1939an lasaliatar barrutiek erreforma izan zuten eta Beasaingo ikastetxea Bilboko Barrutian geratu zen. Momentu hartatik ikastetxearen diskurtsoak bi atal izan zituen: ekonomikoa eta eraikinaren eraikintzakoa, hau da, ezer berria.
Gerra Zibilak ondorio larriak sortu zituen populazioarengan. Herritarrak aztoratuak ibiltzen ziren azken bolada hartan eta ikasleak ere bai, edo Anaiek esaten zuten bezala "ikasleak bihurri samar zeuden". Halaber, irakasle batzuk aldatu zituzten soldaduskara joan behar zutelako eta ikasturtea bukatu arte ez ziren bueltatu. Ondorioz, Sebastian Anaia kuarteletik joan behar zuen Beasainera eta lehenengo mailako irakaskuntzak berak hartu behar zituen. Izan ere, eta beste ikastetxeetan gertatzen zen bezala, gerraren ondoren egoera ekonomikoa katastrofikoa zen. Esate baterako, 1947an errazionamendu-ogia kendu zieten Anaiei, hauek irin-inportazio lizentzia zuten arren. Egun batzuk lehenago Anaiek Donostiatik dei bat jaso zuten. Hornidura-Azokatik deitu zieten jakiteko zenbat kilo irin jaso zituzten azken egunetan. Zuzendariak galdera haiei telefonoz ez zien erantzun eta informazio hura nahi bazuten, "Ofizio" bat idatzi eta ikastetxera bidal zezatela esan zien. Horrela egin zuten eta egun batzuk beranduago Gobernu Zibileko ordezkari bat ikastetxetik agertu zen, "merezi zuen bezala arreta jarri zitzaion". Berriz, aste batzuk beranduago Udaleko Idazkariak lehen aipatutako neurria hartu zuen eta Anaiek errazionamendu-ogirik gabe geratu ziren. Egoera oso larria zen arren, gehiago okertu zen, lurraldeko oiloek birusa hartu zutelako eta Anaiek zituzten oiloak hil behar izan zituztelako. Ordea pozaren uneak ere iritsi ziren: Oiarbide jaunak, abere-hiltzaileak, ehun kiloko txerri bat hil zuen eta Anaiei eman zien. Baina egoera hura egoeraren araberako zen, Zuzendariak Valladolidera joan behar zuelako elikagaien bila. Gainera, urte hartan negua oso gogorra izan zen eta elurra eta haize-ekaitza izan zuten, beraz, goseari eguraldi txarra erantsi zitzaion.
Egoera ekonomiko larri hura ez zen Anaiena bakarrik, herrikoek ere pairatzen zuten, baina Anai Ikuskatzaileari, dirudienez, ez zitzaion gehiegi inporta. Berari inporta zitzaiona irakaskuntza zen "1937tik zuzendari berria zereginetan gogoekin parte hartzen du, konpromisoa hartzen du, herriak badaki eta ikasleen kopurua igo da".
Zentzu honetan autoritateek eta populazioak iritzi on bat zeukaten Anaiei buruz eta Zuzendariak laster eskola berri bat izango zutela pentsatzen zuen, baina hori "'la normalidad patria' indarberritu bezain laster" izango zen. Alegia, Gerra Zibila pil-pilean zegoenean Zuzendariari hau da kezkatzen zitzaiona: "Gerra Zibila hasi baino lehen ikasleek daukaten arrakastak jarraitzen du eta ikastetxeak oso ondo funtzionatzen du". Ordea, interesa hura ez zen bakarrik Zuzendariarena, 1940an Anaia Ikuskatzaileak horrela aipatzen zuen: "Anaien irakaskuntzaz oso pozik daude herrian eta probarik onena da gelen egoera, hau da, gelak beteta daude, nahiz eta ikasleek ordaindu. Aitzitik, beste eskoletako gelak erdi hutsak daude eta eskola horiek dohainik dira". Hurrengo urteetan Anaia Ikuskatzailearen txostenak antzekoak izan ziren eta horrela zioen 1942an: "familiei asko gustatzen zaie Anaien irakaskuntza. Ordea, familia batzuek ezin dute kuota ordaindu eta, ondorioz, ezin dute beraien semeak gure eskolara bidali. Haurrak familia kristauak eta errukitsuak dira". 1946an esaten ziguten: "ikasleek Anaien desioei erantzuten diete, jarrera ona, ahalegina eta maiztasunaren bidez. Bere kuota ordaintzen dute, oso urria den arren".
Bestalde, eta 1940ra arte Anaia batek Lantegiko Eskolaz arduratzen zen. Horrela, 1938an eta "erretiro" bat egin ondoren, Santiago Anaia, zein CAF Eskola Industrialeko irakaslea zen, Bilbon geratu zen eta bere ordez León Arsenio Anaia etorri zen. Abuztuan bideratze guztiak egin zituzten eskola, lantegi erdian zegoena, ikastetxera eramateko, Anaiak egunero bi bidaia egin behar zituelako eta, bide batez, ikasleen onura lortzeko. Proposamenak arrakasta izan zuen lantegiko zuzendaritzari esker, hauek ondo ikusi baitzuten proposamena. 1938ko maiatzaren 21ean Larriz jaunak, Falange Española y de las JONSeko Nagusiak, katoliko aparta, CAF-eko ingeniaria eta Anaien lanaren miresle sutsua, bisita bat egin zion ikastetxeari, ikasleen prestakuntzaren eta hezkuntzaren lan apartaren bila. Zuzendaria harkorra izan zen, baina ezin izan zion lagundu, Gazte Taldeen Nagusia aldatu zutelako. Izan ere, 1940an lantegiko eskolak funtzionatzeari utzi zion, gudari ohi bati eskolako zuzendaritza entregatu ziotelako.
1950ean Udalak irakaskuntzako egoerari irtenbide bat eman nahi zion, batez ere Beasainen behar industrialak nabaritzen hasten zirelako. Garai hartan Beasainen 15.600 pertsona bizi ziren eta inguruko herrietan beste hamar mila, herri txikiak Beasainetik hurbil zeuden, eta komunikazio sarea oso ona zen eta behar industrialek lurraldeko lantegietan zeuzkaten jatorriak. Lurraldean CAF zegoen (2.000 baino langile gehiago zituen), Construcciones Electromecánicas INDAR (120 langileekin), Forjas y Fundición de Beasain (250 langileekin). Gainera beste lantegi txiki batzuk ere lurraldetik zabaltzen ziren. Langileak Beasain, Ordizia, Ataun, Zaldibia eta Lazkaokoak ziren, eta lantegi horietan sartzeko prestakuntza egokia behar zuten.Horretarako 1950etik aprendiz heziketarako eguneko klaseak antolatu zituzten. Klase teorikoak Anaiek emango zituzten ospe ona zeukatelako eta Udalak behar zuelako. Egia esan, Udalak beti harreman onak izan zituen Anaiekin eta horrela bereganatzen zuen "Anaiek lanbide heziketa hartu dute eta horrek poza handia sortu du herriarengan. Lantegiak eta populazioa oso pozik daude hartu dugun erabakiarekin ikasle asko ikasi dutelako Anaien geletan eta, gaur egun, izugarrizko lanpostuak dituzte lantegi ospetsuenetan". Proiektu hau aurrera eramateko ikasketa plana aurkeztu zen. Irakasgaiak teknologiari lotuta zeuden, Marrazketa, Matematika eta Mekanika, baina bazeuden beste batzuk ere: Tailerra, Erlijioa eta Frantsesa.