Su nombre aparece ya en docs. del s. XI en relación con donaciones efectuadas por algunos de sus habitantes a Santa María de Pamplona. Fue señorío de realengo y en 1251 Teobaldo I dio en tributo a los labradores de Tajonar las viñas, palacios y piezas que tenía en el lugar, por 140 cahíces de trigo anuales. No obstante, en 1430 la corona donó Tajonar con sus rentas y jurisdicción baja y mediana a Beltrán de Ezpeleta, su partidario. Más tarde, en 1454, el Príncipe de Viana se las arrebató, dándoselas a Guillaumes de Beaumont, su consejero.
El 28 de agosto del año 1812, el general francés Abbé realizó una expedición de Pamplona al monte de Tajonar, acompañado de tres mil infantes, trescientos caballos y alguna pieza de artillería, para proporcionarse combustible que escaseaba en la plaza. Pero fue atacado por la división de guerrilleros de Francisco Espoz y Mina, teniendo los franceses que retirarse a Pamplona tras varias horas de combate, sin leña y sin bagajes. Los guerrilleros les persiguieron hasta las inmediaciones de la capital y Espoz y Mina tuvo a sus tropas formadas en orden de batalla, a la vista de la ciudad, por si los franceses querían trabar nueva batalla. Pero Abbé no aceptó el combate.
En cumplimiento de la Ley de Desamortización del 1 de mayo de 1855, se vendieron en esta localidad, en 1862, dos piezas. [Ref. Rafael Gómez Chaparro. "La Desamorticación Civil en Navarra"].
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