron pasar a cuchollo toda la cuidad. Más tarde acusarían a Francia del incendio y destrucción de la ciudad. Finalmente cuando las tropas de Wellington pasan por Iparralde siguiendo a Napoleón destruyen todo a su paso y las tierras vascas sufren de nuevo, saqueos, incendios violaciones, matanzas...
Sin embargo la participación vasca en esta contienda no es despreciable, sobre todo en Navarra donde la provincia no necesitó de tropas españolas, pues se liberó ella sola con la formación de guerrillas. Entre los guerrilleros encontraremos personajes famosos de la historia como son, Francisco Espoz y Mina, su sobrino Mina Larrea "el Mozo", Gaspar Jauregui, y el mismo Tomas Zumalakarregi.
En lo que concierne a los Fueros. La época napoleónica tuvo su especificidad. De hecho la constitución de Bayona recogía el respeto de los fueros pero sometido a debate cuando se formaría el gobierno. Hecho que nunca se dio y que entonces no se aplicó. Fernando VII y más tarde los liberales se encargarán de hacer lo que ya Godoy, el ministro de Carlos IV, tenía en mente: acabar con los fueros.
En estas guerras aflorarán los conflictos ocultos de los siglos pasados ya que la defensa de los fueros encontrará su expresión a través de una no, dos, guerras abiertas. La primera guerra carlista durará entre 1833 y 1838 y la segunda entre 1872 y 1876 y la consecuencia más notoria será la abolición de los Fueros. La primera guerra acabará con los fueros Navarros mientras que la segunda con los de Vizcaya, Álava y Guipúzcoa. No vamos aquí hablar del desarrollo de la guerra como tal ya que mucho se ha escrito sobre el tema. Solo diremos que lo que fue una guerra dinástica que enfrentaba a dos modelos políticos opuestos (el Conservador y el Liberal) en España, se plasmó en Euskal Herria en una guerra en pro o en contra de los Fueros. Hasta el reinado de Fernando VII los ataques a los Fueros vascos fueron constantes por parte del poder real de Madrid. Esta vez los Carlistas (los que estaban a favor de Carlos V - los conservadores-) prometen defender los fueros. Entonces las instituciones forales levantan verdaderos ejércitos contra los liberales. En la primera contienda sobresale en general Zumalakarregi, en la segunda es notorio el papel del Cura Santa Cruz.
Las instituciones vascas tenían que dar un cupo de hombres al ejército francés o español en las contiendas que hemos citado anteriormente. Durante la guerra de Convención por ejemplo, había 8000 hombre en el frente vasco a lo que hay que añadir el reclutamiento de voluntarios. La diputación de Guipúzcoa forma tercios con un total de 4600 mozos a petición de Madrid. Aunque los fueros prohibían que los vascos luchasen fuera de sus provincias, la instituciones forales entregaron, para evitar más tensiones con el poder central, tercios con un total de 3000 hombres para la campaña de Marruecos de 1859-1860. Del mismo modo se organizaron tercios vascongados durante la Guerra de 10 años en Cuba entre 1868 y 1878 para apoyar España. De hecho los poderosos hacendados vascos en Cuba jugaron un papel importante en pro de que Cuba siguiera siendo española.
Cuando en 1876 se abolen los fueros, la circunscripción se hace obligatoria (ya lo era en Navarra e Iparralde) para los vascos de todos los territorios y a partir de entonces los mozos vascos serán llamados a las contiendas en el ejército francés o español. Es notoria la presencia vasca en el ejército español durante la guerra de Independencia de Cuba entre 1895-1898, donde de los 53 000 españoles que murieron en suelo Cubano, 2000 aproximadamente fueron vascos. Sin embargo en el mismo momento surge el nacionalismo vasco y aunque los vascos no estuvieron de manera organizada en el bando insurrecto sí apoyaron la independencia de Cuba. Muestra de ello es la posición tomada por Sabino Arana con respecto a la guerra de Cuba.
Para terminar evocaremos la presencia vasca en los ejércitos franceses durante este periodo. El historiador Iñaki Egaña nombra en su Diccionario histórico-político de Euskal Herria los siguientes: las conquistas de Indochina y Argelia en el siglo XIX, la guerra de Crimea en 1854, la guerra contra Prusia en 1870 entre otros.