Udalaren eta eskolaren arteko harremanak ez zituzten beti hasierako harreman onak mantendu, beste Kongregazio erlijiosoekin gertatu zen bezala, batez ere lehenengo garaian. Horrela, 1952an udalak eta eskolak mantentzen zuten harremanak oso onak ziren Alkateak zentroari lagundu ziolako, zeinek "bere hitz umilekin, oniritzia eman zion eskolari bere ibilbideagatik eta haurrek izaten ari ziren aldaketagatik". Alkateak ikusten zuen aldaketa, Anaia Ikuskatzaileak ere ikusten zuen, baina honek Anaia Zuzendariarengana jo zuenean, ikuspuntua puzten zuen "haurren aldaketa errealitate bat da, kontrolik gabe Anaiak iritsi baino lehen". Izan ere, eta nahiz eta Anaia Ikuskatzailearen iritzia berezia izan, egia esan, pozik zegoen Anaien jarrerarekin eta horrela zioen "eskolatxo atsegin hori, ireki berria, populazioaren oniritzia dauka Anaiek garatzen duten zeregina ederra, isildua eta tinkoa delako". Are eta gehiago, Anaia Ikuskatzaileak esan zuen: "harreman on hauek populazioarekin, Udalarekin, baina batez ere, parrokoarekin ez dira arruntak eta horren arrazoia Anaien obra hezitzailea da. Baina esaten dudan bezala hau salbuespen bat da, batez ere, Gipuzkoako kleroaren izaeragatik".
Baina harreman on hauek 1957an moztu ziren eta bakoitzak bere iritzia zuen, hau da, Gurasoen Zuzendari Batzordearentzat, Udaleko parte hartzaileek ez zeukaten eskolar adineko semerik eta beraz, eskola ez zitzaien inporta; gainera, herrian, beste bi eskola nazionalak zeudela, Arrona eta Aizarna auzoetan, defendatzen zuten. Ordea, nahiz eta argudio hura defendatzeko ona izan, zinegotzi batzuek beste argudio bat aurkeztu zuten, alegia, "eskolako patioetan ahari borroka izan da eta horrek garbiketa, moralitatea eta osasungarritasunaren baldintzak ez dituzte betetzen". Baina ziur aski Elkartearen eta Udalaren arteko oztopoek beste osagarri batzuk zituzten, politiko eta ideologikoak eta hauek eskola eragiten zuten. Egoera hain kutsatu zegoen, non herrikoiak kalera atera ziren eta manifestazio bat egin zuten.
Udalaren erantzuna berehalako izan zen eta gatazkaren arrazoiak argitaratu zituzten: Elkarteko Batzordeak Gobernadoreari eskutitz bat bidali zion eta hura ez zitzaion batere gustatu Udalari, "aipatuak eta suminduak sentitu zirelako". Eskutitz hartan, lursaila batzuetatik ateratako diruarekin eta udalaren diru laguntzekin Orientazio Profesionalaren Zentro Pedagogiko bat sortu nahi zuten. Baina udalaren egonezina ez zen arrazoi horrengatik bakarrik, eskutitzean ere Elkartekoek esaten zuten "ulertezina da, baina azken urte hauetan eskolak ez du udaleko zinegotzien laguntza izan, zeinek lehentasuna eman diete beste jarduera batzuei, Zestoako herriaren aurka, eta zentzurik gabekoak".
Udaleko autoritateen haserrea izugarria izan zen eta beste herriko udaletxeei eskolari ea zenbat diru ematen zioten galdetu zieten. Erantzunak iritsi ziren eta hau zen errealitatea: Zarautzek hogei mila pezeta eta eraikina ez zen munizipala, Azpeitiko Maristek hemezortzi mila pezeta jasotzen zituzten, Legazpikoek hamabi edo hamalau mila pezeta eta eraikin hau ez zen munizipala ere, eta horrela jarraitu zuten herriz herri galdetzen batzordeko teoria faltsua desmuntatu arte, batez ere, Zestoako San Jose eskolak berrogeita mila pezeta jasotzen zituenean.
Beste aldetik Udalak beste argudio bat eman zuen, hau da, dirudienez, Elkarteak ez zituen akordio guztiak bete, esate baterako, Elkarteak industriatik, merkataritzatik eta partikularretatik diru-laguntza lortuko zuela sinatu zuen, baina gero ez zen hori gertatu. Ondorioz, Udalak Elkarteari difamazio haiek kentzeko eskatu zion, baina alferrik, Elkarteak ez zion kasurik egin eta Udalak diru-laguntzaren kontua bukatutzat eman zuen 1958ko ekainaren 28an. Ordea, ondorioak larriak izan ziren, Anaiei teilatua hondatu zitzaielako, Udalak konponketa ez zituen ordaindu eta "Anaiek uretan oinutsik zeuden eta sotanarik gabe jaso behar izan zuten ura". Gainera, Elkartekoek eskolaren lursailetan biltegi bat eramaten ari ziren eta haurren atsedenerako pentsatuta zegoen, baina hau ere kendu zieten eta diru-laguntzak desagertu ziren.
Hala ere, "zigorrak" ez ziren aurreko neurriekin bukatu. Udalak eskolaren eguna debekatu zuen eta ikasle ohiek bando bat argitaratu nahi izan zutenean, Udalak ere eskaerari uko egin zien. Mehatxuak egunero heltzen ziren eta egun batean mehatxu zehatz bat iritsi zitzaion Anaia Zuzendariari. Dirudienez txistulariek txaketak zeramatzaten eta Udalaren iritziz txaketa haiek eduki politikoak zituzten, beraz, kendu behar zituzten, nahiz eta txaketa haiek eta beste batzuk Udaleko funtzionarioek erabiltzen zituztenak, ia-ia berdinak izan. Beste bi neurri zigortzaile hartu zituen Udalak: patioan lau argi jartzea pentsatuta zeukaten, baina horiek ere jarri gabe geratu ziren eta, azkena, eskolako dantzari taldea kontratua zegoen herriko jaietan parte hartzeko, ba hura ere bertan behera geratu zen. Ikusten dugun bezala, harremanek hartu zuten bidea gero eta konplexuagoak izan zen.
Azkenean Elkarteko Idazkariak eta Bokal batzuek Udalari barkamena eskatzea erabaki zuten. Aurretik parrokoak, zeinek Gobernadore Zibilari bidali zioten eskutitza sinatu zuen, egoera behin ikusita bere berezko neurriak hartu zituen eta udaleko autoritateei beste eskutitz bat barkamena eskatuz bidali zien. Baina arazoa ez zen konpontzen, aitzitik, okertzen ari zen 1958an populazioak jarrera sutsu bat hartu zuelako "herriak bat eginez eta kalera atera zen (iraultza bat ez zen izan diziplina miresgarria daukalako) azpijoko baten aurka, hau da, Elkartea aldatu nahi zuten eta, bide batez, Anaiak kanporatu". Egoera desatseginak 1959an jarraitzen zuen, baina "garai gogor baten ondoren, berotuta eta sustatuta herriko gaizkile-taldekoek", Anaiek beraien zereginarekin jarraitu zuten eta tentsio maila jaisten joan zen. Azkenean, 1958ko irailaren 30ean Udalak azken hilabeteotan jarrera mantentzen ari zen, eta Elkarteak eskutitza bidali zien ondoren barkamenak eskatuz. 1960an "bakea" behin betiko ezarri zuten eta harremanak Elizaren eta Udalaren autoritateekin normaltasuna berreskuratu zuten.