No podemos hablar del nacimiento de las ikastolas en Elgoibar sin antes mencionar los años posteriores a la Guerra civil. La situación de postguerra acabó con cualquier manifestación en favor de la cultura vasca: el euskara sólo se escuchaba en el interior de las casas y al acudir a la escuela los niños se iban castellanizando. En Elgoibar muchos hogares se volvieron castellano parlantes bajo la influencia de dichas escuelas. En la década de los 50 la situación empieza cambiar levemente. Los movimientos en favor de la cultura vasca comienzan su andadura clandestinamente: teatro, escuela nocturna, ... En 1958 Lurdes Alberdi, Miren Vallejo, Jesús Larrañaga y Félix Etxeberria comenzaron a impartir clases, utilizando para ello libros como "Xabiertxo" y "Boga-boga". Poco después se creó la asociación cultural "Ongarri".
Unos años más tarde, en 1963, surgió la asociación cultural Izarra de Elgoibar, con el objetivo de cultivar la cultura vasca en euskara. Al poco tiempo de crearse contaba ya con 1.300 socios. Necesitaba un local y ante tal necesidad todos los habitantes respondieron espléndidamente. La sociedad Izarra compró el local situado en la calle San Francisco, nº 24 (la Ikastola de Loriton). Al comienzo los padres de Elgoibar acudieron a Carlos Santamaria y Juan Goia para obtener noticias acerca de las ikastolas de San Sebastián y Hernani. Gracias a sus consejos y con la ayuda de la maestra Karmele Esnal, transcurrido un curso, la maestra Itziar Ajuria dio comienzo a la andadura de la Ikastola de Elgoibar el 2 de mayo de 1962, con 29 niños. En relación a la organización pedagógica, los primeros años resultaron bastante difíciles. En aquellos años conseguir profesores con título y que supieran euskara era muy complicado. Cabe destacar que al principio los profesores de la Ikastola contaban con exiguo sueldo y no cotizaban a la Seguridad Social.
En los años siguientes, la asociación Izarra de Elgoibar dejó de ser una asociación cultural para convertirse en Sociedad Anónima y mediante la Sociedad Anónima Gure Kai adquirió el aula de Ubitarte. Durante esos años, la situación política era bastante inestable. Los gobernadores habían dado la orden de cerrar todas las ikastolas ilegales (Oltra Moltó, orden el 11 de agosto de 1968). Es reseñable la ayuda del párroco Don Juan Beristain. La Ikastola estuvo bajo la protección de la Iglesia. La educación preescolar se denominó "Catequesis Parroquial" y los niños de más de sis años acudían a la "Escuela Parroquial". Siendo cada vez mayor el número de alumnos, la propia Iglesia cedió sus locales a la Ikastola. El 3 de diciembre de 1970, al recibir el permiso oficial, el titular de la Ikastola todavía era la Iglesia.
En 1969 se creó la asociación de Ikastolas de Gipuzkoa, formando parte de la misma la Ikastola de Elgoibar. Tras obtener la legalización, pasó a denominarse "Escuela Parroquial San Bartolomé". En 1971 la ley ofreció nuevas oportunidades a la Ikastola: los alumnos podían permanecer hasta los 14 años, obtener la cartilla escolar, ... pero al mismo tiempo, generó nuevas condiciones y una de ellas era la de convertirse en un colegio adecuado. En 1973 la asociación Izarra de Elgoibar, que contaba con 1.300 socios, inició una serie de grande cambios. Se disolvió la S.A. Gure Kai, la cual se formó para evitar que la asociación cultural Izarra perdiera su patrimonio. La Ikastola cobró una mayor autonomía y el 12 de septiembre se organizó como Cooperativa de Enseñanza. La Cooperativa tomó el nombre de Pedro Miguel Urruzuno (en honor al escritor del mismo pueblo). De ese año era el proyecto que pretendía utilizar el caserío Aubixa como centro de ocio.
En 1974 recibió el permiso para levantar el nuevo centro. Fueron 350 los socios que desarrollaron una campaña a fin de recaudar fondos y la firma de las escrituras tuvo lugar el 9 de octubre de 1976. Así, en 1976, se construyó en Mahala la Guardería Infantil Laboral Pedro Miguel Urruzuno. La nueva escuela se estrenó también en 1976, aunque realmente se inauguró el 26 de junio de 1977. Además de este nuevo centro, cabe destacar las diferentes aulas de preescolar que se encontraban diseminadas por todo el pueblo: el aula de Loriton (en la calle San Francisco, nº 24), las aulas de Ubitarte, las de Plaza Txiki,...
En 1976 la Cooperativa Pedro Miguel Urruzuno, titular de la nueva Ikastola, se separa de la asociación Izarra. Ese año se solicita a los profesores que se conviertan en socios y así se convierte en una cooperativa de padres y profesores. En 1979, legalmente, el titular de la Ikastola es la Cooperativa de Enseñanza Pedro Miguel Urruzuno y el nombre de la misma es Colegio San Bartolome. A partir de 1986 pasa a denominarse Ikastola San Bartolome, trascurridos ya 24 años de su nacimiento.
Durante esos años, al incorporarse numerosos niños castellano hablantes, se decidió integrarlos en el modelo B para que pudieran aprender euskara paulatinamente. Así, en el período 1979-1984 se lleva a cabo dicha dinámica a modo de experimento. En 1984 se establece el modelo D para todos los alumnos. En 1992 entró a formar parte del segundo grupo de ikastolas que tomaban parte en el proyecto de plurilingüismo temprano. Ese mismo año solicitan el permiso para impartir el BUP y lo obtienen.
El 19 de febrero de 1993 el Gobierno Vasco promulgó el Proyecto de Ley sobre la Escuela Pública Vasca. Dicha Ley suscitó cierta controversia en la Ikastola y en la propia ciudad. La Ikastola debía elegir: mantener su carácter privado o integrarse en la red pública. En esa encrucijada, la Comisión de la Cooperativa decidió que la Ikastola mantuviese su carácter privado, formando parte de la asociación Partaide.
En 1996 la Ikastola de Elgoibar organiza el Kilometroak 96. Ese mismo año obtiene el permiso para impartir tanto el Bachiller como la ESO.
En el año 2000, la Asamblea General aprobó su nueva denominación, Ikastola Elgoibar, y así se publicó en el BOPV.
Adaptándose a las nuevas situaciones, cabe destacar que la Ikastola Elgoibar en 1995 de mano de la Fundación Euskalit participó del modelo EFQM. El 2 de diciembre de 2002 la Cooperativa Pedro Miguel Urruzuno fue designada por el Gobierno Vasco como entidad de Utilidad Pública. En 2003 inauguran nuevas aulas de Educación Preescolar y de Guardería. Conceden el permiso para impartir Educación Infantil a la Ikastola Elgoibar. A partir de ese momento, todos los servicios que ofrece la ikastola se ven unificados en un mismo ámbito.
De mano del proyecto Eskola Agenda21, la Ikastola Elgoibar obtuvo en 2008 el certificado de Escuela Sostenible, y se vio integrada en la red de Escuelas Sostenibles (IRAES 21), siendo una de las promotoras. En 2008 recibió el Diploma de Compromiso hacia la Excelencia y el 16 de diciembre de 2010 obtuvo la Q de Plata del Gobierno Vasco.
En 2011 la Ikastola Elgoibar obtuvo el certificado que otorga el Gobierno Vasco a la calidad en la gestión del euskara, el "Urrezko Bikain", es decir, la máxima distinción. En 2012 la Ikastola celebró su 50 aniversario.