Ante la posición del gobernador Artola Goicoechea, desbordado por los acontecimientos, ocurrieron dos hechos de suma importancia: la creación de una Junta de Defensa y la sustitución del gobernador por el comunista Antonio Ortega, un suboficial de carabineros de la zona de Irún que se había distinguido en los primeros días de la contienda en aquel sector. La Junta de Defensa debía dirigir la organización militar y económica, primero de San Sebastián y luego de Guipúzcoa; pero habían surgido otras Juntas de Defensa como la de Irún, de vida efímera, y las de Azpeitia y Eibar. En ese momento crucial había llegado también de Madrid un enviado del Ministro de la Guerra, D. Antonio San Juan, teniente coronel de Caballería, para dirigir las operaciones militares con asistencia de D. Alberto Montaud, comandante de ingenieros militares. La Junta de Defensa de Guipúzcoa se constituyó el día 29 de julio después de la rendición de los cuarteles de Loyola. Estuvo integrada de esta forma:
- Presidente: Miguel de Amilibia, diputado a Cortes, socialista.
- Gobernación: Telesforo de Monzón, delegado del Partido Nacionalista Vasco.
- Guerra: Jesús de Larrañaga, delegado del Partido Comunista.
- Finanzas: José Imaz, delegado de Acción Nacionalista Vasca.
- Comunicaciones, informaciones y propaganda: Miguel González Inestal, delegado de CNT.
- Transportes: José Aguado, delegado de Izquierda Republicana.
- Abastecimientos: Sergio Echeverría, delegado del Partido Socialista.
- Sanidad: Julio Rodríguez Mena.
Monzón, responsable del orden público, dimitió cuando los de CNT fusilaron en el Paseo Nuevo de San Sebastián a 12 presos sacados de la cárcel de Tolosa. Cada uno de estos comisarios constituyó una comisaría propia. En realidad la autoridad de la Junta de Defensa se ejerció entre el Oria, por la izquierda, y la frontera francesa, por la derecha. La Junta de Defensa de Eibar actuó en los pueblos de la cuenca del Deva, los puertos de Zumaya y Motrico, Elgóibar y Málzaga hasta Zumárraga y Mondragón. La Junta de Defensa de Azpeitia, con sede en el Santuario de Loyola lindando con la de San Sebastián en el río Oria, contaba con los puestos de Zarauz, Guetaria y Deva. Estaba formada por nacionalistas vascos.