La Villa de las Musas está ubicada en un entorno natural idóneo para el cultivo de la vid, el olivo, el cereal y los árboles frutales. Este paisaje es casi igual al que habría hace dos mil años. Por este motivo, en torno al siglo I d.C. se construyó una villa (casa de campo) desde la cual sus habitantes podían realizar todas las labores agrícolas.
Tal y como se aconsejaba en los tratados romanos de agricultura, la casa estaba ubicada en el centro de la explotación, y en un pequeño alto, para poder controlar fácilmente todos los cultivos. La casa, además de ser el lugar donde residían sus habitantes (hombres libres y esclavos que trabajaban para el dueño de las tierras, el dominus), servía como almacén para guardar los aperos, granero para almacenar las cosechas, establo para los animales y, lo más importante, gran parte de ella estaba dedicada a la elaboración del vino.
La existencia de estas explotaciones agrícolas era muy importante en aquella época, ya que además de dar alimento y bebida a sus habitantes, se dedicaban a abastecer a las ciudades cercanas, acudiendo a los mercados semanales para vender sus productos. Durante más de doscientos años, la vida en la Villa de las Musas transcurrió tranquila y próspera, al ritmo de las cosechas y la vendimia. Sin embargo, alrededor del año 276 tropas bárbaras invadieron gran parte de Hispania, sembrando el terror allá donde iban. Las villas rústicas, al estar en pleno campo, estaban completamente indefensas ante sus ataques. No sabemos con certeza si fue un ataque bárbaro, o un accidente, pero sabemos con seguridad que la Villa de las Musas sufrió un gran incendio que la destruyó casi por completo. Sus habitantes la abandonaron y se convirtió en un lugar triste y vacío. Pero sólo durante treinta años. Cuando la paz volvió a estas tierras (siglo IV d.C.), un nuevo dominus mandó reconstruir la villa, y así los campos volvieron a ser cultivados y volvió a haber vida en la casa. Pero el nuevo dueño no se conformó con reconstruir la casa como estaba, sino que decidió dotarla de todas las comodidades y lujos existentes en su tiempo, copiando las fantásticas villas de los emperadores romanos (como la Villa de Adriano, en Tívoli). Así como antes la mayor parte de la casa estaba dedicada a la bodega y a la elaboración del vino, en la nueva villa los mayores espacios los ocupaban salones para celebrar banquetes, lujosas habitaciones y salas de estudio, todas ellas adornadas con un tipo de decoración muy de moda en esa época: el mosaico. Además, la Villa se convirtió en un importante centro religioso de culto a Cibeles y Attis.
Pero de nuevo la vida pacífica en esta villa no duró demasiado. Alrededor del año 410, nuevas invasiones de bárbaros culminaron con la total ocupación de la Península Ibérica por parte de los Visigodos. La Villa de las Musas fue abandonada definitivamente y, aunque algunas de sus ruinosas instalaciones fueron reutilizadas siglos después, fue cayendo en el olvido, siendo enterradas sus ruinas por el paso del tiempo.
Así, en el año 1882 y de manera fortuita (preparando unos terrenos para plantar viñas), se localizó el Mosaico de las Musas, que da nombre a la villa, aunque tuvo que transcurrir más de medio siglo para que las ruinas romanas de Arellano fueran definitivamente recuperadas. En 1942, Blas Taracena intervino en distintos puntos del yacimiento identificando los restos de un edificio de planta rectangular de 150 X 50 m., que fueron interpretados como pertenecientes a una villa romana.