Beraien iristea baino lehen, 1949 azaroaren 24ean, Romualdo de Toledo jaunak, Lehenengo Hezkuntzako Zuzendari Nagusiak eta Udaleko Idazkariak, eskutitz bat Anaia Ikuskatzaileari, Carlos Bautistari, bidali zioten eskola bat irekitzeko. Proposamen horri Gasteizeko Gotzainak oniritzia eman zion, zeinek 1950eko uztailaren 26an, beste eskutitz bat idazten zuen beste proposamen batekin: Zarautzeko zentroko itxiera, zeren eta garai hartan une larriak pasatzen ari zen, eta aldi berean San Joseren hasiera. Hilabete bat beranduago bilera bat egin zuten eta akordio bat sinatu zuten La Salleko Anaiek eta San Joseren Patronatuko Batzordeak. Batzordeak egoera aprobetxatu zuen eta ohar bat Gurasoen Elkarteari bidali zion esateko Anaia Ikuskatzailearen proposamena, hau da, irakasleriarentzat diru-laguntza eskatzen zuen. 1949ko urriaren 1ean, Donostiako Gotzainak, Font y Andreuk, Zestoako Komunitatearen hasierari ematen zion eta egun berean, Udalak Anaia Ikuskatzaileari lortutako akordioak aipatu zion.
1949ko apirilaren 9an, Lehenengo Hezkuntza Patronatu Eskolarrak sortu zituzten eta eskola honek lege berri horri erantsi zen. Horrela, Patronatua sortu zuten eta honek Araudia egingo zuen. Bere aldetik, Udalak ere, bere kudeaketak egin zituen Ministerioaren aurrean eta eskolaren ezaugarriak azaldu zizkion: eskola graduatua egongo zen eta hiru sekzio izango zituen, eta eraikina udalaren zenez, honek altzariak eta material eskolarra jarriko zituen. 1949ko urtean zehar, Udalak kontaktuak izan zituen Ministerioko pertsona batzuekin, Romualdo de Toledo barne, eskola berriaren alderdi batzuk argitzeko. Esate baterako, eskola graduatutatik eskola unitariora pasatzeko asmoarekin. Horrelako harremanak mantentzen zituzten Alkatearen eta Madrilgo Ministerioaren artean, hurbiltasun ideologikoa zeukatelako.
Berrogeita hamargarren hamarkadan, biztanle zestoarren desioa argi zegoen: "denek bere irekitzea biziki nahi zuten, erlijiosoak ez zeudelako beraien seme-alabekin harremanak izateko", eta zorionez, 1950ean urriaren 2an, eskola inauguratu zuten eta bi egun beranduago Alkateak lehenengo bisita egin zien. Ikastetxeak lau Anai eta ehun eta hamar ikasle zituen eta "gogoak, lehiakortasuna eta arreta erakusten dituen irakasleriak eta ikasleen asistentzia ona, ikusten dira".
Hurrengo urtean zentroak oniritzia ofiziala jaso zuen eta Anaia Ikuskatzailearen lehenengo bisita ofiziala ere izan zuten Anaiek. Anaia Ikuskatzailea oso pozik zegoen eta Anaiak zoriondu zituzten parrokoarekin, Udalarekin eta populazioarekin harreman onak izategatik, eta datu hau baieztatzeko hurrengo urtean esan zuen: "eskola doako hau eredu bat da ,bere generoan parrokiarekin, Udalarekin eta populazioarekin harreman onak mantentzen dituelako".
Beste aldetik, 1951eko urtarrilaren 15ean estatutuak indarrean jarri zituzten, "Zestoako San Jose Ikastetxeko Elkartea" izenarekin. Estatutu honek probintziako Gobernadore Zibilak sinatu zuen eta otsailaren 3an Zuzendari Batzordea ezarri zuten. Estatutu haietan Elkartearen oinarriak finkatu ziren, hau da, herriaren desioa eskola mantentzeko eta horrela "Udalaren ardura eta konpromisoa desagertzen zen eskolaren gastuarekiko". Zentzu honetan, azken ardura Elkartekoarena izango zen eta ez Udalarena, zeinek oraindik kolaboratzen jarraituko zuen, lokala alokatzen eta diru-laguntza ematen.
Elkartearen helburuak estatutuetan agertzen dira eta haien artean hauek aukeratu ditugu:
- Haurren irakaskuntza babestu eta sustatu, gaztediaren heziketaren Pio XII. Entziklika jarraitzen.
- Haurrei "beraien bizitzetan bide onest bat izaten laguntzea.
- Hezkuntza aberkoia eta soziala zabaltzea, indarrean dagoen legearen arabera.
- Haurren hezkuntza fisikoa bultzatzea eta sustatzea, beraien eta Aberriaren onurako.
- Eta beste batzuk Anaien irakaskuntzari lotuak.