Elgoibarko Ikastolen sorrera ezin dugu kontatu 1936-39ko Gerratearen ondorengo urteak kontutan hartu gabe. Gerra ondorengo egoerak euskalduntasunaren aldeko agerpen guztiak isilarazi zituen: euskara etxeko zuloan beste inon ez zen entzuten eta eskolara joatean haur guztiak erdaldunduz zihoazen. Sukalde asko erdaldundu zen Elgoibarren eskola haien eraginez. 1950 hamarkadan hasten da egoera zertxobait aldatzen. Euskal kulturaren aldeko mugimendu ezkutu eta isilak lehen urratsak ematen hasten da: antzerkia, gau eskolak... 1958an euskarazko klaseak ematen hasten dira Lurdes Alberdi, Miren Vallejo, Jesus Larrañaga eta Felix Etxeberria, Xabiertxo eta Boga-boga erabiliz. Geroxeago Ongarri euskal kultur elkartea ere sortu zen.
Urte batzuk geroxeago, 1963an, Elgoibarko Izarra Kultur Elkartea sortu zuten da, euskal kultura euskara hutsez lantzeko asmoz. Sortu eta berehala 1.300 bazkide bildu ziren bertara. Lokala behar eta herritarrek erantzun bikaina eman zioten, horrela Elgoibarko Izarrak, San Francisco kaleko 24.go lokala erosi zuen (Loritoneko Ikastola ). Hasieran Elgoibarko gurasoak Donostiako eta Hernaniko ikastolen berri izateko Carlos Santamaria eta Juan Goiarengana joan ziren. Hauen aholkuak jaso eta Karmele Esnal andereñoaren laguntzaz ikastaldi bat egin ondoren. Itziar Ajuria andereñoak eman zion hasera Elgoibarko Ikastolari, 1962ko maiatzaren 2an, 29 ume txikirekin. Haserako urteak, antolakuntza pedagogikoari dagokionez, zailak izan ziren. Urte haietan irakasle tituludunak eta euskaldunak lortzea oso zaila zen, aipatu behar da hasieran Ikastolako irakasleek soldata urri eta Gizarte-Segurantza kotizatu gabe egiten zutela lan.
Ondorengo urteetan, Elgoibarko Izarrak, Kultur Elkartea izatea utzi eta Elkarte Anonimoa egitea pentsatu zuen eta Ubitarteko gela Gure Kai Elkarte Anonimoaren bitartez erosi zuen. Urte hauetan egoera politikoa bihurria zen, Gobernadoreek emana zuen agintea lege-kanpoko ikastolak ixteko (Oltra Moltó, 1968ko abuztuaren 11ko agintea). Don Juan Beristain parrokoaren laguntza azpimarratzekoa izan zen, elizaren babesean egon zen Ikastola, Eskolaurrearen izena "Catequesis Parrokiala" jarri zioten eta sei urtetik gorakoari "Escuela Parroquial-Parrokiko Eskola". Umeak gero eta gehiago izanik, Elizak bere lokalak ere utzi zizkion Ikastolari. 1970eko abenduaren 3an baimen ofiziala heldu zitzaionean, Elizaren titularitatearen pean zegoen.
1969. urtean Gipuzkoako Ikastolen Elkartea sortu zuten, Elgoibar Ikastola partaide zelarik. Legeztatu ondoren Ikastolak "Escuela Parroquial San Bartolomé- San Bartolome Parroki eskola" izena hartu zuen. 1971n legeak aukera berriak eman zizkion Ikastolari: 14 urte arte egoteko aukera, eskolaketa kartila... baina baita ere baldintzak berriak ezarri, eta hauetako bat ikastetxe egokia izatea. 1973. urtean, 1.300 bazkide zituen Elgoibarko Izarra Elkarteak aldaketa handiei ekin zion. Gure Kai E.A. (Elgoibarko Izarra elkarte kulturala izanik zituen jabetzak galtzeko arriskua ekiditeko eratua) desegin egin zen eta Ikastolak autonomia hartu, irailaren 12an Irakaskuntza Kooperatiba egitura hartuz. Kooperatibari Pedro Miguel Urruzuno izena jarri zitzaion (herriko idazlearen omenez). Urte horretakoa da Aubixa baserria prestatu eta aisialdi gune bezala erabiltzeko proiektua.
1974an ikastetxe berria egiteko baimena iritsi zen. 350 bazkidek eman zuten aurrera diru biltzeko kanpaina et eskrituren sinadura 1976ko urriaren 9an egin zen. 1976an, Mahalan, eraiki zen Pedro Miguel Urruzuno Haurtzaindegia (Guarderia Infantil Laboral). Eskola berria ere 1976an estreinatu zen, nahiz eta ofizialki 1977ko ekainaren 26an inauguratu. Ikastetxe berria ez ezik aipatu behar dira herrian sakabanatuan egon ziren eskolaurreko gelak: Loritonekoa (San Frantsizkoa 24a alegia), Ubitarteko gelak, Plaza Txikiako gelak...
1976. urtean Miguel Urruzuno Kooperatiba, Ikastola berriaren jabea, Elgoibarko Izarratik bereizten da. Urte honetan irakasleek ere bazkide bezala sartzea eskatzen dute eta guraso eta irakasle kooperatiba bihurtzen da. 1979. urtean lege aurrean Ikastolaren jabea Pedro Miguel de Urruzuno Irakaskuntza Kooperatiba da eta Ikastolaren izena Colegio San Bartolome. 1986. urtetik aurrera San Bartolome Ikastola izenaren jabe egiten da, hasi eta 24 urtetara.
Urte hauetan haur erdaldun asko zetorrenez, hauen euskalduntzea B eredutik euskara poliki-poliki irakastea erabaki zen. Honela, 1979-1984 urte bitartean esperimentu gisara ezartzen da dinamika hau. 1984. urtean ikasle guztientzat D eredua ezartzen da. 1992. urtean Eleanitz goiztiarraren proiektuaren bigarren ikastola multzoan sartzen da eta urte berean BBBrako baimena eskatu eta lortu zen.
1993ko otsailaren 19an Euskal Eskola Publikoari buruzko Legearen Proiektua onartu zuen Eusko Legebiltzarrak. Lege honek eztabaida ekarri zuen Ikastolara, Kooperatibara eta herrira, gatazka uneak izan ziren. Ikastolak aukera egin behar zuen: pribatu gisa jarraitu ala publikoan sartu. Bidegurutze honetan Kooperatibako Batzarrak Ikastola sare pribatuan geratzea erabaki zuen, Partaideko Ikastola bezala.
1996.urtean Kilometroak 96 antolatzen du Elgoibar Ikastolak Elgoibarren. Urte berean DBHrako nahiz Batxilergorako baimena lortu zuen.
2000. urteko Batzar Nagusian onartu eta 2001eko abenduaren 12an EHAAk argitaratu zuen izen berria, Elgoibar Ikastola.
Egoera berriei egokituz, esan Elgoibar Ikastolak 1995. urtean izan zuela EFQM ereduari buruzko lehen berria Euskalit Fundazioaren eskutik. 2002ko abenduaren 2an Pedro Miguel Urruzuno Kooperatiba Herri Onurako izendatu zuen Eusko Jaurlaritzak. 2003. urtean HH gela berriak eta Haurtzaindegi berria estreinatzen dira. Haur Eskolarako baimena ematen zaio Elgoibar Ikastolari. Urte honetatik aurrera ikastolako zerbitzu guztiak gune berean bilduta geratzen dira.
Eskola Agenda21 proiektuaren eskutik 2008an Eskola Iraunkorraren ziurtagiria jaso zuen Elgoibar Ikastolak, eta Iraunkortasuneko Eskolen Sarean (IRAES 21) sartu zen, sortzailetako bat izanik. 2008an Bikaintasunerako Konpromiso Diploma hartu zuen eta 2010eko abenduaren 16an Eusko Jaurlaritzaren Zilarrezko Q Saria eskuratu zuen.
2011n Eusko Jaurlaritzak ematen duen euskararen kudeaketaren kalitate ziurtagiria eskuratu zuen Elgoibar Ikastolak, "Urrezko Bikain" edo maila gorenekoa alegia. 2012. urtean ospatzen ditu ikastolak honek bere 50. Urteurrena.