El célebre poeta no dijo nunca dónde había nacido por ser cosa conocida de sus coetáneos y es lamentable que no lo dijera. Este hecho ha dado lugar a que historiadores y biógrafos se hayan dedicado a leer detenidamente sus escritos con la esperanza de hallar por lo menos indicios válidos. Se ha confirmado comúnmente su origen calagurritano pero no han faltado quienes opinan que nació en Zaragoza. En sus himnos a los mártires, le toca hablar de hijos de Calahorra, de Mérida, de Tarragona, de Valencia y de Zaragoza. Los aragonesistas se fijan en que dice "noster populus" o "nostrae Caesaraugustae" al hablar de Zaragoza: "nuestro pueblo", "nuestra Zaragoza".
Pero también dice "nostra gestabit Calagurris" al hablar del martirio de Emeterio y Celedonio, "nuestra Calahorra". Y el mismo hecho se da en los himnos a San Vicente y a San Fructuoso, naturales de Huesca y de Tarragona. Vuelve a aparecer el posesivo "noster" para ambas ciudades y en otro caso más, para Valencia. Vemos que el argumento de los historiadores enzarzados sobre la patria de Prudencio es nulo. Sin embargo, hay dos hechos que resuelven el caso en favor de Calagurris vascona. Hay un himno que dedica a San Lorenzo, que murió mártir en Roma; simula un coloquio con el santo desde el lugar en que se encuentra Prudencio y Roma y alude a la distancia y a los ostáculos que les separan. Esta estrofa es muy significativa aclaratoria:
Nos Vasco Hiberus dividit
Binis remotos Alpibus
Trans Cottidianorum juga
Trans et Pyrenas ninguidos.
Nos separa el Vasco Ebro
Distanciados por dos cordilleras
Una la de los Alpes,
Y otra, la de los nevados Pirineos.
La clave está en llamar vasco al Ebro, que no lo es por su parte alta ya que discurre por donde los cántabros, ni por su zona media y baja, que corre entre los edetanos o actuales agoneses. Precisamente el Ebro Vasco es el trecho que pasa por Vasconia en donde está precisamente Calagurris. En su obra se nota cierta predilección y cariño por Calahorra, ya que su Peristephanon, formado por catorce himnos dedicados a los mártires encabeza el magno desfile con las estrofas dedicadas a los Santos Emeterio y Celedonio de Calahorra, con preferencia a todos los demás incluso San Pedro y San Pablo (himno doce) y con una estrofa extra, la octava.