La década de los noventa no empieza con buen pie para el cine de Euskadi. Películas como. El anónimo...¡vaya papelón! (1990) de Alfonso Arandia, Santa Cruz el cura guerrillero-Santa Cruz apaiz gudaria (1990) de José María Tuduri o El invierno en Lisboa (1991) de José Antonio Zorrilla prolongan la crisis creativa que se ha adueñado de la cinematografía vasca durante la segunda mitad de los ochenta. El Gobierno Vasco además da un giro radical en su política cinematográfica creando la sociedad pública Euskal Media. El concepto de subvención desaparece ahora. Se buscan nuevas vías de fomento que faciliten la creación de una industria del cine y rentabilizar los fondos públicos asignados. El Gobierno Vasco, ahora, a través de esta sociedad se va a dedicar, por cuenta propia o en régimen de coproducción, a la producción de medios audiovisuales. Las consecuencias de esta decisión institucional son nefastas. Las acusaciones de nepotismo y competencia desleal no se hacen esperar y el ambiente se enturbia más si cabe. Y además la nueva sociedad da la espalda a la joven generación de cineastas que emerge con fuerza en los noventa perdiéndose una oportunidad histórica para el cine vasco. En la segunda mitad de los noventa el Gobierno Vasco, consciente de la situación, se deshace de la sociedad aunque el mal ya está hecho y sus consecuencias se seguirán pagando durante mucho tiempo. No ha vuelto desde entonces el Departamento de Cultura a políticas tan erradas pero es cierto que tampoco ha retomado una política tan ambiciosa como la que se desarrolló en los primeros años de los ochenta. La política del Gobierno Vasco tras el episodio de Euskal Media se ha centrado en el programa Kimuak de promoción y difusión de cortometrajes que ha obtenido, desde su nacimiento en 1997, resultados artísticos notables y en la elaboración del Libro Blanco del Audiovisual presentado en 2003 para fomentar y desarrollar el tejido industrial vasco. Desde el año 2004, a partir de las reflexiones surgidas del Libro Blanco, el Departamento de Cultura financia anualmente una línea de fomento desarrollada por medio de convocatorias públicas.
En medio de este convulso ambiente el cine vasco ha conocido desde 1990, a pesar de todo, un auge importante. Cuando a finales de los ochenta la crisis creativa era un hecho y pocos apostaban por un resurgimiento llega un estreno en 1991 que inunda de vigor al debilitado cine del País Vasco. Se trata de Todo por la pasta, un violento thriller pleno de acción y violencia realizado de forma magistral por Enrique Urbizu. Tal y como sucedió con Ama Lur y con El proceso de Burgos se inicia una nueva etapa en la historia del cine vasco. Poco después Juanma Bajo Ulloa logra la Concha de Oro en el Festival de San Sebastián con su opera prima Alas de mariposa (1991). Y a principios de 1992 Julio Medem estrena un hermoso drama rural con las luchas carlistas como telón de fondo titulado Vacas. Un nuevo cine vasco rebosante de talento y juventud se está abriendo paso. En ese mismo año Víctor Erice crea otra obra maestra titulada El sol del membrillo, arriesgado documental que explora las posibilidades y límites de la pintura y el cine. Y en 1993 la nueva generación de cineastas sigue dando muestras de su genio con los estrenos de Acción mutante, corrosivo debut de Alex de la Iglesia, La ardilla roja, comedia romántica de Julio Medem y La madre muerta, otra muestra de la habilidad de Juanma Bajo Ulloa para lograr una perfecta combinación de horror y belleza. Y los directores surgidos en los ochenta no se quedan atrás presentando estrenos tan interesantes como Días contados (1994) de Imanol Uribe -triunfadora indiscutible del año con su Concha de Oro en Donostia y sus 8 premios Goya-, Maité producción de Ángel Amigo dirigida por Eneko Olasagasti y Carlos Zabala que se convierte en la comedia más exitosa en la historia del cine vasco o Historias del Kronen (1995) de Montxo Armendáriz. La única sombra a este periodo de efervescencia artística es la continua tensión entre cineastas e instituciones aunque a partir de la segunda mitad de los 90, cuando el Gobierno Vasco se deshaga de Euskal Media, las tensiones se relajarán.
La cadena de éxitos no acaba aquí desde luego. Conforme avanza la segunda mitad de los 90 aparecen nuevos cineastas vascos, otros se consolidan, se obtienen premios en prestigiosos festivales y se logran además éxitos económicos en taquilla impensables años atrás. Justino, un asesino de la tercera edad (1995) con una productora navarra detrás es una de las grandes triunfadoras del cine español en 1995. Alex de la Iglesia y Julio Medem consiguen dos grandes logros con El día de la bestia (1995) y Tierra (1996), respectivamente. Imanol Uribe obtiene con Bwana (1996) su segunda Concha de Oro y surge Daniel Calparsoro con dos interesantes películas Salto al vacío (1995) y Pasajes (1996). En 1997 Juanma Bajo Ulloa alcanza un éxito de taquilla sin precedentes con Airbag convirtiéndose tras su estreno en la película más taquillera en la historia del cine español. Montxo Armendáriz logra el premio Ángel Azul a la Mejor Película Europea en el Festival de Berlín con Secretos del corazón y obtiene además la nominación al Oscar a la Mejor Película Extranjera. Y Alex de la Iglesia estrena Perdita Durango, una película rodada en Estados Unidos que queda, en el momento de su estreno, como la película más cara de la historia del cine español. La Mostra de Venecia selecciona en su sección oficial, en 1997 y en 1998 dos películas de directores vascos; A ciegas de Daniel Calparsoro y Los amantes del Círculo Polar de Julio Medem. Y en 1998 Alex de la Iglesia vuelve a reventar taquillas con Muertos de risa. Por no hablar del auge del cine de animación vasco. La senda abierta por Kalabaza tripontzia en 1985 se ensancha en los noventa con éxitos como La leyenda del Viento del Norte-Ipar Haizearen erronka (1991), El regreso del Viento del Norte-Ipar Haizearen itzulera (1993) de Maite Ruiz de Austri, -premio Goya a la Mejor Película de Animación en 1994-, Megasonikoak (1997) de la productora Baleuko, -Premio Goya a la Mejor Película de Animación en 1998-, Ahmed príncipe de la Alhambra (1997) de Juanba Berasategi (y su posterior secuela El embrujo del sur (2002) del mismo autor) o La isla del cangrejo (2000) de Joxean Muñoz y Txabi Basterretxea, -Premio Goya a la Mejor Película de Animación en el 2001-... Es evidente que los cineastas vascos se han hecho, por fin, con un lugar en el firmamento del séptimo arte.