Entre las donaciones que hizo D.ª María López de Estívariz al monasterio de Nájera en 1138 aparece en el documento un solar con todas sus pertenencias que poseía la dicha señora en Gaona. (Ref. Ramiro de Pinedo: El Santuario de Santa María de Estibaliz, Madrid 1940, pp. 22- 23). En la guerra de las Comunidades, una casa fuerte que tenía el Conde de Salvatierra en esta localidad fue quemada por la gente de D. Diego Martínez de Alava. (Ref. Manteli, S.: De la guerra de las Comunidades en Álava, "Revista Vascongada", 1847, 1, p. 166). El 16 de abril de 1521, el Conde de Salvatierra, en una carta dirigida a Guipúzcoa, daba cuenta de cómo algunos vecinos de Gauna le habían quemado 2 palomares. (Ref. Ramírez Olano, E. y González de Echávarri, V.: "Memoria...". La guerra de los comuneros en el País Vasco: actitud de la Diputación de Alava en aquella ocasión; esta actitud responde a la necesidad de mantener vivas las libertades populares, Vitoria, 1904, p. 133). Esta villa perteneció a los condes de Ayala. Pasó a ser posesión de Diego de Salvatierra por compra que hizo a D. Atanasio de Ayala. Sus sucesores tomaron el título de marquesado de Gauna. La villa pagaba al marqués 22 reales por razón de alcabala. (Ref. «Diccionario Geográfico-Histórico de la Real Academia», t. I. p. 302). D. Juan Hurtado de Mendoza y Salvatierra la recibió con el título de Marqués de Gauna, otorgado el 15 de agosto de 1609, según Real despacho del 25 de abril de 1701, con el Vizcondado previo de Salvatierra.