Además de los títulos ya mencionados, los escritos de J. D. Zamácola fueron: Derrotero muy individual y circunstanciado desde la ciudad de Buenos Aires hasta la de Arequipa por noticia de cuanto raro y particular se halla en las ciudades, pueblos y caminos del tránsito, un tomo en folio; Historia de N. Señora de Cayma, 1 vol., 4° (perdido); Pláticas doctrinales y morales predicadas en la iglesia de Cayma, dos tomos en cuarto; Historia del espantoso terremoto acaecido en Arequipa el día 13 de mayo de 1784, con las noticias circunstanciadas de las desgracias acaecidas durante todo aquel año, con una descripción de su famoso volcán, dedicado al mismo Sr. Ilustrísimo, un tomo en folio; Diario del viaje emprendido por dicho Sr Ilustrísimo a las provincias de Moquegua, Tacna y Tarapacá en prosecución de su santa visita, siendo secretario de Visita el mencionado Cura Rector del pueblo de Cayma. Se hace una descripción de cada pueblo de los visitados, sus costumbres, policía, manufacturas y producciones de la Naturaleza..., un tomo en folio; Varias representaciones, hechas a los Excelentísimos Señores Virreyes del Perú e Intendentes de Arequipa por el mejor arreglo y policía del pueblo de Cayma, un tomo en folio; Novena a Nuestra Señora de la Candelaria de Cayma. Se imprimió en Lima, años de 1790 y 96; Resumen histórico de la villa del Ilustrísimo señor Doctor Don Manuel Abad Illana, Obispo que fué primero de Córdoba en la provincia de Tucumán y después de Arequipa, un tomo folio; Historia de la ciudad de Arequipa y de las siete provincias de que se compone este Obispado con relación de sus puertos, volcanes, montes, ríos, fecundidad de sus tierras, costumbres de las gentes, fundación de los monasterios, con noticias de los primeros pobladores y conquistadores... desde el cuarto rey del Perú, Mayta Capac, quien fué el que conquistó estas provincias y pobló Arequipa, dos tomos folio; Historia de la nueva fundación del pueblo de San Fernando del valle de Sorabaya, distante dos leguas de la ciudad de Arequipa, cuya fundación e iglesia parroquial verificó personalmente el mencionado Zamácola en el año 1794 por especial encargo y comisión del Ilustrísimo Prelado Señor Don Pedro José Chaves de la Rosa, y del Intendente de Arequipa Don Antonio Alvarez y Jiménez, un tomo folio; Historia de la erección y fundación de la Santa Iglesia Catedral de Arequipa con las vidas de todos sus Obispos y sus retratos sacados de la colección cronológica que se conserva en la sacristía de dicha Santa Iglesia, un tomo folio; Novena de Nuestra Señora de los Remedios, patrona de la nueva iglesia parroquial de San Fernando del valle de Sorabaya, un tomo octavo; El Peor es Nada, sátira para desterrar la ociosidad de los jóvenes de Arequipa, probando que la verdadera nobleza consiste en imitar las virtudes de los antepasados y que no se debe tener por tal (noble) el que no procura ser útil al Estado y a la Patria, un tomo cuarto; El Por qué de los Médicos. Elogio de los médicos, un tomo cuarto; Ars Chupandi Tabacum, sátira con poesías latinas y castellanas contra algunas damas de Arequipa que estaban introduciendo la costumbre de fumar. Se reprende el lujo, los afeites de tocador, etcétera, un tomo octavo; Serie Cronológica y vida de los Ilustrísimos Obispos que han gobernado la Santa Iglesia Catedral de Arequipa, por el Licenciado Juan Domingo de Zamácola y Jáuregui, Cura Rector de la Iglesia Parroquial de Cayma e individuo de la Real Sociedad Vascongada. (Año 1802). La dedica al Venerable Dean y Cabildo de la Santa Iglesia Catedral de Arequipa y al muy Ilustre Clero Secular y Regular de todo el Obispado; (solamente aparecen impresas doce páginas y, al final de ellas, se suspende la publicación con promesa de hacerla completa, desde el principio, según otro original obtenido en el curso de la composición del libro, y más completo que el que se había comenzado a publicar.) Esta relación bibliográfica se debe al escribiente de Zamácola, que dejó constancia de ello. Se conocen también unas breves crónicas de asuntos diversos, historiales y notas, amén de escritos dispersos.